وکیل علی مطهری، نایب رئیس مجلس، خبر داد که «آمران» حمله به موکلش در شیراز، «آمراصلی» را معرفی کرده اند و آقای مطهری نیز بدون اشاره به ذکر نام این شخص اعلام کرد که سمت او پس از این حمله «ارتقاء» پیدا کرده است.
به گزارش خبرگزاری ایسنا، جلسه محاکمه «آمران» حمله به علی مطهری، روز شنبه ۱۱ شهریور، در شعبه اول دادگاه نظامی یک استان فارس برگزار شده است.
مصطفی ترک همدانی، وکیل علی مطهری، خبر داد که در این جلسه متهمان «آمر اصلی» در فراخوان برای تجمع در فرودگاه شیراز و حمله به موکلش را معرفی کرده اند.
پیش از برگزاری جلسه دادگاه، آقای مطهری درنامه ای اعلام کرده بود که در صورت معرفی «آمر اصلی» موضوع اعلام رضایت از «آمران» این حادثه که دادگاه‌شان درحال برگزاری است را بررسی خواهد کرد.
علی مطهری در این نامه همچنین بدون ذکر نام نوشته بود که «آمر اصلی را که همه می‌شناسیم و متاسفانه ارتقاء پیدا کرد و البته برای حفظ آبرویش او را معرفی نخواهم کرد و شکایتی علیه وی نخواهم داشت».
او پیش از این بارها مهاجمان و آمران حمله به خود در فرودگاه شیراز در روز ۱۸ اسفند ۹۳ را به طور تلویحی نیروی بسیج و سپاه پاسداران معرفی کرده، ولی هنوز هیچ مقامی رسما حاضر به تأیید این امر نشده است.
برخی از وب‌سایت‌ها از جمله سحام‌نیوز اعلام کرده بودند که غلامحسین غیبپرور، رئیس سازمان بسیج، زمانی که فرماندهی سپاه فجر استان فارس را بر عهده داشت در صدور دستور حمله به علی مطهری در شیراز نقش داشته است.
با این حال، او در واکنش به این اتفاق گفته بود: «ما با این‌گونه برخوردهای سخیف مثل سنگ‌پراکنی مخالفیم و شدیداً محکوم می‌کنیم و مردم بصیر و ولایت‌مدار سناریوی پشت پرده این‌گونه اتفاقات را به‌خوبی می‌دانند».
آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، روز ۱۷ آذر ۹۵ غلامحسین غیبپرور را به سمت رئیس سازمان بسیج و محمدرضا نقدی، رئیس این سازمان، را به سمت معاون فرهنگی و اجتماعی سپاه پاسداران منصوب کرد.
رئیس سازمان بسیج میرحسین موسوی، مهدی کروبی، رهبران معترضان به نتایج انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸، و محمد خاتمی، رئیس جمهوری پیشین ایران، را «نجس سیاسی» خوانده و گفته بود این سه تن بدون ابراز پشیمانی «تطهیر» نخواهند شد.
در آذرماه ۹۵ و پس از لغو سخنرانی آقای مطهری در مراسم اربعین در مشهد، علیرضا رشیدیان، استاندار خراسان رضوی، گفت که دادستانی مشهد بر اساس نامه‌ای از اطلاعات سپاه پاسداران، جلسه سخنرانی نایب رئیس مجلس را لغو کرد.
یک روز بعد اما رمضان شریف، سخنگوی سپاه پاسداران، نقش این نهاد در جلوگیری از سخنرانی علی مطهری را تکذیب کرد.
برخی از مواضع علی مطهری از جمله درخواست‌های مکرر او برای پایان یافتن حصر میرحسین موسوی و مهدی کروبی، رهبران معترضان به نتایج انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸، اعتراض شدید حامیان رهبر جمهوری اسلامی را به دنبال داشته است.
در رسیدگی اولیه در شعبه ۱۰۱ دادگاه کیفری شیراز به پرونده حمله به آقای مطهری در شیراز، شش تن از مهاجمان به آقای مطهری به دو ماه زندان و ۱۰ ضربه شلاق محکوم شدند که این حکم به مدت دو سال تعلیق شد و برای دو متهم دیگر پرونده نیز حکم چهار ماه و نیم حبس و ۳۷ ضربه شلاق صادر شد. این حکم نیز به مدت یک سال تعلیق شد.
در این میان، دانشجویی که علی مطهری را دعوت کرده بود، به اتهام «معاونت در امتناع از دستورات و قوانین دانشگاه» به یک میلیون تومان جریمه نقدی و رئیس و قائم مقام دانشگاه شیراز به دو سال انفصال از خدمت محکوم شده بودند که حکم‌شان با دو سال تعلیق همراه است.
دیوان عالی کشور در اردیبهشت ماه حکم صادر شده برای رئیس و قائم مقام دانشگاه شیراز را نقض و برای بررسی دوباره به شعبه هم عرض ارسال کرد.