در پی صرف مبالغی هنگفت برای راه اندازی نيروگاه هسته ای بوشهر، برخی از نشريات چاپ تهران می پرسند آيا پرداخت چنين هزينه های سرسام اوری اصولا منطقی است؟
با آنکه تاکنون بودجه ای که صرف فعاليت های هسته ای در ايران شده از سوی مقام های حکومتی به طور مشخص اعلام نشده، اما تخصيص ۱۲۰۰ ميليارد تومان به اين امر تنها در بودجه سال ۱۳۸۶ ، می تواند بخشی از ابعاد مالی فعاليت های هسته ای جمهوری اسلامی را مشخص کند.
غلامرضا آقازاده ، رييس سازمان انرژی اتمی ايران ، با اشاره به تاخير شرکت روسی که در ساخت نيروگاه اتمی بوشهر مشارکت دارد و اين ادعای آن که وجوه لازم مالی را دريافت نکرده است گفت: «نيروگاه بوشهر جزو پروژه هايی است که در هيچ مقطعی نه تنها پيمانکار آن طلبکار نبوده، بلکه معمولا ما جلوتر از کار پيمانکار در پرداخت ها بوده ايم. تنها چيزی که آنها الان مطرح می کنند اين است که به ما کمک کنيد تا پروژه راه بيافتد. ما هم برای اينکه نيروگاه برايمان اهميت دارد در اين زمينه تلاش کرديم تا مساعدت بشود.»
پيش تر نيز برخی از مقامات ايرانی از جمله علی لاريجانی دبير شورای عالی امنيت ملی و محمد سعيدی معاون امور بين الملل سازمان انرژی اتمی اعلام کرده بودند جمهوری اسلامی حاضر است مبالغی را پيشاپيش و حتی بالاتر از مبلغ قرار داد فعلی به روسيه بپردازد تا ساخت نيروگاه بوشهر هرچه زودتر به اتمام برسد.
روزنامه اعتماد ملی در سرمقاله ۲۱ اسفندماه خود با اشاره به بالارفتن هزينه های ساخت نيروگاه بوشهر، نوشت: «ساليان دراز از قرارداد ساخت نيروگاه هسته‌ای بوشهر به دست روس‌ها می‌گذرد. در آغاز روس‌ها هزينه گزافی را بابت تغيير زيرساخت‌ها و زيربناهای اوليه که به دست آلمانی‌ها و ژاپنی‌ها صورت پذيرفته، بر ايران تحميل کردند. اعزام کارشناسان ريز و درشت به نيروگاه بوشهر خود ارقام نجومی ديگری را به کشور تحميل نمود. اين در حالی است که تکنولوژی ساخت و هزينه های مرتبط با آن قابل مقايسه با ديگر کشورهای صاحب تکنولوژی نيست.»
اشاره اعتماد ملی به تکنولوژی روسی در زمينه فن آوری هسته ای است که از تکنولوژی اروپايی و امريکايی عقب تر ارزيابی می شود.
اين روزنامه در ادامه پرسيده است: « سوال اساسی آن است که بابت هر مگاواتی که قرار است در نيروگاه بوشهر انرژی توليد شود، چه هزينه‌ای را پرداخت می‌کنيم؟ به زبان ساده تر آيا تناسب منطقی و قابل دفاعی بين هزينه‌ها و فوايد اين طرح وجود دارد؟»
روزنامه جمهوری اسلامی نيز در سرمقاله همين روز خود از چند برابر شدن هزينه های ساخت نيروگاه بوشهر طی چند سال اخير انتقاد کرد.
احمد شيرزاد ، نماينده مجلس ششم و استاد فيزيک هسته ای گفته است: « فناوری هسته ای برای مردم ايران حاوی آنچنان منافعی که ادعا می شود نيست و برعکس به قيمتی بسيار کلان ما را به نتيجه ای بسيار اندک می رساند.»
دولت ايران تاکنون به هيچ يک از اين گونه انتقادها پاسخی نداده است.