وزارت علوم، تحقيقات و فناوری روز يکشنبه ۲۳ شهريور ماه با صدور بيانيه ای اعلام کرده است که دانشگاه غير انتفاعی ايرانيان متعلق به محمود احمدی نژاد، رييس جمهوری سابق ايران، «فاقد مجوز راه‌اندازی و انجام امور آموزشی و پژوهشی» است.
به گزارش روابط عمومی وزارت علوم، تحقيقات و فناوری، در اين بيانيه با اشاره به این که «دانشگاه ایرانیان» مجوز «پذیرش دانشجو» ندارد، تصريح شده است: « مصوبه جلسه ۷۳۵ مورخ ۱۳۹۳/۴/۲۵ شورای عالی انقلاب فرهنگی درخصوص اعطای مجوز به آقای دکتر محمود احمدی‌نژاد برای تأسيس دانشگاه بين‌المللی در تهران نيز لغو و بلااثر اعلام شده است.»
در بيانيه وزارت علوم اعلام کرده است: «هرگونه فعاليت آموزشی و پژوهشی از سوی مؤسسه‌ای با عنوان «دانشگاه ايرانيان» يا «دانشگاه غيردولتی ـ غيرانتفاعی جامع بين‌المللی ايرانيان» فاقد وجاهت قانونی است و مورد تائيد وزارت علوم، تحقيقات و فناوری نيست.»
بحث ها در خصوص قانونی بودن تاسیس« دانشگاه ايرانيان» توسط محمود احمدی نژاد و شماری از نزديکان وی، چون اسفنديار رحيم مشايی و حميد بقايی، از زمان ایجاد اين دانشگاه وجود داشته است. به ويژه اين که طی این مدت گزارش هايی در خصوص استفاده از امکانات دولتی برای تاسيس دانشگاه در رسانه های ایران منتشر شده است.
تنها چند روز پس از پايان کار دولت آقای احمدی‌نژاد اسنادی در رسانه‌ها منتشر شد که نشان می‌داد حدود ۱۶ ميليارد تومان در روز پايانی دولت پيشين به دستور خود او، برای راه‌اندازی دانشگاه از نهاد رياست جمهوری جابه‌جا و به حساب «شخصی» و «مشترک» به نام خود آقای احمدی‌نژاد و حميد بقايی، معاون اجرايی او، واريز شده است.
نزديکان آقای احمدی‌نژاد ابتدا اين موضوع را تکذيب کردند، اما پس از مدتی با تاييد آن گفتند که اين مبلغ تنها نقش «کمک» را داشته و چند روز بعد هم بدون ذکر رقم ۱۶ ميليارد تومان، اعلام کردند که دانشگاه ايرانيان کمک دريافتی از دولت را به نهاد رياست جمهوری بازگردانده است.
این در حالی بود که ديوان محاسبات کشور اعلام کرد که اين حساب بانکی در آن هنگام «توقيف» شده و مالکانش «امکان دسترسی به اين حساب را نداشته‌اند» تا مبلغ مذکور را به رياست جمهوری ايران بازگردانند.
موضوع ديگری در رسانه ها واکنش زيادی در پی داشت در خواست کمک ۵۰ ميليارد تومانی از دولت حسن روحانی بود.حميد بقايی، معاون پشتيبانی دانشگاه ايرانيان، در نامه‌ای خطاب به حسن روحانی، رييس جمهوری اسلامی، از او کمکی معادل «حداقل» ۵۰ ميليارد تومان طلب کرده بود.
حمید بقايی که معاون اجرايی محمود احمدی‌نژاد در دوران رياست جمهوری او بوده، در اين نامه، از رييس دولت يازدهم خواسته بود تا «پول، زمين و هر نوع کمک ديگر» که می‌تواند، به دانشگاه ايرانيان ارائه کند.
معاون پشتيبانی دانشگاه ايرانيان، علاوه بر کمک ۵۰ ميلياردی، همچنين چندين ساختمان در تهران و مراکز استان، زمينی حدودا ۲۰۰ هکتاری در اطراف تهران، و همکاری مسئولان در دولت آقای روحانی را خواستار شده بود.