علی مطهری با درخواست «روشنگری» درباره پرونده‌هایی چون بازداشت‌های غیرقانونی مرتبط با ترورهای هسته‌ای، انفجار مشهد، قتل‌های زنجیره‌ای و اتوبوس ارمنستان، گفته است این رویدادها «به بهانه حفظ نظام» رخ داده است.
این نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی که با شماره روز چهارشنبه ۳۰ مرداد روزنامه «اعتماد» گفت‌وگو کرده، از مسئولان دولتی خواسته است که درباره این پرونده‌ها «پاسخگوی ابهامات» باشند.
علی ربیعی، سخنگوی دولت ایران، ۲۸ مرداد در واکنش به ابهامات مطرح شده پیرامون پرونده ترور دانشمندان هسته‌ای گفته بود «این اتفاق در این دولت رخ نداده» است.
مازیار ابراهیمی در سال ۹۱ به اتهام دست داشتن در «ترور دانشمندان هسته‌ای» ایران بازداشت و در سال ۹۳ آزاد شد. وی چندی پیش در مستندی که از شبکه تلویزیونی بی‌بی‌سی فارسی پخش شد شکنجه‌هایی را که برای اعتراف‌گیری تحمل کرد، از جمله اعدام ساختگی، توضیح داد.
به گفته آقای ابراهیمی، او دو سال پس از پخش اعترافاتش از تلویزیون حکومتی ایران از زندان آزاد شد. وی در حال حاضر در آلمان به سر می‌برد.
به گفته آقای ابراهیمی، علاوه بر او، ۱۱ نفر دیگر هم در این پرونده متهم شده بودند که آن طور که در گزارش‌ها آمده است همگی آزاد شده‌اند.
علی مطهری با اشاره به همین پرونده گفته است روش‌هایی که مسئولان حکومت در این پرونده به کار گرفته‌اند، «اصلا متناسب با اخلاق و روش‌های اسلامی ما نيست».
این نماینده مجلس همچنین از حیدر مصلحی، وزیر اطلاعات دولت احمدی‌نژاد، خواسته است که به سوالات در این زمینه پاسخ دهد و ضمن «عذرخواهی»، خسارت‌هایی را که وارد کرده‌اند، جبران کنند.
محمود صادقی، نماینده تهران در مجلس، روز ۲۶ مردادماه خبر داد که درباره سخنان مازیار ابراهیمی سوالی را از وزیر اطلاعات مطرح کرده است.
وزیر اطلاعات ایران روز ۱۶ مرداد وعده داده بود که در یک کنفرانس خبری به «موارد مطرح شده» درباره پرونده ترور «دانشمندان هسته‌ای» ایران پاسخ دهد ولی این نشست خبری هنوز برگزار نشده است.
دومین پرونده‌ای که مطهری به آن اشاره کرده، پرونده انفجار در حرم امام هشتم شیعیان در سال ۱۳۷۳ است.
در جریان این انفجار که ۳۰ خرداد ۱۳۷۳ رخ داد، ۲۴ نفر کشته و ۲۹۰ نفر زخمی شدند. مقام‌های حکومت ایران ابتدا اعلام کردند که چند نفر از عوامل سازمان مجاهدین خلق این انفجار را طراحی و انجام داده‌اند. اعترافات افراد بازداشت شده هم از تلویزیون حکومت پخش شد.
با این حال، سال ۱۳۷۸ در جریان افشاگری پیرامون قتل‌های زنجیره‌ای، چهره‌های سیاسی نزدیک به دولت خاتمی فاش کردند که این انفجار توسط وزارت اطلاعات ایران صورت گرفته است.
وزارت اطلاعات ایران تاکنون توضیحی درباره این حادثه ساختگی نداده و بعید به نظر می‌رسد به درخواست آقای مطهری برای «روشنگری» پاسخ مثبت بدهد.
بیشتر در این باره: ۲۰ سال پس از قتل‌های زنجیره‌ای؛ گفت‌وگو با فرزند محمد مختاریسومین پرونده مورد اشاره علی مطهری، قتل‌های زنجیره‌ای است. در جریان این قتل‌ها که پاییز سال ۱۳۷۷ رخ داد، چند نفر از فعالان سیاسی و فرهنگی به قتل رسیدند. وزارت اطلاعات دی‌ماه ۷۷ اعلام کرد که گروهی از اعضای خودسر در این وزارتخانه در طراحی قتل‌ها دست داشتند.
به گفته مطهری این قتل‌ها برای ترساندن «دگراندیشان و روشنفکران» انجام شده است.
چهارمین پرونده مورد اشاره علی مطهری نیز به پرونده «اتوبوس ارمنستان» مشهور است. در جریان این عملیات که مرداد سال ۱۳۷۵ رخ داد، ماموران وزارت اطلاعات تلاش کردند که اتوبوس حامل ۲۱ نویسنده و شاعر ایرانی که قرار بود به ارمنستان بروند را به دره‌ای پرتاب کنند که این عملیات ناموفق بود.
این نماینده مجلس گفته است افرادی که چنین عملیات‌هایی را انجام می‌دهند، می‌گویند «ما برای حفظ نظام می‌توانیم به چنین اقداماتی دست بزنیم».
علی مطهری شهریور ۹۵ نیز در نامه‌ای خواستار روشن شدن تکلیف شایعات درباره اعدام‌های تابستان ۱۳۶۷ شد. در جریان آن پرونده با دستور آیت‌الله خمینی، هزاران نفر از مخالفان جمهوری اسلامی که در زندان بودند، اعدام شدند.
ابراهیم رئيسی، رئيس قوه قضاییه و مصطفی پورمحمدی، دبیرکل جامعه روحانیت مبارز که عضو هیات مجری دستور خمینی برای اعدام مخالفان بودند، پاسخی به نامه مطهری نداده‌اند.
مصطفی پورمحمدی در چند اظهارنظر که درباره این پرونده کرده، گفته است به نقش خود در اعدام‌های تابستان ۱۳۶۷، افتخار می‌کند.