سرانجام بعد از مدت‌ها مذاکره و گمانه زنی به نظر می‌رسد سید حسن خمینی تصمیمش برای حضور در رقابت‌های انتخاباتی مجلس خبرگان را گرفته است. البته هنوز خود وی اعلام نکرده که در انتخابات شرکت کند. اما اعلام خبر از سوی برادرش سید علی خمینی باعث شده تا خبر یاد شده معتبر تلقی شود.
این اولین بار است که سید حسن خمینی وارد رقابت‌های انتخاباتی می‌شود و به عبارت دیگر نخستین وزن کشی سیاسی واجتماعی را تجربه می‌کند. علی رغم تاکید وی و خانواده آیت الله خمینی مبنی بر مشی فراجناحی ولی عملا آن‌ها در بلوک اصلاح طلب- اعتدالی قرار می‌گیرند. چهره‌های قدیمی اصلاح طلب و بخصوص مجمع روحانیون مبارز نزدیکان پدرش بودند. مواضع سیاسی، فرهنگی و عقیدتی سید حسن خمینی نیز به اصلاح طلبان نزدیک‌تر است. اگر چه در سیاست خارجی به لحاظ گفتمانی با اصول گرایان همگرایی بیشتری دارد.
در ماه‌های گذشته نیز اغلب گروه‌ها و فعالان اصلاح طلب و بخصوص اکبر هاشمی رفسنجانی از وی دعوت کردند تا در انتخابات مجلس خبرگان کاندید شود.
حضور سید حسن خمینی به معنای تقویت جایگاه سیاسی وی و همچنین تلاش برای افزایش تاثیرگذاری در تصمیم گیری‌ها وتصمیم سازی‌های نظام خواهد بود. این امر به همان اندازه که برای اصلاح طلب‌ها، اعتدالی‌ها، حلقه یاران رفسنجانی و اصول گرایان معترض وضع موجود خوشایند است، برای اصول گرایان افراطی و لایه‌های نظامی و امنیتی آن‌ها امری منفی قلمداد می‌شود.
بخش تند روی حکومت با ایجاد اخلال در سخنرانی‌های قبلی حسن خمینی نظر منفی‌اش نسبت به نقش آفرینی وی در نظام را اعلام کرده است. در بین اصول گرایان تا کنون چهره‌های اندکی از کاندیداتوری حسن خمینی استقبال نموده‌اند.
حساسیت‌ها نسبت به حضور حسن خمینی در مجلس خبرگان بیشتر ناظر به آینده است. دستیابی به نقش آفرینی مستقیم در مجلس خبرگان، احتمال جانشینی وی بعد از فوت خامنه‌ای را تقویت می‌نماید. علت اصلی مخالفت‌ها با پر رنگ شدن نقش سیاسی حسن خمینی ریشه در این مساله دارد. در عین حال حضور وی موازنه قوا را به نفع بخش تجدید نظر طلب حکومت تقویت می‌کند و به همین دلیل بخش مدافع گفتمان کلاسیک نظام نظر منفی نسبت به این اتفاق دارد.
حسن خمینی در صورت تایید صلاحیت مشکلی در کسب رای ندارد و می‌توان پیشبینی کرد جزو رتبه‌های اول منتخبین مجلس خبرگان در استان تهران باشد. رد صلاحیت وی به دلایل سیاسی نامحتمل است. اما سرسختی برخی از مخالفان که در شورای نگهبان نفوذ دارند، ممکن است موانعی پیش پای وی بگذارند. درخواست برای شرکت در آزمون می‌تواند یکی از این موانع باشد. چنین درخواستی که از سوی حسن خمینی توهین آمیز تلقی خواهد شد، می‌تواند اثر بازدارنده داشته باشد. حسن خمینی دانش فقهی خوبی دارد. در حال حاضر جزو مدرس‌های درجه اول در حوزه علمیه قم است و اکثر مراجع اعم از سنتی و یا هوادار نظام خبرویت فقهی وی را تایید می‌نمایند. او شرایط لازم برای عضویت در مجلس خبرگان جمهوری اسلامی را دارد. اما نگرانی از اینکه نمایندگی وی در مجلس خبرگان، بازگشت ولایت به خاندان خمینی را هموار سازد، عاملی است که بخشی از قدرت و از جمله خانواده خامنه‌ای را علیه این اتفاق بسیج می‌سازد.
