ساعتی پس از انتشار اطلاعیه ستاد کل نیروهای مسلح ایران مبنی بر پذیرش مسئولیت سقوط هواپیمای اوکراینی در تهران، خبرگزاری فارس روز شنبه، ۲۱ دی، ادعا کرد که علی خامنه‌ای ظهر جمعه یعنی بیش از ۴۸ ساعت پس از سقوط از «خطای فاجعه‌بار صورت‌گرفته» مطلع شده است.
این خبرگزاری نزدیک به سپاه در ادامه می‌نویسد که رهبر جمهوری اسلامی «به محض اطلاع» دستور تشکیل «فوری جلسه شورای عالی امنیت ملی» را صادر کرده است.
هواپیمای اوکراینی بامداد چهارشنبه، ۱۸ دی، دقایقی پس از برخاستن از فرودگاه امام سقوط کرد و تمامی سرنشینان پرواز جان خود را از دست دادند.
در حالی که فرماندهی کل قوای نظامی و انتظامی ایران بر عهده علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، است، خبرگزاری فارس هیچ توضیحی درباره تأخیر دوروزه در باخبر شدن رهبری منتشر نکرده است.
به گفته خبرگزاری فارس، حسن روحانی، رئیس جمهور، نیز همزمان با آیت‌الله خامنه‌ای از علت سقوط هواپیما باخبر شده است.
خبرگزاری فارس همچنین ادعا کرده است که آقای خامنه‌ای پس از مطلع شدن از ماجرا در «ظهر جمعه، ۲۰ دی، تأکید کرده است که «نتایج بررسی‌ها صریح و صادقانه از سوی نهادهای ذی‌ربط به اطلاع مردم رسانده شود».
این در حالی است که شمار بسیاری از کاربران ایرانی شبکه‌های اجتماعی صبح شنبه در واکنش به این خبر، آن را غیرواقعی و «خبرسازی به قصد تطهیر» رهبر جمهوری اسلامی از خطای نظامی نیروهای تحت امر خود توصیف کرده‌اند.
همچنین بخشی از سخنرانی آیت‌الله خامنه‌ای متعلق به سال ۱۳۷۰ درباره سقوط هواپیمای مسافربری به دست نیروهای آمریکا در شبکه‌های اجتماعی دست به دست می‌شود:
در روز سقوط هواپیمای مسافربری یعنی چهارشنبه، آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی کوتاه به این سانحه در کنار قربانیان مراسم تشییع جنازه قاسم سلیمانی اشاره کرد و نوشت: «حادثه تلخ و غم‌بار جان باختن جمعی از هم‌میهنان عزیز در هنگام بدرقه شهید عالیقدر و نیز حادثه مصیبت‌بار سقوط هواپیمای مسافربری و جان باختن مسافران ایرانی و غیر ایرانی، دو نقطه غم‌انگیز این دو روز است.»
