محمدعلی نجفی،سرپرست وزارت علوم، روز شنبه اول شهريور ماه گفته است که کميته ای برای بررسی بورسيه های غيرقانونی اعطا شده به برخی از افراد در دولت محمود احمدی نژاد تشکيل خواهد شد.
به گزارش خبرگزاری جمهوری اسلامی، ايرنا، محمد علی نجفی در پاسخ به اين پرسش که « آيا در اين کميته از نظر ديوان محاسبات و سازمان بازرسی کل کشور برای پيگيری بورسيه های غير قانونی استفاده خواهد شد يا نه»، گفته است: وزارت علوم کار خود را می کند و ما از نظرات ارگانهای نظارتی ديگر نيز حتما استفاده خواهيم کرد.
محمدعلی نجفی پس از آن که مجلس روز چهارشنبه ۲۹ مرداد به رضا فرجی‌دانا ، وزير علوم، تحقيقات و فناوری، رای اعتماد نداد، از سوی حسن روحانی، رئيس جمهوری ايران، به سرپرستی اين وزارتخانه منصوب شد.
پيشتر خبرگزاری کار ايران، ايلنا، گزارش داده بود که به اسنادی دست يافته است که نشان می‌دهد، اعضای خانواده برخی از طراحان استيضاح وزير علوم در فهرست بورسيه‌های غيرقانونی دولت محمود احمدی‌نژاد هستند. افشای اين بورسيه‌ها توسط وزير علوم يکی از دلايل استيضاح رضا فرجی دانا اعلام شده بود.
با اين حال محمد علی نجفی با اشاره به اين که « براساس قانون وضعيت بورسيه های غيرقانونی را پيگيری خواهيم کرد» گفته است: اين وزارتخانه براساس قانون دارای اختياراتی است که مطابق با آن در برخورد با بورسيه های غير قانونی عمل خواهد کرد.
در همین زمینه، حسن روحانی نیز روز شنبه با تاکيد بر «ادامه مبارزه دولت با فساد در زمينه بورس‌های غير قانونی» و اشاره به استیضاح و عزل رضا فرجی دانا هشدار داد که «با تغيير يک نفر، مسير دولت عوض نمی‌شود».
مجتبی صديقی، رييس سازمان امور دانشجويان ايران، دی ماه پارسال گفته بود که از سال ۱۳۸۹ تا ۱۳۹۲ حدود سه هزار تن بدون آزمون به دانشگاه‌ها معرفی شدند و برخی از آنان حتی کف معدلی آيين‌نامه‌ها را نيز نداشتند.
برخی خبرگزاری‌ها و رسانه‌ها خبر داده‌اند که نام تعدادی از نمايندگان مجلس و فرزندان آنان از جمله نام فرزند و مسئول دفتر محمد مهدی زاهدی، وزير علوم دولت احمدی‌نژاد و رييس کميسيون آموزش مجلس نهم نيز در ليست «بورسيه‌های غيرقانونی» به چشم می‌خورد.
روزنامه دولتی ايران ۱۱ تير ماه با انتشار گزارشی، استيضاح وزير علوم را تاوان افشای «بورسيه‌های غيرقانونی» خوانده بود.
حسن روحانی در آغاز دوره ریاست جمهوری خود ابتدا محمدعلی نجفی را به عنوان وزير آموزش و پرورش به مجلس معرفی کرد. اما او نيز در مجلس به «همراهی با فتنه‌گران» متهم شد و با اختلاف يک رای، نتوانست رای اعتماد اکثريت نمايندگان را به دست بياورد.