چند روز پس از انتخاب مهدی تاج به عنوان رئیس فدراسیون فوتبال ایران، قوه قضائیه جمهوری اسلامی با انتشار فهرستی، او را به «کلاهبرداری و اختلال در نظام ارزی» کشور متهم کرد.
بر اساس اعلام مرکز رسانه‌ای قوه قضائیه، شش روز قبل از برگزاری انتخابات فدراسیون فوتبال ایران، دادستانی تهران در نامه‌ای رسمی، تشکیل پرونده قضایی برای تاج را به فدراسیون اعلام کرده بود.
این خبر در حالی منتشر می‌شود که وزیر ورزش ایران مدعی شده بود هیچ نهاد ناظری با نامزدی مهدی تاج برای پست ریاست فدراسیون فوتبال، «مخالفت» نکرده است.
مجمع عمومی انتخاباتی فدارسیون فوتبال روز هشتم شهریور در انتخاباتی جنجالی، تاج را با ۵۱ رأی، پس از سه سال، مجدداً به عنوان رئیس فدراسیون فوتبال ایران انتخاب کرد.
جلسه مجمع فدراسیون فوتبال در حالی برگزار شده بود که بامداد همان روز، حسن کامرانی‌فر، دبیرکل فدراسیون فوتبال، از لغو مجمع انتخاباتی فدراسیون خبر داده بود، اما هیات رئیسه فدراسیون در یک نشست اضطراری این تصمیم دبیرکل را رد کرد.
از مهدی تاج به‌عنوان یک چهره نظامی، امنیتی و اقتصادی یاد می‌شود که از سال ۱۳۵۹ به سپاه پاسداران پیوست و سال ۱۳۶۲ برای فعالیت‌های اطلاعاتی و عملیاتی سپاه پاسداران به شهرهای غربی کشور اعزام شد.
با اعلام فهرست اتهامات وی از سوی قوه قضائیه جمهوری اسلامی، جنجال انتخاب وی از روز سه‌شنبه وارد فاز تازه‌ای شده است.
آن‌طور که مرکز رسانه‌ای قوه قضائیه اعلام کرده، دادستان تهران روز دوم شهریور ۱۴۰۱، شش روز قبل از برگزاری انتخابات فدراسیون فوتبال، طی نامه‌ای رسمی اعلام کرده که برای سه مدیر فوتبالی در دادسرای تهران پرونده قضایی تشکیل شده است.
نام یکی از این مدیران، مهدی تاج عنوان شده و علیه وی اتهاماتی چون «تضییع اموال و وجوه دولتی، اخلال در نظام پولی و ارزی کشور، کلاهبرداری، گزارش خلاف واقع، تبانی در معاملات دولتی، جعل در سند رسمی و به کارگیری سرمربی اسبق تیم فوتبال ایران (ویلموتس)» مطرح شده است.
«سوء استفاده از موقعیت شغلی، استفاده از اوراق مجعول، صدور گزارش خلاف واقع و شروع به جعل و تزویر، تصرف غیرقانونی در اموال دولتی، به کارگیری حیدر بهاروند در سازمان لیگ برتر فوتبال بر خلاف قانون منع بکارگیری بازنشستگان، تصرف غیرقانونی در وجوه عمومی، تصرف غیر مجاز در منابع مالی فدراسیون از شرکت‌های طرف قرارداد و اهمال منتهی به تضییع وجوه عمومی به میزان ۴ هزار و ۵۱۴ میلیارد و ۹۷۴ میلیون و ۴۷هزار و ۲۴۵ ریال و ۱۰ میلیون یورو» از دیگر اتهامات صادرشده علیه وی است.
با این حال در این گزارش آمده که دادسرای تهران برای آقای تاج درباره «سوءاستفاده از موقعیت شغلی، استفاده از اوراق مجعول، صدور گزارش خلاف واقع و شروع به جعل و تزویر» قرار منع تعقیب صادر کرده، اما «در مورد دیگر اتهامات...قرار جلب دادرسی صادر شده که پرونده آن‌ها در مراجع قضایی در حال رسیدگی است».
حمید سجادی، وزیر ورزش و جوانان ایران، روز دوشنبه مدعی شده بود که «هیچ دستگاه نظارتی» با نامزدی تاج برای انتخابات ریاست فدراسیون فوتبال ایران مخالفت نکرده بود.
مشخص نیست چرا نامه ادعایی دادستان تهران درباره تشکیل پرونده برای مهدی تاج در دادسرا از سوی فدراسیون فوتبال مورد بی‌توجهی قرار گرفته است.
مرکز رسانه قوه قضائیه همچنین به تشکل‌هایی چون بسیج دانشجویی دانشکده تربیت بدنی و علوم ورزشی دانشگاه تهران که در نامه‌ای به رئیس قوه قضائیه خواستار ورود و رسیدگی قوه قضائیه به پرونده تاج شده بودند، گفته است که موضوع را از حراست وزارت ورزش پیگیری کنند.
تاج که از سال ۱۳۹۵ ریاست فدراسیون فوتبال را بر عهده داشت، هشتم دی ۱۳۹۸ از ریاست فدراسیون استعفا داد و دلیل آن را «حمله قلبی و توصیه پزشک معالج» اعلام کرد، اما در همان زمان اعلام شده بود که قرارداد فدراسیون فوتبال با مارک ویلموتس، سرمربی سابق تیم ملی، در قوه قضاییه در حال بررسی است.
وی مبلغ قرارداد ویلموتس را در زمان عقد قرارداد سالانه حدود یک میلیون دلار اعلام کرده بود، اما بعدها مشخص شد که فدراسیون برای هر سال معادل بیش از دو میلیون یورو به او تعهد داده است.
در پی شکایت ویلموتس به فیفا، این نهاد بین‌المللی فوتبال ایران را به پرداخت شش میلیون و دویست هزار یورو به سرمربی پیشین تیم ملی محکوم کرد.
نام مهدی تاج همچنین در پرونده فساد و تخلف ۹۲ هزار میلیاردی شرکت فولادمبارکه اصفهان نیز مطرح است و خبرهای تاییدنشده حاکی از پرداخت ۹۰۰ میلیون تومان به وی به دلیل «اعاده به خدمت غیرقانونی» است.