علی مطهری، نایب رئیس پیشین مجلس، در نامه‌ای خطاب به غلامحسین محسنی اژه‌ای، رئیس جدید قوه قضائیه، از او خواسته است که با همان مهارت «سوت بلبلی» کاستی‌ها در این قوه را برطرف کند.
اشاره آقای مطهری به سوت زدن محسنی اژه‌ای در یک نشست دانشجویی است که او در واکنش به اعتراض‌های دانشجویان انجام داد.
نایب رئیس پیشین مجلس ایران کاستی‌های قوه قضائیه را در هفت محور تشریح کرده و خواستار آزادی رهبران جنبش سبز و یا تشکیل دادگاه علنی و صدور حکم قضایی برای آن‌ها شده و وضعیت فعلی آن‌ها را «خلاف قانون اساسی و خلاف عدالت» دانسته است.
زهرا رهنورد، میرحسین موسوی و مهدی کروبی از اسفند ۱۳۷۹ در حصر خانگی به سر می‌برند. در ماه‌های اخیر برخی محدودیت‌ها بویژه در مورد مهدی کروبی کاهش یافته است ولی آن‌ها هنوز از حصر خارج نشده‌اند.
آقای مطهری می‌گوید که حل مسئله حصر به عهده قوه قضائیه است نه شورای عالی امنیت ملی. شورای عالی امنیت ملی فقط در همان چند ماه به گفته وی، «آشوب» حق تصمیم‌گیری داشته است، پس از آن قوه قضائیه باید تکلیف را مشخص می‌کرد.
در اعتراضات سال ۱۳۸۸ که ماه‌ها به طول کشید معترضان، پیروزی محمود احمدی‌نژاد در انتخابات ریاست‌جمهوری را رد کرده و این نتیجه را ناشی از «تقلب گسترده در آراء» دانستند. این اعتراضات خیابانی با سرکوب وسیع نیروهای امنیتی و انتظامی روبرو شد که در جریان آن صدها تن کشته و هزاران نفر نیز بازداشت شدند.
نایب رئیس مجلس شورای اسلامی در بخش دیگری از نامه خود از محسنی اژه‌ای پرسیده است که «حبس منتقدانی مانند آقای نوری‌زاد چه فایده‌ای به حال نظام دارد، در حالی که حرف آن‌ها از داخل زندان در مردم مؤثرتر است تا بیرون زندان».
محمد نوری‌زاد از امضاکنندگان نامه‌ای است که در آن درخواست شده آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، از مقام خود استعفا دهد. او به ۱۵ سال زندان، سه سال تبعید به ایذه و سه سال ممنوعیت از خروج از کشور محکوم شده است.
علی مطهری از رئیس جدید قوه قضائیه خواسته است ترتیبی اتخاذ کند که «برخورد سختگیرانه با منتقدان و صدور احکام سنگین برای آن‌ها تبدیل به برخورد منصفانه شود».
بیشتر در این باره: محسنی اژه‌ای؛ «چماق»داری که همیشه نفر اول بوده استغلامحسین محسنی اژه‌ای روز ۱۰ تیرماه از سوی رهبر جمهوری اسلامی به عنوان رئیس جدید قوه قضائیه منصوب شد. او که سرکوب مخالفان و دگراندیشان را در کارنامه خود دارد در مراسم معارفه‌اش وعده داد که «مبارزه قاطع» با فساد را در دستور کار خود خواهد گذاشت و از «آزادی‌های مشروع» دفاع می‌کند.
علی مطهری در بخش دیگری از نامه خود، ریشه عناوین اتهامی «نشر اکاذیب به قصد تشویش اذهان عمومی»، «توهین به مقامات عالی کشور» و «اقدام علیه امنیت ملی» را در به رسمیت نشناختن انتقاد و اعتراض توسط نهادهای امنیتی و اطلاعاتی و برخی قضات دانسته است.
علی مطهری نوشته است که معنی ندارد بخشی از زندان اوین در اختیار اطلاعات سپاه باشد، بخش دیگر در اختیار وزارت اطلاعات و بخش دیگر در اختیار حفاظت اطلاعات قوه قضائیه و یک بخش هم در اختیار سازمان زندان‌ها، «در حالی که تمام بخش‌ها باید در اختیار و تحت تسلط سازمان زندان‌ها باشد تا حقی از متهمان سیاسی و امنیتی در پستوها ضایع نشود».
نائب رئیس سابق مجلس همچنین خواستار اصلاح آیین‌نامه‌ای شده که در روزهای آخر مسئولیت ابراهیم رئیسی در قوه قضائیه درباره وکلای دادگستری به امضای او رسیده است. آقای مطهری این آئین‌نامه را «خلاف قانون اساسی» دانسته است که بر اساس آن «وکیل نباید علیه قانون اساسی یا نظام اظهارنظر کند و گرنه پروانه او باطل می‌شود».
او خواستار ارائه لایحه ای از سوی قوه قضائیه برای حذف تبصره ۳ ماده ۴۸ قانون آیین دادرسی کیفری شده که براساس این تبصره، «متهمان سیاسی و امنیتی در انتخاب وکیل، محدود به چند وکیل مورد وثوق رئیس قوه قضائیه شده‌اند».