سایت رهبر جمهوری اسلامی یک فایل صوتی را بازنشر کرده که در آن آیت‌الله علی خامنه‌ای از یک «دیدار محرمانه» با روح‌الله خمینی سخن می‌گوید.
بر اساس اظهارات علی خامنه‌ای در این فایل صوتی که روز ۱۴ خرداد بازنشر شده است، بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران «برای اولین بار در حضور سران قوا» به او می‌گوید که «شما رهبر بشوید».
این فایل صوتی را اولین بار دو سال قبل در ۱۴ خرداد ۹۹، دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله خامنه‌ای منتشر کرده بود. وبسایت رهبر جمهوری اسلامی نیز در توضیح آن می‌گوید که آقای خامنه‌ای این سخنان را در یک «محفل خصوصی» بیان کرده است. با این حال به مکان و زمان دقیق این اظهارات اشاره نشده است
سایت رهبر جمهوری اسلامی می‌نویسد آیت‌الله خمینی در «مهرماه سال ۶۷»، شش ماه مانده به رویدادهای فروردین ۶۸ و عزل حسینعلی منتظری از سمت قائم مقام رهبری، «در جلسه‌ای با سران قوا ([علی] خامنه‌ای، [اکبر] هاشمی، [میرحسین] موسوی، [عبدالکریم] موسوی اردبیلی) و سید احمد خمینی، ضمن تأکید مجدد بر کنار گذاشتن آقای منتظری، رهبری آیت‌الله خامنه‌ای را پیشنهاد داده بودند».
در طول سه دهه گذشته، برای اشاره به دیدگاه مثبت آیت‌الله خمینی به رهبری علی خامنه‌ای معمولاً به نقل قول اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس‌جمهوری و رئیس سابق مجمع تشخیص مصلحت نظام، در نشست فوق‌العاده مجلس خبرگان در ۱۴ خرداد ۶۸ استناد می‌شد، و این تنها اظهارنظری است که از خود علی خامنه‌ای درباره تمایل روح‌الله خمینی به رهبری او منتشر می‌شود.
بیشتر در این باره: چرا خامنه‌ای رهبر شد و هاشمی نشد؟علی خامنه‌ای که از سال ۱۳۶۸ در مسند رهبری جمهوری اسلامی است، در این فایل صوتی مدعی شده که اصلا حرف آیت‌الله خمینی را «جدی نگرفتم؛ واقعاً جدّی نگرفتم، هیچ؛ همین‌طور سکوت کردم و نگاه کردم. جلسه هم سکوت شد، چند لحظه‌ای گذشت. من روبروی امام نشسته بودم، حاج احمد آقا این‌طرف من نشسته بود. ایشان [خطاب به من] گفت: «بله، چطور شما می‌گویید کسی نیست؟ شما هستید، آقای موسوی اردبیلی هست.»؛ دوباره امام گفت: «نخیر، ایشان رهبر بشوند.»؛ شاید هم اسم آوردند و مشخّص کردند آقای خامنه‌ای».
این اظهارات در حالی است که به گفته زهرا مصطفوی، دختر آیت‌الله خمینی، و عبدالکریم موسوی اردبیلی، سخنان نقل شده از بنیانگذار جمهوری اسلامی درباره داشتن شرایط رهبری تنها مربوط به آقای خامنه‌ای نبوده و او این جمله را درباره هر سه عضو روحانی نشست سران قوا، یعنی اکبر هاشمی رفسنجانی، عبدالکریم موسوی اردبیلی و علی خامنه‌ای بیان کرده بود.
آیت‌الله خامنه‌ای در ادامه این فایل صوتی به تشکیل جلسه‌ای در دفتر خود اشاره می‌کند و می‌گوید: «آقای هاشمی چند دقیقه‌ای زودتر آمده بود. به من گفت: «فلانی! نظر شما راجع به آن مطلبی که امام گفتند چیست؟»؛ من اصلاً یادم نیامد که ایشان چه می‌گوید. گفتم: «کدام مطلب؟»؛ گفت: «این‌که گفتند شما رهبر باشید.»؛ گفتم: «هیچّی!»؛ گفت: «نه، امام بی‌فکر قبلی این حرف را نمی‌زند. این حرف همین‌طوری از دهان امام نپرید. این را با فکر قبلی می‌گوید.»؛ گفتم: «من نمی‌دانم. من نمی‌دانم.»
پنج چهره اصلی نظام جمهوری اسلامی پس از آیت‌الله خمینی- از چپ به راست: اکبر هاشمی رفسنجانی، احمد خمینی، علی خامنه‌ای، عبدالکریم موسوی اردبیلی و میرحسین موسوی
او می‌افزاید که چند ماه بعد به اکبر هاشمی رفسنجانی گفت: «آقای هاشمی! بدان اگر چنین چیزی برای من پیش بیاید قطعاً و یقیناً آن را قبول نخواهم کرد. این را مطمئن باشید.»؛ واقعاً هم بنایم بر همین بود و اصلاً احتمال هم نمی‌دادم که قضیّه به این شکل مطرح بشود».
به نظر می‌رسد اشاره وی به بحث‌هایی است که در نشست فوق‌العاده مجلس خبرگان در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ مبنی بر شورایی شدن رهبری مطرح شد ولی ر‌أی نیاورد. در این نشست آنچه که باعث تمایل مجلس خبرگان به رهبری علی خامنه‌ای شد، نقل قولی بود که اکبر هاشمی رفسنجانی از بنیانگذار جمهوری اسلامی درباره وی مطرح کرد.
هاشمی رفسنجانی در آن نشست گفته بود: «ما یک جلسه با روسای قوا و نخست‌وزیر با احمد آقا خدمت امام بودیم، همون موقعی که مسئله آقای منتظری داغ شده بود، ما با امام مباحثه داشتیم. یکی از احتجاجاتمون با امام این بود که شما اگر آقای منتظری رو کنار بذارید، ما در رهبری دچار مشکل می‌شیم، شورایی رو، امام هم شورایی رو خیلی تمایل نداشتن، فرضاً ما می‌گفتیم ما الان نداریم کسی رو که مطرح بکنیم تو جامعه [برای رهبری]، چون ما فرضمون با مرجعیت بود و اون مسائل بود، امام فرمودن: چرا نداریم؟ آقای خامنه‌ای [را برای رهبری داریم]».
با این حال، علی خامنه‌ای در همان نشست مجلس خبرگان می‌گوید: «واقعا باید خون گریست به جامعه اسلامی که حتی احتمال کسی مثل بنده در آن [برای رهبری] مطرح بشود… به لحاظ فنی اشکال پیدا می‌کند این قضیه. رهبری، رهبری صوری خواهد بود نه رهبری واقعی. خب، من نه از لحاظ قانون اساسی و نه از لحاظ شرعی برای بسیاری از آقایان، حرفم حجت حرف رهبر را ندارد. این چه رهبری خواهد بود؟»