علی مطهری، نماينده مجلس با انتقاد از رويکرد نظام جمهوری اسلامی در قبال منتقدان گفته است، وقتی حکومت کار اشتباهی انجام می دهد می بايست عذرخواهی کرده آن را اصلاح کند، و نه بر چنين رويکردی پافشاری کند.
علی مطهری در گفت وگو با خبرگزاری آنا، وابسته به دانشگاه آزاد، که روز شنبه ۱۲ ارديبهشت همزمان با سالگرد قتل پدرش منتشر شده، گفته است:«من می‌گويم که اگر نظام کار غلطی هم انجام می‌دهد بايد عذرخواهی و روش را اصلاح کند نه اينکه روی همين روش‌ها پافشاری شود. وقتی يک کار غلطی رويه می‌شود من از آن انتقاد می‌کنم. وقتی از حصر خانگی انتقاد می‌کنم، منظورم دفاع از آقای موسوی و کروبی نيست که بگويم اينها هيچ خطايی نداشته‌اند و بخواهم يک دفاع صددرصدی بکنم. اصلا بحث شخص و اين دو نفر نيست.»
اين نماينده مجلس در ادامه تصريح کرده است:من اين رويه و اين شيوه برخورد با مخالف و منتقد را قبول ندارم و می‌گويم که اين برخوردها خلاف اسلام، اخلاق و قانون اساسی است و از طرفی ضرورتی ندارد؛ نظام جمهوری اسلامی از استحکام کافی برخوردار است و نيازی نيست که بخواهيم سخت‌گيری کنيم، همانطور که در گذشته هم برخی کارهای بی‌خود و بی‌جهت انجام داديم.
علی مطهری با انتقاد از رويکرد نظام جمهوری اسلامی در برخورد با آيت الله حسينعلی منتظری، از مراجع شيعه در قم، گفته است: همچنین برخوردی که با خيلی از منتقدين از جمله اعضای نهضت آزادی شد نامناسب بود. مثل برخوردی که با مرحوم عزت‌الله سحابی شد و يا مسئله مرگ هاله سحابی. اينها کارهای غلطی است که انجام شد و نبايد تکرار شود.
اشاره این نماینده مجلس به مراسم تشییع عزت الله سحابی، از چهره های شاخص ملی مذهبی در سال ۱۳۹۰ است. در جریان مراسم که تحت کنترل شديد نيروهای امنيتی در جريان بود بر اثر حمله نیروهای امنیتی هاله سحابی، دختر عزت الله سحابی سکته کرد و جان باخت.
برخورد نيروهای تندرو اصولگرا با علی مطهری طی سال های اخير چندین بار خبر ساز شده است. در تازه ترين آنها علی مطهری روز ۱۸ اسفند ۹۳ برای سخنرانی در دانشگاه شيراز به اين شهر سفر کرد، اما پيش از رسيدن به دانشگاه شيراز در فرودگاه اين شهر مورد «هجوم نيروهای لباس‌شخصی» و ضرب‌وشتم قرار گرفت و در نهايت مجبور به بازگشت به تهران شد.
اين نماينده مجلس خود روز پنج‌شنبه، ۲۰ فروردين، «برخی از اعضای شورای تامين استان» فارس و «افراد زيرمجموعه» آنها را متهم کرد که «ايجادکننده ناامنی» در شهر شيراز هستند و امنيت اين شهر را «مخدوش می‌کنند».
«دوام» اصولگرايی
علی مطهری در بخش ديگری از گفت وگوی خود نسبت به تدوام جريان اصولگرا با شرايط کنونی آن ابراز ترديد کرده است.
آقای مطهری گفته است:«اصولگرايی به اين شکلی که در بعضی از اينها وجود دارد، قابل دوام نيست. اصولگرايی را عملا به معنای تعطيل عقل، مغفول واقع شدن حقوق مردم و آزادی‌های اجتماعی و فردی گرفته‌اند. اينها اصولگرايی را تنها به معنای دفاع از حقوق نظام گرفته‌اند و می‌گويند که ما بايد فقط از نظام دفاع کنيم. فکر نمی‌کنند که يک جاهايی بين حقوق نظام و حقوق مردم تزاحم ايجاد می‌شود و بايد به حقوق مردم هم بپردازيم.»
وی اضافه کرده است:« اينها تنها خود را مدافع حقوق نظام می‌دانند و لذا اين نوع اصولگرايی قابل دوام نيست. نگاه اعتدالی در اصولگرايی می‌تواند دوام داشته باشد اما نگاه افراطی و تندرو در اصولگرايی به مرور از بين می‌رود چون اينها پايگاه قابل توجه اجتماعی ندارند و پايگاه موجودشان هم به مرور ضعيف‌تر خواهد شد. نمی‌توانند خيلی تأثيرگذار باشند.»
علی مطهری در خصوص رابطه خود با علی لاريجانی، رييس مجلس گفت است:«رابطه من با آقای علی لاريجانی خوب است. اما انتقاداتی به برخی اقدامات رئيس محترم قوه قضائيه دارم. ابتدا که ايشان آمدند، چند کار خوب انجام دادند، مثلا از پخش مستقيم دادگاه‌های متهمان فتنه ۸۸ به آن شکل جلوگيری کردند اما به برخی عملکردهای بعدی اين دستگاه انتقاداتی را وارد می‌دانم و انتظار تحولات مثبت بيشتری در اين قوه داشتم.»
اشاره علی مطهری به برگزاری دادگاه های شماری از چهره های اصلاح طلب و روزنامه نگاران در جریان اعتراض ها به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری در سال ۱۳۸۸ است.