در پی گذشت بیش از پنج ماه پس از پایان دوره اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام، آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، روز دوشنبه ۲۳ مرداد، در حکمی آیت‌الله محمود هاشمی شاهرودی، رئیس سابق قوه قضائیه، را برای یک دوره پنج ساله به عنوان رئیس این نهاد منصوب کرد.
ریاست مجمع تشخیص مصلحت‌نظام از زمان تجدید ساختار مجمع در دوره رهبری آیت‌الله خامنه‌ای بر عهده اکبر هاشمی‌رفسنجانی بود و پس از درگذشت او، محمدعلی موحدی‌کرمانی، رئیس موقت مجمع شده بود.
همچنین بنا بر حکم رهبر جمهوری اسلامی، محسن رضایی در سمت دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام ابقا شده است.
در این میان، محمدباقر قالیباف، شهردار فعلی تهران، و ابراهیم رئیسی، تولیت آستان قدس رضوی، هم از جمله افرادی هستند که به اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام افزوده شده‌اند.
محمدباقر قالیباف و ابراهیم رئیسی، هر دو نامزدهای اصولگرایان در انتخابات ریاست جمهوری ۲۹ اردیبهشت سال جاری بودند که از حسن روحانی شکست خوردند.
علاوه بر این، دوران ۱۲ ساله شهرداری آقای قالیباف نیز با تعیین جایگزین وی از سوی شورای شهر جدید تهران از ماه آینده - شهریور- به پایان می‌رسد.
در همین حال، عضویت محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهوری سابق ایران، نیز با نظر رهبر جمهوری اسلامی تمدید شده است.
محمود احمدی‌نژاد در انتخابات ریاست‌جمهوری دوره دوازدهم بر خلاف نظر آیت‌الله خامنه‌ای نامزد شد و به دنبال رد صلاحیتش از سوی شورای نگهبان موفق به حضور در رقابت‌های انتخاباتی نشد.
او در دوران ریاست‌جمهوری‌اش، مجمع تشخیص مصلحت نظام را به نقض قانون اساسی و «مخدوش کردن روند مدیریت کشور» متهم کرده بود و به ندرت در جلسات آن حضور می‌یافت.
مطابق حکم رهبر جمهوری اسلامی، روسای سه قوه (حسن روحانی، صادق لاریجانی، علی لاریجانی)، فقهای شورای نگهبان (احمد جنتی، محمد مومن، مهدی شب‌زنده‌دار جهرمی، محمود هاشمی شاهرودی، محمد یزدی، محمدرضا مدرسی یزدی)، رئیس ستاد کل نیروهای مسلح(محمد باقری)، دبیر شورایعالی امنیت ملی(علی شمخانی) و وزرای و روسای کمیسیون مربوطه به موضوع بحث جلسات مجمع به عنوان اشخاص حقوقی به عضویت مجمع درمی‌آیند.
در همین حال، ۳۸ چهره سیاسی نیز به عنوان اعضای جدید مجمع معرفی شدند که در این میان مجتهد شبستری، احمد توکلی، محمد صدر و محمد میرمحمدی برای اولین بار در این مجمع حضور پیدا کردند. رئیس ستاد کل نیروهای مسلح نیز به عنوان شخصیت حقوقی به این جمع افزوده شده است.
پیش از این، حسن روحانی و علی لاریجانی به عنوان اعضای حقیقی مجمع تشخیص مصلحت نظام معرفی شده بودند که در این دوره به دلیل قرار گرفتن در جایگاه حقوقی در گروه اشخاص حقیقی قرار ندارند.
رهبر جمهوری اسلامی در حکم خود تغییری در ساختار مجمع تشخیص مصلحت نظام ایجاد نکرده، اما تصریح کرده است که در پنج سال پیش‌رو باید «تغییراتی در ساختار و محتوا» ایجاد و « بخش‌های موازی و غیرضرور» به منظور «انسجام کامل در ساختار تشکیلاتی و مدیریتی و تمرکز برنامه‌ها براساس آئین‌نامه مصوب» حذف شود.
اشاره این حکم می تواند به مرکز تحقیقات استراتژیک باشد که از جمله زیرمجموعه‌های بحث برانگیز مجمع تشخیص مصلحت نظام محسوب می‌شود که در در دولت محمود احمدی‌نژاد، گروهی از مدیران دولت‌های اکبر هاشمی رفسنجانی و محمد خاتمی در آن مشغول به فعالیت بودند.
حسن روحانی پیش از ریاست‌جمهوری رئیس مرکز تحقیقات استراتژیک بود. پس از او نیز علی اکبر ولایتی ریاست این مرکز را بر عهده گرفت.
مطابق قانون اساسی، مهم‌ترین مسئولیت مجمع تشخیص، حل اختلاف میان مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان است.
بر اساس اصل ۱۱۲ قانون اساسی، مشاوره در اموری که رهبری به آنان ارجاع می‌دهد و سایر وظایفی که در قانون ذکر شده، از دیگر وظایف مجمع است. اعضاء ثابت و متغیر این مجمع را رهبر جمهوری اسلامی برای یک دوره پنج ساله تعیین می‌کند و مقررات مربوط به مجمع نیز توسط خود اعضاء تهیه می‌شود و تصویب و به تأیید رهبر می‌رسد.
«بازنگری مجمع در سیاست‌های کلی نظام» و «نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام» نیز از وظایفی هستند که طی سال‌های گذشته توسط آیت‌الله خامنه‌ای بر عهده مجمع تشخیص گذاشته شد.
با این حال در سال‌های فعالیت مجمع تشخیص نظام، اختلاف‌های زیادی درباره جایگاه آن در نظام جمهوری اسلامی مطرح شده است.
مجمع تشخیص نظام نخستین بار با حکم آیت‌الله خمینی در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ برای حل اختلاف مجلس و شورای نگهبان تشکیل شد و با بازنگری قانون اساسی در سال ۱۳۶۸، به عنوان «اصل مجمع تشخیص مصلحت نظام» تصویب شد.