عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان، گزارش‌ها درباره «وجود اختلاف بین اعضای این شورا در موضوع همه‌پرسی» را رد کرد و گفت که این شورا در دو اصل ۵۹ و ۱۷۷ موافق همه‌پرسی است.
به گزارش خبرگزاری ایسنا، عباسعلی کدخدایی روز شنبه ۱۲ اسفند در نشست خبری هفتگی‌اش گفت: «همه‌پرسی را سیاسی نکنید». آقای کدخدایی این اظهارات را در پاسخ به خبرنگاری مطرح کرد که پرسیده بود چرا شورای نگهبان که بر اساس قانون، صلاحیت اظهارنظر درباره همه‌پرسی را ندارد درباره آن اظهارنظر می‌کند.
سخنگوی شورای نگهبان در واکنش به این پرسش گفت: «اگر بگوییم شورای نگهبان طرفدار همه‌پرسی است کافی است؟»
همچنین به گزارش خبرگزاری فارس، عباسعلی کدخدایی در پاسخ به پرسشی درباره «اختلاف نظر اعضای شورای نگهبان درباره بحث همه‌پرسی» گفت: «شما اختلافی میان اعضای شورای نگهبان نیندازید و تیتر بزنید شورای نگهبان موافق همه‌پرسی است؛ البته با رعایت اصول ۵۹، ۱۱۰ و ۱۷۷ قانون اساسی».
اصل ۵۹ قانون اساسی ایران به همه‌پرسی در «مسائل بسیار مهم اقتصادی، سیاسی، اجتماعی و فرهنگی» اشاره دارد و در اصل ۱۷۷ نیز به همه‌پرسی برای «بازنگری در قانون اساسی» اشاره شده است. یکی از اختیارات رهبر که در اصل ۱۱۰ ذکر شده «فرمان همه‌پرسی» است.
سخنرانی حسن روحانی، رئیس‌جمهوری ایران، در مراسم حکومتی ۲۲ بهمن که در آن به موضوع همه‌پرسی اشاره کرد، با واکنش‌های متعددی روبه‌رو شده است.
به جز شمار زیادی از روحانیان و امامان جمعه که از اشاره حسن روحانی به موضوع همه‌پرسی برآشفتند، دو عضو ارشد شورای نگهبان نیز بارها از این موضوع انتقاد کردند.
احمد جنتی، دبیر این شورا، با انتقاد از مطرح شدن همه‌پرسی گفته بود: «بالاترین رفراندوم در دنیا» راهپیمایی ۲۲ بهمن است.
عباسعلی کدخدایی، سخنگوی این شورا نیز یک بار پیشنهاد حسن روحانی را «کارشناسی‌نشده» خواند و بار دیگر، حدود ۱۰ روز پیش، در یادداشتی تلگرامی نوشت: «کشور امروز نه نیازمند انتخابات مجدد است ... و نه نیازمند همه‌پرسی؛ چون هر از گاهی مانند ۲۲ بهمن امسال، همه‌پرسی به صورت خودجوش و مردمی نیز انجام می‌شود».
از بین امامان جمعه نیز می‌توان به احمد علم‌الهدی، امام جمعه مشهد، اشاره کرد که پیشنهاد حسن روحانی درباره همه‌پرسی را تلویحا نشانه طرفداری او از «مردم‌سالاری سکولار» خواند و احمد خاتمی، امام جمعه موقت تهران که گفته بود: «به شبکه دولتی ضداسلامی، ضد ایرانی و به ضدانقلاب فراری که دلخوش به برخی اظهارنظرها شده‌اند می‌گویم که آن‌ها هرگز به آرزوی خود برای رفراندوم و همه‌پرسی عمومی نخواهند رسید».
از سوی دیگر ۱۵ فعال سیاسی و مدنی، وکیل و فیلمساز، از جمله نسرین ستوده، شیرین عبادی، نرگس محمدی، محسن سازگارا، ابوالفضل قدیانی و محسن کدیور، با تأکید بر «اصلاح‌ناپذیری» حکومت جمهوری اسلامی، خواستار برگزاری همه‌پرسی تحت نظارت سازمان ملل متحد برای «گذار مسالمت‌آمیز» از حکومت فعلی «به یک دموکراسی سکولار پارلمانی» شدند.
انتخابات ۸۸
در نشست هفتگی سخنگوی شورای نگهبان پرسش‌های دیگری، از جمله درباره صندوق توسعه و همچنین انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۸۸ نیز مطرح شد.
عباسعلی کدخدایی با اشاره به اینکه مصوبات مجلس درباره بودجه سال آینده، همزمان در شورای نگهبان نیز در حال بررسی است گفت: برخی از ایرادات شورای نگهبان که به مجلس ارسال شده «عبارتی است» و معمولاً حل می‌شود اما «در ۲۶ بند ایرادات را فرستاده‌ایم».
در نشست خبری سخنگوی شورای نگهبان پرسش‌هایی درباره نامه اخیر محمود احمدی‌نژاد، رئیس‌جمهوری سابق ایران، به آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، مطرح شد.
آقای کدخدایی ۱۰ روز پیش در یادداشتی تلگرامی، به خاطره‌ای از سال ۸۸ اشاره کرده بود که محمود احمدی‌نژاد با احضار او به دفترش، خواسته بود که شورای نگهبان نتیجه انتخابات را زودتر تایید کند.
خبرنگاری با اشاره به این مطلب، گفته‌های آقای کدخدایی را «وجود برخی مباحث در پشت پرده» خواند. با این حال سخنگوی شورای نگهبان گفت: این گونه پیشنهادات و درخواست‌ها همیشه از شورای نگهبان بیان می‌شود، «اما هر موضوعی که وجود داشته باشد در زمان آن گفته خواهد شد».
پس از انتشار یادداشت تلگرامی سخنگوی شورای نگهبان، علی‌اکبر جوانفکر، مشاور رئیس جمهوری در دولت احمدی‌نژاد، ملاقات رئیس‌جمهوری سابق با کدخدایی را «دروغ» خوانده بود.