درپی فرار شهرام جزايری به دستوررييس قوه قضائيه الياس محمودی سرپرست مجتمع قضائی امور اقتصادی، دو قاضی پرونده و همچنين رييس زندان اوين از کار برکنار شد ند.
يازده روز پس از فرار شهرام جزايری عرب، که به اتهام اخلال در نظام اقتصادی به چهارده سال زندان، ده سال تبعيد و پرداخت يکصد و هشتاد و چهار ميليون دلار جريمه محکوم شده بود، آيت الله محمود شاهرودی در نامه ای به رييس دادگستری تهران تاکيد کرده است که دستور برکناری اين جهار نفر پس از دريافت گزارش نهايی هيات سه نفره مسئول رسيدگی به فرار شهرام جزايری صادرشده است.
طبق اين دستور الياس محمودی سرپرست مجتمع امور اقتصادی، وحيد کربلايی آقا ملکی، قاضی رسيدگی کننده به پرونده‌ی شهرام جزايری، در مجتمع امور اقتصادی، حسين‌زاده قاضی ديگر مربوط به پرونده‌ی جزايری در مجتمع امور اقتصادی و رييس زندان اوين از کار برکنار شدند.
در نامه رييس قوه قضاييه به سيد علی آوايی رييس دادگستری تهران آمده است که علاوه بر برکناری دو قاضی رسيدگی کننده به پرونده شهرام جزايری، دادسرای انتظامی قضات را مأمور رسيدگی به عملکرد آنان از «حيث انتظامی» کرده و در مورد رييس زندان اوين وسرپرست مجمتع قضائی اموراقتصادی نيز به دادسرای کارکنان دولت دستور داده است تا با «فوريت و دقت و قاطعيت و رعايت عدل و انصاف» رسيدگی لازم را به عمل بياورد.
در همين زمينه سيد عليرضا آوایی رييس کل دادگستری تهران و عضو هيات تحقيق فرار شهرام جزايری، درباره تبانی مشئولان و ماموران با شهرام جزايری گفته است: «جدا تا اين مرحله نه از طرف همکاران قضايی و نه از طرف ساير ماموران از جمله ماموران سازمان زندان‌ها به تبانی نرسيديم به طوری که عالما و عامدا و با برنامه‌ريزی، مقدمات فرار شهرام جزايری را فراهم کرده باشند.»
شهرام جزايری در آبان ماه سال۱۳۸۰ خورشيدی به اتهام «اخلال در نظام اقتصادی ايران، اخلال در نظام صادراتی ، پرداخت رشوه، جعل اسناد، تصدی بيش از يک شغل و حيف و ميل اموال دولتی» دستگير و به ۲۷ سال زندان محکوم شد که با اعتراض وکيل وی ، پرونده در ديوان عالی کشور بررسی و رای دادگاه نقض شد.
به گزارش خبرگزاری جمهوری اسلامی، ايرنا، نخستين جلسه رسيدگی مجدد به اتهامات جزايری و همدستان وی، ۱۲ دی ماه امسال برگزار شد و قاضی آقاملک پس از پنج جلسه، ختم دادگاه را اعلام کرد. موارد اتهامی شهرام جزايری، ۱۲۰مورد عنوان شده است .
دستگيری شهرام جزايری در پنج سال پيش با سر و صدای زيادی همراه بود و نام بسياری از سياستمداران جمهوری اسلامی ايران از جمله آيت الله علی خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی، مهدی کروبی، رييس مجلس ششم، سيد هادی خامنه ای، برادر رهبر ايران و برخی از نمايندگان مجلس شورای اسلامی و تعدادی از مديران و سردبيران مطبوعات را به ميان کشيد که گفته می شد مبالغ هنگفتی از وی دريافت کرده اند.
اصلاح طلبان دستگيری اين متهم ۳۰ ساله را اقدامی از سوی قوه قضاييه برای تخريب جنبش دوم خرداد عنوان کردند که در بسياری از حوزهای مدنی و سياسی، طيف محافظه کار را به چالش کشيده بودند.
به رغم جنجال بزرگ دادگاه شهرام جزايری، نام هيچ يک از مقامات جمهوری اسلامی در ميان ليست ۳۲ متهم احضار شده قرار نگرفت و دادگاه نيز برخلاف مواردی چون صدور حکم اعدام برای متهم اصلی پرونده ۱۲۳ ميليارد تومانی اختلاس از بانک صادرات، آقای جزايری را تنها به ۲۷ سال زندان محکوم کرد.