دو روز پس از انتقاد علی مطهری از حکم دادگاه حمله به او و شکایت جدید علیه «آمران» این حادثه، قائم مقام دانشگاه شیراز، نیز در اعتراض به این حکم گفت که دادگاه «سنگین‌ترین حکم» این پرونده را «برخلاف مستندات» برای او صادر کرده است.
علی‌اکبر صفوی در مصاحبه‌ای با شماره روز پنجشنبه، ۱۷ دی ماه روزنامه شرق،اعلام کرد که هیچ نقشی در صدور مجوز برای سخنرانی علی مطهری در دانشگاه شیراز نداشته و هیات نظارت بر تشکل‌های دانشجویی مجوز سخنرانی آقای مطهری را صادر کرده است.
وی اعلام کرد که با این حال، دادگاه او را به عنوان متهم ردیف دوم این پرونده به «انفصال از خدمت» دولتی « به طور کامل و نه تعلیقی» محکوم کرده است.
به گفته آقای صفوی،متهم ردیف اول این پرونده رئیس دانشگاه شیراز، متهم ردیف سوم،دبیر تشکل دانشجویی دعوت کننده از آقای مطهری و متهمان ردیف های بعد حمله کنندگان به آقای مطهری هستند.
وی تاکید کرد که تعداد حمله کنندگان به آقای مطهری «خیلی بیشتر » از هشت نفری است که در این پرونده به عنوان متهم شناخته شده اند.
دادگاه حمله به آقای مطهری شش نفر از حمله‌کنندگان به او را به دو سال حبس و ۱۰ ضربه شلاق «تعلیقی» ودو حمله‌کننده دیگررابه چهار و نیم ماه حبس و ۳۷ ضربه شلاق «تعلیقی» محکوم کرده که این حکمها به مدت دوسال و یک سال «تعلیق »شده اند.
در احکام «تعلیقی»، اگر متهم در مدت تعیین‌شده توسط دادگاه به دلیل جرم مشابه دیگری محکوم نشود، حکم صادره اجرا نخواهد شد.
صدور این حکمها برای حمله کنندگان به آقای مطهری در حالی است که قائم مقام دانشگاه شیراز به انفصال از خدمات دولتی به صورت «تعزیری» و دانشجوی دعوت‌کننده از آقای مطهری نیز به جرم «معاونت در امتناع از دستورات و قوانین دانشگاه ... و زمینه‌سازی برای سخنرانی» به یک میلیون تومان جریمه نقدی محکوم شده است.
احکام «تعزیری»در صورت تائید در مراحل بعدی قضایی اجرا خواهد شد.
رئیس دانشگاه شیراز نیز به انفصال از خدمات دولتی به صورت «تعلیقی» محکوم شده است.
علی مطهری،روز سه شنبه ضمن اعتراض به حکم دادگاه گفته بود که درخواست تجدید نظر نخواهد کرد اما از «آمران » حمله به خود شکایت خواهد کرد.
آقای مطهری پیش از این تلویحاً برخی از مهاجمان به خود را وابسته به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی معرفی کرده بود.
درهمین حال قائم مقام دانشگاه شیراز نیز گفت که دوربین‌های مداربسته حمله کنندگان به آقای مطهری را شناسایی کرده و مشخص است که «آنها متعلق به کدام سازمان هستند. »
وی همچنین با مقایسه حادثه حمله به آقای مطهری و حمله به سفارت عربستان سعودی افزود: «این افراد هم کاملا شناسایی شده‌‌اند... همین تیپ افرادند که به نماینده مجلس حمله می‌کنند؛ همین تیپ افراد هستند که به سفارتخانه‌ها حمله می‌کنند.»
آقای صفوی همچنین خبر داد که شکایت از مدیران دانشگاه شیراز از سوی دادستانی وبا «هماهنگی» فرمانداری شیراز انجام شده است.
وی با اشاره به نامه «توصیه ای» فرمانداری شیراز برای برگزار نشدن سخنرانی آقای مطهری گفت که دانشگاه شیراز در نامه‌ای به «مراجع تصمیم‌گیر استان» اعلام کرده بود که امکان اجرای این توصیه را ندارد و از آنها می خواهد که امنیت آقای مطهری در شهر شیراز را تامین کنند اما«آنها جوابی به این نامه»ندادند.
آقای مطهری و وکیلش نیز پیش از این اعلام کرده بودند که خود از مقام‌های دانشگاه شیراز شکایتی ندارند، و شورای تأمین شیراز نیز مصوبه‌ای مبنی بر ممنوعیت سخنرانی آقای مطهری نداشته است.
علی مطهری در ۱۸ اسفند ۹۳، برای سخنرانی در دانشگاه شیراز به این شهر سفر کرده بود که در فرودگاه «با هجوم نیروهای لباس‌شخصی مورد ضرب‌وشتم» قرار گرفت و در نهایت مجبور به بازگشت به تهران شد.
مدتی پس از این حادثه محمد احمدی،استاندار فارس،اعلام کرد که برای شرکت درانتخابات مجلس استعفا کرده است اما رسانه‌های استعفای او را با حمله به آقای مطهری مرتبط دانستند.