این نگرانی از همین حالا بروز یافته است و عده‌ای انتقاد کرده‌اند که کاندیداتوری حسن خمینی شائبه موروثی بودن قدرت در خانوده آیت الله خمینی را ایجاد می‌کند! برخی نیز ادعایی بی‌پشتوانه را طرح کرده‌اند که آیت الله خمینی به خانواده‌اش توصیه کرده است که در سیاست دخالت نکنند. در صورتی که در وصیت نامه و اظهارات رسمی از بنیانگذار جمهوری اسلامی این ادعا وجود ندارد.
حضور حسن خمینی اگر به عنوان یک فرد باشد چندان حساسیت زا نخواهد بود. اگر چه در این دوره آستانه تحمل نظام در انتخابات مجلس خبرگان پایین‌تر از ادوار قبلی است بگونه‌ای که چهره‌های اصول گرای سنتی نیز نسبت به حضور جمع کوچکی که در مجلس خبرگان ساز ناکوک بزنند، هشدار داده‌اند. اما اگر وی به همراه گروهی از کاندیدا‌های متمابل به بلوک اصلاح طلب- اعتدالی در انتخابات ظاهر شود، وضعیت متقاوت خواهد بود. در این صورت بعید نیست گروه‌های فشار علیه وی فعال شوند و در ایام تبلیغات انتخاباتی ایجاد مزاحمت کنند.
منتها نفس کاندیداتوری حسن خمینی اتفاقی تعیین کننده نیست و مشکل حادی برای بخش مسلط قدرت ایجاد نمی‌کند. البته حضور وی در مجلس خبرگان برای آن‌ها امر خوشایندی نیست ولی به تنهایی نیز تهدیدی بزرگ محسوب نمی‌شود که به رویکرد حذفی متوسل شوند. حسن خمینی به تنهایی در مجلس خبرگان حتی با داشتن اقلیتی همسو توان تاثیرگذاری بالا نخواهد داشت و نمی‌تواند تحولی در مشی خنثی و نمایشی مجلس خبرگان ایجاد کند.
اما حضور او در کنار رفسنجانی و حسن روحانی اگر با جمع هماهنگی همراه باشد که اکثریت مجلس خبرگان را بتوانند تحت تاثیر قرار دهند، آنگاه برای اقتدار گرایان و اکثریت کنونی مجلس خبرگان مشکل ساز می‌شود. نسبت خانوادگی حسن خمینی مخالفت با وی را برای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و جامعه روحانیت مبارز تهران دشوار گردانده است. حسن خمینی با برخی از شخصیت‌های روحانی اصول گرا میانه خوبی دارد. همچنین از حمایت مراجعی چون آیت الله‌ها وحید خراسانی، عبدالله جوادی آملی، ناصر مکارم شیرازی، عبدالکریم موسوی اردبیلی، یوسف صانعی و سید موسی شبیر زنجانی برخوردار است. پایگاه نسبتا مستحکمی در حوزه علمیه قم دارد. جمعیت موتلفه نیز با حضور مستقل وی در انتخابات مجلس خبرگان روی خوش نشان داده است.
مجموعه این عوامل باعث می‌شود تا احتمال ممانعت از حضور او در مجلس خبرگان ضعیف باشد. اما در شرایطی حضور او از دید اقتدار گرایان حاکم می‌تواند آن قدر تهدید تلقی شود که با توسل به گزینه‌هایی چون درخواست برای شرکت در امتحان آزمون خبرگان برای وی ایجاد مشکل کنند.
در کل امکان اینکه حسن خمینی نیز مانند پدرش احمد خمینی عضو مجلس خبرگان شود، به طور نسبی بالا است. این اتفاق باعث رشد سیاسی وی می‌شود اما در عین حال وی را در برابر چالش‌های مهمی قرار می‌دهد و حملات بخشی از بلوک قدرت به وی افزایش می‌یابد.