معاون ارتباطات و اطلاع‌رسانی حسن روحانی، اخبار منتشرشده درباره حواشی آخرین دیدار هیات دولت با رهبر جمهوری را «شایعه» خواند و تفاوت این جلسه با موارد مشابه پیشین را توجه به «ملاحظات کرونایی» عنوان کرد.
بر اساس گزارش‌ها، آخرین جلسه هیات دولت دوازدهم با علی خامنه‌ای، بدون حضور حسن روحانی آغاز شد و مواردی چون عدم اهدای قرآن از سوی شخص رهبر، نگرفتن عکس یادگاری و سخنرانی کوتاه و انتقادی او از دولت موجب شده تا بسیاری این جلسه را متفاوت از تمامی جلسات مشابه در دولت‌های قبل بدانند.
علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، روز چهارشنبه ۶ مرداد، در آخرین دیدار با اعضای دولت روحانی عملکرد دولت آقای روحانی در بخش‌های مختلف را یکسان ندانسته و گفته بود که عملکرد این دولت در برخی موارد بر طبق انتظارات بود، اما در برخی موارد نیز این‌گونه نبوده است.
آقای خامنه‌ای در این دیدار همچنین با تأکید دوباره بر «بی‌اعتمادی به غرب»، گفته بود: «در این دولت معلوم شد که اعتماد به غرب جواب نمی‌دهد و هر جا که کارها را منوط به غرب و مذاکره با آن و آمریکا کردید، ناموفق بودید».
بیشتر در این باره: علی خامنه‌ای در آخرین دیدار با دولت حسن روحانی از اعتماد به غرب انتقاد کردخبرگزاری فارس، روز جمعه، ۸ مرداد در گزارشی ضمن بررسی سخنان رهبر جمهوری اسلامی در آخرین جلسه با رییس جمهور و هیات دولت‌های پیشین نوشته است که سخنان علی خامنه‌ای نشان‌دهنده آن است که دولت تدبیر و امید «ضعیف‌ترین» و «ناکارآمدترین» دولت از نظر رهبر بوده، چرا که او همیشه یکی از خصوصیت‌های مثبت دولت‌های پیشین را الگویی برای سایر دولت‌ها عنوان می‌کرده، در حالی که اعتماد این دولت به غرب را تجربه یا به عبارتی «عبرت آیندگان» از این دولت قلمداد کرده است.
علاوه بر سخنان علی خامنه‌ای، شروع جلسه هیات دولت با رهبر بدون حضور حسن روحانی و عدم اهدای قرآن از سوی شخص رهبر و نگرفتن عکس یادگاری، همچنین کوتاه بودن این جلسه در مقایسه با موارد مشابه، موضوع سردی برخورد رهبر ایران با رییس دولت دوازدهم و اعضای هیات این دولت را تقویت کرده است.
علیرضا معزی، معاون ارتباطات و اطلاع‌رسانی دفتر رئیس‌جمهوری روز جمعه در پاسخ به این گمانه‌زنی‌ها درباره دلایل شروع جلسه بدون حضور حسن روحانی گفته است که «وقوع برخی ناهماهنگی‌ها» سبب شده بود که این جلسه پیش از زمان رسمی اعلام‌شده به دفتر رئیس‌جمهوری آغاز شود.
او همچنین در پاسخ به موارد دیگری چون کوتاه بودن زمان این جلسه و نگرفتن عکس یادگاری و اهدای قرآن نیز گفته است که دیدارهای اخیر رهبر انقلاب همه با رعایت ملاحظات و دستورالعمل‌های کرونایی انجام می‌شود.
کار دولت دوازدهم به ریاست حسن روحانی در تاریخ ۱۲ مرداد به پایان می‌رسد و دولت سیزدهم به ریاست ابراهیم رئیسی در ۱۳ مرداد پس از برگزاری مراسم تنفیذ و تحلیف شروع به فعالیت می‌کند.