علی کفاشیان برای نخستین بار در اعترافی خودخواسته، از دروغ‌های فدراسیون فوتبال ایران به فیفا پرده برداشت.
این موضوع طی دهه گذشته بارها از سوی مقامات فدراسیون فوتبال ایران انکار می‌شد و حتی منتقدین تهدید می‌شدند که باید پاسخگوی مراجع قضایی باشند.
مهدی تاج، محمدرضا ساکت و اعضای هیئت رئیسه فدراسیون مدام در برنامه‌های تلویزیونی از جمله برنامه ۹۰ بر تأیید اساسنامه در فیفا، استقلال فدراسیون و غیردولتی بودنش تأکید کردند.
کفاشیان یک دهه ریاست فدراسیون فوتبال را به عهده داشت و از سال ۹۵ با ریاست مهدی تاج، نایب رئیس فدراسیون شد.
او می‌گوید این فدراسیون برای تأیید اساسنامه سال ۸۶ به فیفا دروغ گفته. دروغی که دو بار تشکیل مجمع را در پی داشت و به دوره دوم ریاست کفاشیان و سپس مهدی تاج انجامید.
کفاشیان در مصاحبه رادیویی تأکید کرد: «از روزی که به فدراسیون آمدم بازنشسته بودم که گفتند فدراسیون غیردولتی است و مشکلی وجود ندارد. اما بعد از تغییر دولت، وزیر جدید مرا نخواست و با استناد به بازنشستگی‌ام خواستار کناره‌گیری من شد».
به دلیل مغایرت اساسنامه فدراسیون فوتبال با قوانین فیفا، این ارگان از برگزاری انتخابات فدراسیون ایران که قرار بود ۲۵ اسفند برگزار شود جلوگیری کرد.
ابراهیم شکوری، سرپرست دبیری این فدراسیون که تأکید می‌کرد «به هر نحوی» انتخابات را برگزار خواهد کرد، اما خودش برکنار شده و مهدی محمدنبی جای او را گرفته.
کفاشیان می‌گوید: «دیگر نباید به فیفا دروغ بگوییم. سال ۸۶ فیفا را گول‌زدیم و کیومرث هاشمی در پیشگفتار اساسنامه نوشت که نهاد مستقل و غیردولتی هستیم و با این کار، سر فیفا کلاه گذاشتیم».
علی کفاشیان از تابستان ۹۸ با حکم کمیته اخلاق فدراسیون فوتبال، پنج سال از «هرگونه فعالیت در عرصه فوتبال» محروم شده است.
رای صادره پیرامون موضوع حق پخش دیدارهای تیم ملی در دوران ریاست کفاشیان بود که مبالغ دریافتی از شرکت خارجی، به جای حساب فدراسیون به حساب شخصی عباس ترابیان واریز شد.
کمیته اخلاق، فدراسیون را مکلف کرد در مراجع قضایی برای «مطالبه وجه» از کفاشیان و ترابیان شکایت کیفری کند.
آقای کفاشیان از آغاز دهه ۶۰ به ریاست فدراسیون دوومیدانی رسید و طی حدود چهار دهه مهم‌ترین پست‌های ورزشی ایران را در اختیار داشته.
معاونت سازمان تربیت بدنی، دفتر امور مشترک فدراسیون‌ها، ریاست شورای برون مرزی، دبیری کمیته المپیک، همچنین سرپرستی فدراسیون‌های رزمی، ژیمناستیک، بولینگ و بیلیارد، سوارکاری، شطرنج، قایقرانی و اسکی روی آب.
او سال ۹۱ برای پرونده موسوم به «فساد در تبلیغات محیطی» بازداشت شد. جعفری دولت‌آبادی دادستان وقت تهران گفت: «کفاشیان پس از بازداشت در دادسرای زندان اوین، با قرار تأمین آزاد شده و تحقیقات از او ادامه خواهد داشت».
تحقیقاتی که مانند شکایت کیفری فدراسیون به قوه قضائیه، بی‌نتیجه ماند و توضیحی دربارهٔ سرنوشت پرونده‌ها به هواداران فوتبال داده نشد.
آقای کفاشیان حالا روشی را که در دوران مدیریت خود او به کار گرفته شد توصیه نمی‌کند و می‌گوید: «هر وقت تکان خوردیم چوب را بر سرمان کوبیدند که فدراسیون نهاد عمومی و غیردولتی است. باید قانون را به مجلس ببریم تا مدیران بعدی به مشکل نخورند».
با این حال هنوز پیش‌نویس جدید اساسنامه به اعضای مجمع ارائه نشده است. منع دخالت وزیر و معاونش در انتخابات و لغو شرط تأیید ۱۰ امضا برای نامزدی، از جمله ایرادهای فیفا بود.
فدراسیون جهانی فوتبال، کمیته‌های انضباطی و استیناف فدراسیون ایران را «فاقد استقلال» دانسته و خواستار تشکیل کمیته‌هایی مستقل شده است.