پلیس اسرائیل که بامداد روز چهارشنبه ۱۶ فروردین با زور وارد مسجد الاقضی شد گفت هدف این یورش بیرون راندن افرادی بوده که در داخل مسجد «سنگربندی» کرده بودند.
همزمان با این درگیری، شليک موشک توسط پیکارجویان فلسطینی از نوار غزه آغاز شد و ارتش اسرائيل نيز در حملات هوايی و با شليک گلوله تانک به اهدافی در نوار غزه حمله کرد.
این درگیری ها در ماه رمضان و روز قبل از عید پسح (فصح) یهودیان در شرایطی روی می‌دهد که از مدت‌ها پیش نگرانی در مورد تشدید برخوردهای خشونت آمیز و کشیده شدن آن به مسجد الاقصی افزایش یافته بود.
پیکارجویان فلسطینی حداقل ۹ موشک به خاک اسرائیل شلیک کردند و در مقابل اسرائیل حملات هوایی مکرری در این منطقه انجام داد که می‌گوید هدف آنها زاغه‌های مهمات گروه حماس بوده است.
حماس مسئولیت حملات موشکی را برعهده نگرفت ولی گفت آنهايی که این حملات را انجام داده اند به يورش پلیس اسرائیل به مسجد الاقصی واکنش نشان دادند.
همزمان با حملات هوایی اسرائیل، تانک‌های این کشور نیز شلیک به سوی نوار غزه را آغاز کردند. سخنگوی ارتش اسرائیل گفت:«ما خواهان تشدید درگیری نیستیم ولی برای مقابله با هر سناریویی آماده‌ایم.»
هلال احمر فلسطین گفت حداقل ۱۲ فلسطینی در حمله اسرائیل به مسجد الاقضی بر اثر اصابت گلوله‌های پلاستیکی و یا ضربات باتوم مجروح شده‌اند و نیروهای اسرائیلی از اعزام آمبولانس و کادر درمانی به محل درگیری جلوگیری کرده اند.
بنیامین نتانیاهو، نخست وزیر اسرائیل افراد «تندرو و آشوبگر» را که به گفته او در داخل مسجد سنگربندی کرده و مشغول ساختن اسلحه، جمع آوری سنگ و مواد آتش بازی بودند مسئول این درگیری معرفی کرد و افزود که دولت تلاش می‌کند اوضاع را آرام کند.
او افزود:«دولت اسرائیل به آزادی مذهب و عبادت، دسترسی آزادانه به تمامی اماکن مذهبی و وضعیت فعلی در حرم شریف ( کوه معبد ) پایبند است و به تندروهای خشونت طلب اجازه نخواهد داد این وضعیت را تغییر دهند.»
در ویدئوهایی که در شبکه اجتماعی منتشر شده و صحت آنها هنوز تایید نشده است روشن شدن مواد آتش بازی و کتک زدن مردم توسط ماموران پلیس اسرائیل در بخشی از ساختمان مسجد الاقضی را می توان مشاهده کرد. در ویدئویی که پلیس اسرائیل منتشر کرده است می توان دید که همزمان با ورود ماموران به داخل مسجد مواد آتش بازی شعله ور می شوند.
تعدادی از افرادی که در داخل مسجد بوده اند به خبرگزاری‌های بین المللی گفتند که پلیس اسرائیل به سوی آنها گلوله‌های پلاستیک و نارنجک‌های صوتی شلیک کرده‌اند.
پلیس اسرائیل در بیانیه‌ای گفت:«در پی سنگر گرفتن تعدادی از افراد آشوبگر که ماسک به چهره داشتند بارها تلاش کردیم از طریق گفت‌وگو آنها را از مسجد خارج کنیم. ولی این اقدامات به نتیجه نرسید و ماموران برای خارج کردن این افراد وارد ساختمان شدند.»
به گفته پلیس حدود ۳۵۰ نفر که در مسجدالاقص «سنگر گرفته بودند» بازداشت شده‌اند.
طبق قوانین موجود که دولت اسرائیل می گوید به آن پایبند است، دیدار از مسجدالاقصی برای غیرمسلمانان آزاد است و فقط مسلمانان می توانند در حریم این ساختمان عبادت کنند. ولی در سالهای اخیر تعداد هر چه بیشتری از یهودیان تندرو با زیرپا گذاشتن این قانون و بدون هیچ ملاحظه و محدودیتی در حریم مسجد الاقصی و اطراف آن عبادت می‌کنند.
«وقف» با نام کامل «اداره وقف بیت المقدس و مسجد الاقصی » که یک موسسه اسلامی اردنی و مسئول اداره اماکن مقدس مسلمانان در بیت المقدس شرقی است، حمله پلیس اسرائیل به مسجد الاقصی را «هجوم وقیحانه به هویت و کارکرد مسجد به عنوان محل عبادت فقط مسلمانان» توصیف کرد.
تور ونسلند، هماهنگ کننده ویژه سازمان ملل برای روند صلح خاورمیانه نیز گفت:«رهبران همه طرف‌ها باید با رفتاری مسئولانه از تشدید برخوردهای خشونت آمیز جلوگیری کنند.»
وزارت خارجه تشکیلات خودگردان فلسطین نیز در بیانیه‌ای گفت:«هجوم و تعرض اسرائیل به ساختمان و محوطه مقدس مسجد الاقصی حمله به حق مسلم و اساسی فلسطینیان برای عبادت آزادانه دراین مکان مقدس است.»
تعدادی از کشورهای عربی از جمله مصر، اردن و عربستان سعودی و همینطور اتحادیه عرب حمله پلیس اسرائیل به مسجد الاقصی را محکوم کردند.