چند روز پس از اتهام دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران به عربستان، مبنی بر احداث یک «پایگاه نظامی» در پاکستان، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران نیز تلویحاً این کشور را متهم کرد که «با ارسال سلاح و اجاره تروریست» برای «ایجاد ناامنی» در مرزهای ایران تلاش می‌کند.
به گزارش خبرگزاری دولتی ایرنا علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران، روز دوشنبه چهارم مرداد، در دیدار با سپهبد ناصرخان جنجوعه، مشاور امنیت ملی نخست‌وزیر پاکستان، «توسعه موج ویرانگر تروریسم که به معضلی بین‌المللی تبدیل شده» را «تهدیدی مشترک» برای دو کشور دانست.
آقای شمخانی خواستار «حفظ و صیانت از امنیت پایدار در مرزها» و انجام اقدامات مشترک دو کشور در موضوعاتی مانند مبارزه با «گروه‌های اشرار»، مبارزه با ترانزیت مواد مخدرو قاچاق انسان و سلاح شد.
او بدون ذکر نام اضافه کرد که «اجازه نخواهیم داد برخی کشورها با ارسال سلاح و اجاره تروریست برای ایجاد ناامنی در مرزها، روابط میان دو کشور را تحت تأثیر قرار دهند».
محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران، روز شنبه ۲۶ تیر، عربستان سعودی را متهم کرده بود که «یک پایگاه» نظامی در بلوچستان پاکستان تأسیس کرده و «گروهی از دولت پاکستان» که «در کنترل دولت پاکستان نیستند» با عربستان «همکاری می‌کنند تا مرزهای شرقی ایران را ناامن کنند».
درهمین حال آقای شمخانی گفت: «موجب تاسف است که یک کشور اسلامی بر اساس خواست دشمنان جهان اسلام، هزینه‌ها و درآمدهای خود را صرف گسترش جنگ و ترویج تروریسم در منطقه کند و با بی‌تفاوتی نسبت به مردم در محاصره غزه و مسئله فلسطین، با رژیم صهیونیستی رابطه مخفیانه برقرار سازد».
اظهاراتی که می‌تواند اشاره به عربستان سعودی باشد. وزارت خارجه اسرائیل یکشنبه سوم مرداد تأیید کرده بود که مدیرکل این وزارت‌خانه در روزهای گذشته با هیئتی از عربستان سعودی که به اسرائیل رفته بود، دیدار کرده است.
براساس گزارش‌ها انور عشقی، ژنرال بازنشسته سعودی، در هتلی در اورشلیم با دور گُلد، از مدیران کل وزارت خارجه اسرائیل دیدار و گفت‌وگو کرده است.
مقام‌های جمهوری اسلامی ایران بارها عربستان سعودی را به حمایت از گروه حکومت اسلامی (داعش) متهم کرده‌اند.
سیاست‌های دو کشور در منطقه در سال‌های گذشته شدیداً در تضاد با یکدیگر بوده است. درحالی که ایران از حکومت بشار اسد در سوریه حمایت می‌کند و متهم به حمایت از شبه‌نظامیان شیعه حوثی در یمن است، عربستان سعودی از نیروهای مخالف بشار اسد در سوریه و از عبدربه منصور هادی رئیس‌جمهور یمن حمایت می‌کند.
براساس گزارش خبرگزاری ایرنا، ناصرخان جنجوعه مشاور امنیت ملی نخست‌وزیر پاکستان، نیز در دیدار با آقای شمخانی اعلام کرد که این کشور همکاری‌های امنیتی و اقتصادی خود را با جمهوری اسلامی ایران گسترش خواهد داد.
وی تأکید کرد که پس از توافق اتمی وین و و لغو تحریم‌ها علیه ایران، «زمینه‌های جدیدی» برای توسعه همکاری‌های مشترک اقتصادی، تجاری و بازرگانی فراهم شده است.
مقام‌های ایران بارها خواستار برخورد پاکستان با برخی گروه‌های مسلح فعال در استان سیستان و بلوچستان شده‌اند. گروه‌هایی که به گفته مقام‌های جمهوری اسلامی در پاکستان پایگاه دارند و «تروریستی» هستند.
در این زمینه حسن روحانی رئیس‌جمهور ایران در سفر فروردین ماه خود به پاکستان با اشاره به مرزهای طولانی دو کشور تأکید کرده بود موافقتنامه امنیتی که قبلاً بین دو کشور امضا شده بود، «باید عملیاتی و اجرایی شود» تا ایران بتواند امنیت مرزهای خود در استان سیستان و بلوچستان را «بهتر» تأمین کند.
