از آغاز روی کار آمدن جمهوری اسلامی ایران، و بویژه در دوران هشت ساله ریاست جمهوری رفسنجانی، قتل‌های بسیاری از مخالفان جمهوری اسلامی در درون ایران و برون مرز به تایید و یا حتی مداخله رفسنجانی نسبت داده می شد.
از جمله، قتل شاپور بختیار آخرین نخست وزیر حکومت پادشاهی در تابستان ۱۹۹۱، کشتن فریدون فرخزاد شومن، شاعر و هنرپیشه ایرانی در بن آلمان در تابستان ۱۹۹۲ و ترور دبیر کل حزب دموکرات کردستان ایران و یارانش در رستوران میکونوس برلین در سپتامبر ۱۹۹۲ به دوران ریاست جمهوری اکبر هاشمی رفسنجانی بازمی گردد.
دادگاه آلمان در سال ۱۹۹۴ نام رفسنجانی را در کنار اسامی علی خامنه‌ای رهبر نظام، علی اکبر ولایتی و علی فلاحیان وزیران وقت خارجه و اطلاعات به عنوان اعضای کمیته نهایی تصویب ترورهای مخالفان حکومت در خارج ذکر کرد.
نام رفسنجانی در عملیات بمبگذاری علیه هدف‌های اسرائیلی و یهودی نیز آلوده شده بود.
«اسرائیل هیوم» روزنامه اصلی حامی بنیامین نتانیاهو نخست وزیر اسرائیل یکشنبه نوزدهم دی در گزارش مرگ رفسنجانی نوشته بود، بمبگذاری مرگبار سفارت اسرائیل در بوئنوس آیرس در سال ۱۹۹۲ همانند انفجار سال ۱۹۹۴ در ساختمان همیاری یهودیان آرژانتین با تایید رفسنجانی که در آن زمان رییس جمهوری بود، انجام شد.
از تابستان ۱۹۹۲ که سفارت اسرائیل در بوئنوس آیرس منفجر شد و ۱۸ کشته و دهها زخمی برجای نهاد، اسرائیل و برخی عوامل در آرژانتین این عملیات را به نظام ایران و موافقت رفسنجانی با آن نسبت می دادند.
آرژانتین نتوانست سند محکمی در مورد مداخله رفسنجانی در بمب گذاری سفارت اسرائیل در بوئنوس آیرس بیابد.
اما آرژانتین بمبگذاری تابستان ۱۹۹۴ در کانون همیاری یهودیان در بوئنوس آیرس را اقدام تروریستی انجام شده بنا به تایید رفسنجانی نسبت داد.
در عملیات بمبگذاری در آمیا، ۸۴ تن کشته و حدود سیصد تن زخمی شده و ساختمان هفت طبقه ویران گردید.
دادستانی آرژانتین اکتبر ۲۰۰۶ پس از ۱۲ سال تحقیقات دامنه دار، علیه مقامات وقت ایران و حزب الله کیفرخواست صادر کرد.
کیفرخواست تاکید داشت که جمهوری اسلامی ایران بر حزب الله برای اجرایی کردن بمب گذاری بوئنوس آیرس «اثر روشن» داشت.
در مارس ۲۰۰۷، آرژانتین حکم جلب بین المللی را علیه اکبر هاشمی رفسنجانی، علی فلاحیان و علی اکبر ولایتی وزیران وقت اطلاعات و خارجه ایران در زمان بمب گذاری، و شمار دیگری از مقامات ایرانی و حزب الله صادر کرد.
محمود احمدی نژاد که در سال ۲۰۰۶ تازه رییس جمهوری شده بود، در موقعیت ناخوشایندی قرار گرفت زیرا ناچار شد در برابر اتهام تروریستی که آرژانتین به رفسنجانی وارد کرده بود، از این رقیب سرسخت داخلی خود، دفاع کند.
اینترپل، پلیس بین الملل، با حذف نام رفسنجانی و ولایتی، حکم جلب بین المللی را علیه علی فلاحیان، محسن رضایی فرمانده وقت سپاه پاسداران، احمد وحیدی فرمانده وقت شاخه برون مرزی قدس سپاه پاسداران، احمد رضا اصغری دبیر سوم پیشین سفارت ایران در آرژانتین، محسن ربانی رایزن فرهنگی وقت سفارت ایران و عماد مغنیه فرمانده عملیات ویژه حزب الله لبنان صادر کرد.
آرژانتین سال ۲۰۰۸ بار دیگر تاکید کرد که رفنسجانی بالاترین مقام ایرانی در تایید حمله آمیا بود.
با وجود این، ایران و آرژانتین در سال ۲۰۱۳ در ادامه ریاست جمهوری احمدی نژاد و کریستینا فرناندز کرشنر، توافق کردند یک «کمیته حقیقت یاب» تشکیل شود.
«کمیته حقیقت یاب» می بایست شواهد و اسناد انفجار آمیا را بررسی کند، اما اسرائیل و جامعه یهودیان آرژانتین از این توافق به سختی انتقاد کردند بویژه آنکه خانم کرشنر در سخنرانی در مجمع عمومی سازمان ملل در ۲۰۱۴ گفت، «تحقیقات نشان داده که ایران و حزب الله در انفجار آمیا دخیل نبوده اند».
با مرگ قاضی آلبرتو نیسمان دادستان پرونده آمیا در ۱۹ ژانویه ۲۰۱۵ این ماجرا پیچیده تر شد زیرا قاضی نیسمان ساعاتی قبل از آنکه قرار بود گزارش خود را در مورد نقش خانم کرشنر در «لاپوشانی تحقیقات آمیا» به مجلس سنای آرژانتین ارائه کند، به ضرب گلوله عوامل ناشناس در خانه خود کشته شد.
خانم کرشنر قتل نیسمان را به «عوامل خودسر» در نهادهای آرژانتین نسبت داد.
موریسیو ماکری رییس جمهوری بعدی آرژانتین مارس ۲۰۱۶ در مورد بمبگذاری سفارت اسرائیل و حمله به ساختمان همیاری یهودیان کشورش، به خبرگزاری اسوشیتدپرس گفته بود، «رخدادهای آن سال‌ها آرژانتین را در چشم جهان ضعیف کرد و ما تصمیم داریم حقایق را روشن کنیم».
آرژانتین در ماههای اخیر دوباره استرداد برخی از مقامات وقت تحت تعقیب ایران را که به سفرهای خارجی می روند، درخواست می کند.
آرژانتین ژوئیه ۲۰۱۶ در سفر علی اکبر ولایتی مشاور امور بین الملل رهبر جمهوری اسلامی ایران به عراق، خواهان استرداد وی برای بازجویی شد.
اسحاق آویران، سفیر اسرائیل در آرژانتین در سال بمب گذاری در ساختمان آمیا، در مصاحبه‌ای در ژانویه ۲۰۱۴ گفته بود، «اکثر افرادی که در بمبگذاری آمیا دخالت داشتند، به سزای عمل خود رسیده اند».
روزنامه هاآرتص در ژانویه ۲۰۱۴ نوشته بود، سخنان آویران «اشاره تلویحی» به کشته شدن عماد مغنیه، فرمانده شاخه نظامی حزب الله لبنان نیز بوده که فوریه ۲۰۰۸ در انفجاری در دمشق کشته شد.
اما دولت اسرائیل به طور رسمی سخنان آویران را رد و از آن «ابراز برائت کامل» کرده بود.
