خبرگزاری حوزه علمیه قم مجتبی خامنه‌ای، فرزند رهبر جمهوری اسلامی ایران، را با عنوان «آیت‌الله» معرفی کرد.
خبرگزاری «رسا» همزمان با آغاز سال تحصیلی حوزه‌های علمیه در خبری که روز دوم شهریور منتشر شد اعلام کرد که مجتبی خامنه‌ای قرار است در این حوزه درس «خارج فقه و اصول» را تدریس کند و در این خبر از او به لقب «آیت‌الله» نام برد.
در این خبر همچنین ادعا شده است که آقای خامنه‌ای ۱۳ سال سابقه تدریس در این درس را دارد.
کاربرد لقب «آیت‌الله» برای فرزند رهبر جمهوری اسلامی کمتر از یک ماه پس از آن رخ می‌دهد که وب‌سایت «کلمه» منسوب به نزدیکان میرحسین موسوی اواسط مرداد نوشته‌ای را از او منتشر کرد که در آن درباره «جانشینی موروثی رهبری» در ایران هشدار داده بود.
آقای موسوی در ادامه با اشاره به احتمال جانشینی مجتبی، فرزند علی خامنه‌ای، پس از مرگ او نوشته بود که «۱۳ سال است که اخبار این توطئه شنیده می‌شود. اگر به راستی در پی آن نیستند، چرا یک بار چنین نیتی را تکذیب نمی‌کنند؟»
بیانیه میرحسین موسوی واکنش تند اصولگرایان منتقد او در ایران را به دنبال داشت که چندین روز هم به طول انجامید، اما هیچ یک از این منتقدان به مسئله «جانشینی موروثی» نه اشاره کردند و نه تکذیب.
درباره درجه حوزوی مجتبی خامنه‌ای تردیدهایی وجود دارد، هم‌چنان که پیشتر برخی مراجع تقلید، مرجعیت و اجتهاد علی خامنه‌ای را زیر سوال برده بودند.
از جمله ماه مهر ۱۳۸۹ شماری از «مدرسین و طلاب قم و نجف» در نامه‌ای سرگشاده دلیل سفر رهبر جمهوری اسلامی به قم را «تایید مرجعیت خویش و گرفتن اجازه اجتهاد از مراجع برای فرزندش مجتبی خامنه‌ای» اعلام کرده بودند.
مجتبی خامنه‌ای، ۵۳ ساله، پسر دوم علی خامنه‌ای رهبر ۸۲ ساله جمهوری اسلامی است که سال‌هاست در برخی از محافل سیاسی از او به عنوان جانشین احتمالی پدرش نام برده می‌شود.
وزارت خزانه‌داری ایالات متحده آمریکا پیشتر در گزارشی اعلام کرده بود که با اینکه مجتبی خامنه‌ای رسماً مقام سیاسی ندارد اما با «نیروی قدس سپاه پاسداران و بسیج همکاری تنگاتنگی دارد» و رهبر جمهوری اسلامی، قسمتی از مسئولیت‌های خود را به او سپرده است.
بر اساس برخی گزارش‌ها، مجتبی خامنه‌ای نقش مهمی در به قدرت رسیدن محمود احمدی‌نژاد در دو دوره ریاست جمهوری و سرکوب اعتراض‌های مردمی به‌ویژه در سال ۱۳۸۸ داشت.