رئیس‌جمهور ایران ضمن استقبال از هشدار تلویحی اخیر رهبر جمهوری اسلامی به محمود احمدی‌نژاد، رئیس پیشین جمهوری اسلامی، معضلات موجود را «کوتاه‌مدت» دانست و گفت که به باور او «متهمان فساد و تضییع امکانات، تخلفات خود را در پس دعواهای سیاسی» پنهان می‌کنند.
به گزارش خبرگزاری دولتی ایرنا، حسن روحانی، روز پنج‌شنبه، ۷ دی، گفت که «هر گونه اختلاف‌افکنی میان قوا و دستگاه‌ها، بزرگ‌نمایی ضعف‌ها و معضلات کوتاه‌مدت و همچنین یأس‌آفرینی در افکار عمومی نسبت به آینده کشور؛ حرکت در خط تقابل و مسیر طراحی شده بدخواهان ایران اسلامی است».
وی ضمن «تقدیر» از سخنان اخیر رهبر جمهوری اسلامی افزود: «با شفافیت حداکثری در بودجه و امور اقتصادی کشور، بلندترین گام را در مقابله با فساد و ناکارآمدی برمی‌داریم و دیگر زمینه ای نخواهد ماند که متهمان فساد و تضییع امکانات، تخلفات خود را در پس دعواهای سیاسی پنهان کنند».
سخنان رئیس‌جمهور ایران دربارهٔ «پنهان کردن» تخلفات اقتصادی در «پس دعواهای سیاسی» در حالی بیان شده‌است که او نزدیکانش پیش از این تلویحاً بازداشت برخی از نزدیکان مقامات دولت از جمله حسین فریدون، برادر حسن روحانی و مهدی جهانگیری، برادر معاون اول رئیس‌جمهور را «سیاسی» خوانده‌اند.
آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی روز چهارشنبه ششم دی، ضمن انتقاد از حملات به قوای سه‌گانه در جمهوری اسلامی به‌طور تلویحی محمود احمدی‌نژاد را متهم کرده بود که «کار دشمن را در داخل انجام می‌دهند».
وی با ذکر این‌که «تهمت و لجن‌پراکنی حرام است»، تأکید کرده بود که «نمی‌شود که انسان یک دهه همه‌کاره کشور باشد، بعد در دهه بعدی تبدیل شود به مخالف‌خوان کشو».
سخنان رهبر جمهوری اسلامی پس از حملات شدید محمود احمدی‌نژاد و نزدیکانش به قوه قضائیه بیان شده‌است.
رئیس‌جمهوری سابق ایران روز سه‌شنبه ۲۸ آذر، اعلام کرده بود که صادق لاریجانی، رئیس قوه قضائیه، به دلیل «نقض مکرر قانون اساسی»، «از عدالت ساقط شده‌است» و «فاقد صلاحیت»، «فاقد مشروعیت» و «غاصب» است و باید استعفا دهد.
آقای احمدی‌نژاد روز یکشنبه چهارم دی نیز در مطلبی در وب‌سایت «دولت بهار»، خواستار تغییر ساختار قوه قضائیه و ایجاد «شورای عالی قضایی» و همچنین «تعطیل کردن بازداشتگاه‌های اختصاصی»، «انحلال حفاظت اطلاعات قوه قضائیه» و «منع کامل مقامات قضایی از دخالت در امور سیاسی و اتخاذ مواضع سیاسی» شده‌است.
وی یک روز پس از انتقادهای آیت‌الله علی خامنه‌ای نیز در واکنش به انتقاد تعدادی از بسیجیان معترض گفت که «اگر رهبر نظری داشت و یک نفر نظر دیگری داشت، باید بمیرد؟»
انتقادهای محمود احمدی‌نژاد و نزدیکانش به قوه قضائیه پس از تشکیل دادگاه حمید بقایی و احضار اسفندیار رحیم مشایی شدت گرفته‌است.
در حالی که اتهامات مطرح شده در پرونده آقای بقایی مربوط به مسائل مالی است، آقای احمدی‌نژاد و نزدیکانش ضمن رد این اتهامات، برگزاری دادگاه حمید بقایی را «سیاسی» خوانده و هدف از آن را «انتقام» از دولت سابق ذکر کرده‌اند.
محمود احمدی‌نژاد و حمید بقایی همچنین تلویحاً از رسیدگی نشدن به پرونده‌های «زمین‌خواری» و فساد مالی محمد جواد لاریجانی و فاضل لاریجانی، دو برادر روسای قوه قضائیه و قوه مقننه، انتقاد کرده‌اند.
در همین حال محمدباقر نوبخت، سخنگوی دولت، پس از بازداشت حسین فریدون برادر حسن روحانی، انتقاد مشابهی مانند انتقادات آقای احمدی‌نژاد و نزدیکانش را بیان کرده بود.
وی گفته بود: «این مسئله باید برای رئیس قوه قضائیه یا قوه مقننه نیز این‌گونه باشد و قوه قضائیه مستقل همان‌طور که با برادر رئیس‌جمهوری برخورد کرد با دیگران نیز برخورد خواهد کرد».
مقام‌های قوه قضائیه گزارش‌ها دربارهٔ «جاسوسی» دختر رئیس قوه قضائیه را تکذیب کرده و اعلام کرده‌اند که دربارهٔ پرونده‌های «زمین‌خواری» محمد جواد لاریجانی و تلاش فاضل لاریجانی برای اخذ رشوه از سازمان تأمین اجتماعی «جرمی احراز نشده‌است».
محمود احمدی‌نژاد سال ۹۱ و در جریان استیضاح وزیر وقت تعاون، کار و رفاه اجتماعی، فیلمی از گفت‌وگوی فاضل لاریجانی و سعید مرتضوی، رئیس وقت سازمان تأمین اجتماعی، را پخش کرد که در آن، برادر رئیس قوه قضائیه از آقای مرتضوی تقاضای رشوه می‌کند.
پیش از این همچنین برخی از وب‌سایت‌ها از گزارش وزیر جهاد کشاورزی در دولت محمود احمدی‌نژاد را منتشر کردند که براساس آن محمد جواد لاریجانی، معاون قوه قضائیه، «۳۴۲ هکتار زمین در ورامین را غصب کرده‌است».