به گزارش تارنمای دفتر رهبر جمهوری اسلامی ایران آقای خامنه‌ای گفته است هیچ توصیه‌ای درباره رد یا تصویب این توافق‌نامه به نمایندگان مجلس شورای اسلامی نمی‌کند.
به گفته آیت‌الله خامنه‌ای گفته است «به نظر ما مصلحت نیست که ما مجلس را برکنار بداریم از این قضیه. چون قضیه‌ای است که بالاخره دو سال است کشور به طور کلی متوجه به آن است. حالا هم به نتایجی رسیده. باید مجلس وارد شود. حالا مجلس چه بکند؟ بنده هیچ توصیه‌ای ندارم به مجلس شورای اسلامی».
پیش‌تر نیز احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان، و محمد یزدی، رییس مجلس خبرگان رهبری، از این نظر مجلس شورای اسلامی پشتیبانی کرده بودند.
این در حالی است که مقامهای دولت حسن روحانی گفته‌اند نیازی به بررسی برنامه جامع اقدام مشترک در مجلس شورای اسلامی نیست چون توافق یادشده به امضای رئیس جمهوری نمی‌رسد و معاهده محسوب نمی‌شود.
کوروش زعیم، عضو شورای مرکزی جبهه ملی ایران در تهران، معتقد است که موضع‌گیری رهبر جمهوری اسلامی ایران کفه ترازو را به سود مجلس شورای اسلامی سنگین نمی‌کند.
او می گوید: «این اظهارات کفه ترازو را به سود مجلس سنگین نمی‌کند بلکه آنها را کمی ارضا می‌کند که به حسابشان آورده‌اند. در هر حال من تصور نمی‌کنم حتی در صورت بررسی این مجلس موضوع به رای‌گیری برسد، بررسی و تصویب توافق اگر مصلحت باشد برای مجلس آینده خواهد ماند».
در عین حال رضا علیجانی، سردبیر سابق مجله ایران فردا، در پاریس می‌گوید آیت‌الله خامنه‌ای نحوه ورود مجلس شورای اسلامی اسلامی را در مسئله بررسی توافق هسته‌ای روشن نکرد.
به گفته رضا علیجانی «آن چیزی که آقای خامنه‌ای گفت بازهم در میان دو صندلی نشستن بود ضمن اینکه به احتمال زیاد با توجه به اینکه افراد معروف‌تر و متصل در بیت در مجلس هم اشاره کردند این موضوع در نهایت در شورای عالی امنیت ملی بررسی نهایی شود و مجلس نظر مشورتی به شورای عالی امنیت ملی بدهد».
آیت‌الله خامنه‌ای آمریکا را طرف اصلی ایران در مذاکرات هسته‌ای دانست و مقامهای این کشور را به آنچه او «بد حرف زدن» نامید متهم کرد و خواستار روشن شدن تکلیف این مسئله شد.
رهبر جمهوری اسلامی ایران با اشاره بر مسئله حفظ چارچوب تحریم‌ها که در صحبت‌های مقامهای آمریکایی منعکس شده است گفت: اگر ما در مذاکرات در برخی موارد کوتاه آمدیم و برخی امتیازات را دادیم عمدتا‌ً برای این بود که تحریم‌ها برداشته شود و گرنه چه لزومی به حضور در مذاکرات بود. به گفته او اگر قرار است تحریم‌ها برداشته نشود پس معامله‌ای هم در کار نخواهد بود.
آیت‌الله خامنه‌ای همچنین تلویحا‌ً تهدید کرد که اگر طرف مقابل تحریم‌ها را تعلیق کند جمهوری اسلامی هم اقداماتش را در حد تعلیق انجام خواهد داد.
کوروش زعیم، عضو شورای مرکزی جبهه ملی ایران در تهران می‌گوید برخورد تعلیق در برابر تعلیق چیزی را عوض نمی‌کند.
به گفته آقای زعیم «اینکه تحریم‌ها برداشته نشود هم تهدید به رویدادی است که اتفاق نخواهد افتاد. به ویژه اکنون که رای کافی برای وتوی آقای اوباما در سنای آمریکا فراهم آمده است. حتی پیش از اینکه آمریکا به برداشتن تحریم‌ها اقدام کند با گزارش‌های مثبتی که آژانس بین‌المللی انرژی اتمی داده از عملکرد ایران اتحادیه اروپا و شورای امنیت کار خودشان را خواهند کرد. من می‌پندارم ایشان با وقوف به اینکه چنین چیزی نمی‌تواند رخ بدهد این موضع را گرفته تا تندروان را آرام کند که ما هم ضعف نشان نخواهیم داد».
رهبر جمهوری اسلامی ایران این مسئله را هم رد نکرد که برخی از صحبت‌های مقامهای آمریکایی برای قانع‌کردن به گفته او «رقبای داخلی» است ولی گفت آنچه که رسما‌ً گفته می‌شود نیاز به پاسخ دارد و اگر پاسخ داده نشود به اعتقاد آقای خامنه‌ای صحبت طرف مقابل تثبیت خواهد شد.
رضا علیجانی، سردبیر سابق مجله ایران فردا در پاریس معتقد است که رهبر جمهوری اسلامی ایران تلاش می‌کند مسائل توافق شده در پشت صحنه را با واقعیت‌های روی صحنه تطبیق دهد و می گوید: «بنابراین مجلس استصوابی در ایران که خودش خودش را خلع ید کرد با آن ماده واحده و همه اختیارات را به شورای عالی امنیت ملی سپرد، بعید است که بعد از این هم ورود قوی و ورود موثری در رابطه با این مسئله مهم انجام دهد».
اما کوروش زعیم این موضع‌گیری را مرتبط با مسائل داخلی ایران می‌داند. به گفته او «آقای یزدی و آقای جنتی در شورای نگهبان موضع‌گیری تندی درباره خواسته‌های آقای روحانی [گرفته‌اند] که شورای نگهبان باید فقط نظارت کند و نه دخالت و موضع‌گیری تند فرمانده سپاه در برابر آقای روحانی که نظامیان نباید در سیاست و انتخابات دخالت کنند. یعنی ایشان در واقع می‌گوید من خودم سوار بر کارم و نیازی نیست شماها اظهار نظر کنید. اظهارات آقای کری هم که هنوز گزینه نظامی روی میز است و می‌خواهد جو را برای رای‌گیری کنگره کنترل کند، بهانه‌ای داد که آقای خامنه‌ای هم یک موضع‌گیری مشابه کند».
مجلس شورای اسلامی روز سی و یکم خرداد ماه طرح الزام دولت به حفظ دستاوردهای هسته‌ای را از تصویب گذراند که بر اساس آن لغو تحریم‌ها به صورت یکجا و کامل باید در متن توافق‌نامه نهایی درباره برنامه اتمی ایران درج و در روز اجرای تعهدات ایران انجام شود.
