ساعاتی پیش از اعلام رسمی دستیابی ایران و گروه ۱+۵ به توافق هسته‌ای در روز ۲۳ تیرماه، یوکیا آمانو، مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، پس از مذاکراتی فشرده با مقام‌های ایرانی، به هتل کوبورگ در مرکز شهر وین رفت و تفاهمنامه‌ای را با علی‌اکبر صالحی، رئیس سازمان انرژی اتمی ایران، به امضا رساند.
متن این تفاهم در همان روز منتشر شد و حاکی از جدول زمانبندی همکاری‌های بین ایران و آژانس در هفته‌ها و ماه‌های آینده بود. منتشر نشدن جزییات این تفاهم، و نحوه راستی‌آزمایی از اقدامات کنونی و پیشین ایران، از جمله مسایل چالش‌برانگیز این روزهاست.
در ایران از یک سو منتقدان نگران فاش شدن اسرار امنیتی و دفاعی کشور در پی همکاری با آژانس هستند، و در کنگره آمریکا منتقدان می‌گویند که آنچه برای بررسی، به عنوان توافق جامع دریافت کرده‌اند، بدون ذکر جزییات تفاهم ایران و آژانس ناقص است.
موضوع تفاهم بین ایران و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، رسیدگی به اقدامات حال و گذشته ایران است. علی‌اکبر صالحی می‌گوید این نام تازه‌ای است برای همان چیزی که ایران پیشتر آن را مطالعات ادعایی می‌خواند و طرف مقابل از آن با عنوان پی‌ام‌دی یا همان ابعاد احتمالا نظامی برنامه هسته‌ای ایران یاد می‌کند. علی‌اکبر صالحی، رئیس سازمان انرژی اتمی ایران یکشنبه‌شب در تلویزیون دولتی ایران درباره این تفاهم گفت که این تفاهم محرمانه نیست و بخشی از آن تنها بین ایران و این نهاد بین‌المللی می‌ماند، که مربوط به «فرآیند پادمانی بازرسی‌ها و نحوه بازرسی‌هاست».
موضوع ابعاد احتمالا نظامی برنامه هسته‌ای ایران، از جمله مسایل بسیار حساس سال‌ها مذاکرات اتمی بین ایران و گروه ۱+۵ و همچنین آژانس بین‌المللی انرژی اتمی بوده است.
مارک فیتزپاتریک، مدیر برنامه خلع سلاح در انستیتوی بین‌المللی مطالعات استراتژیک، درباره حساسیت این موضوع و عمومی نشدن جزییات تفاهم های ایران و آژانس می‌گوید: «اینکه همه اطلاعات تفاهم بین ایران و آژانس منتشر نمی‌شود، به شک و گمانه‌زنی بیشتر دامنه زده است. من شخصا فکر نمی‌کنم این موضوع مشکل باشد چراکه این موضوع بخشی از همکاری‌های آژانس با یک کشور مستقل است و در چارچوب مسایل محرمانه پادمانی قرار می‌گیرد. اما از آنجا که کل توافق هسته‌ای با ایران، بسیار سیاست‌زده است، هر چه اطلاعات بیشتری منتشر شود، بهتر است.»
پیش از دستیابی ایران و آژانس به تفاهم و نقشه راه تازه، که برای حل موضوع پی‌ام‌دی در نظر گرفته شده، مدیرکل آژانس که در میانه مذاکرات نهایی به تهران سفر کرده بود، پس از بازگشت به وین، گفت که این نهاد بین‌المللی می‌تواند تا پایان سال جاری میلادی در این زمینه اظهار نظر کند، و حال روز ۱۵ دسامبر ۲۴، آذر، به عنوان مهلت آژانس برای بررسی پاسخ‌های ایران و ارائه جمع‌بندی دراین زمینه در نظر گرفته شده است. موضوعی که شگفتی برخی را برانگیخته این است که می‌گویند موضوعی که حل آن سال‌ها به طول انجامیده و ایران بارها ادعاهای طرف مقابل را رد کرده، چگونه در یک فرصت کوتاه برطرف می‌شود.
مارک هیبز، تحلیلگر ارشد در بنیاد کارنگی برلین، در این باره می گوید: «بسیاری از کسانی که در حوزه تحقیق و تایید برنامه هسته‌ای فعالند شاید در ظاهر آنچنان به حل موضوع پی‌ام‌دی در این بازه زمانی خوش‌بین نباشند، اما احتمالا از آغاز سال جاری میلادی، پیشرفت بی‌سر و صدایی در زمینه همکاری‌های ایران و آژانس در جریان بوده است. حوالی پایان سال ۲۰۱۴ که یکسالی از چهارچوب همکاری‌ها می‌گذشت، ایران همکاری را متوقف کرد و دولت ایران به آژانس می‌گفت که به ادعاهای آژانس اطمینان ندارد. آنها حتی نامه‌ای رسمی به آژانس در این زمینه دادند.»
آقای هیبز اما در این باره می‌افزاید: «ما از کارشناسانی در آژانس و نزدیک به این نهاد می‌شنویم که از پایان سال ۲۰۱۴ یا آغاز ۲۰۱۵ همکاری‌ها از سر گرفته شده و روابط دو جانبه آنچنان تنش نداشته است و از همین رو ممکن است که پیشرفت بیشتر از آن چیزی باشد که ما از آن مطلع هستیم و برنامه‌ریزی برای حل این موضوع تا کمتر از ۶ ماه دیگر منطقی به نظر می‌رسد.»
یکی از موضوعات مرتبط به تفاهم ایران و آژانس که البته در طول عمر برنامه جامع اقدامات مشترک (یا همان برجام) هم حائز اهمیت خواهد بود، موضوع دسترسی و بازرسی‌هاست که مقام‌های مذاکره‌کننده ایرانی می‌گویند بر مبنای توافق‌های انجام‌شده، همه آنها در چارچوب‌های متعارف و خطوط قرمز خواهد بود. چارچوب‌های متعارفی که مقام‌های ایرانی از آن صحبت می‌کنند، پادمان‌های آژانس و پروتکل الحاقی است که حال ایران آن را به صورت داوطلبانه اجرا خواهد کرد و در مقطعی در سال‌های توافق باید به تصویب مجلس شورای اسلامی نیز برسد.
مارک فیتز پاتریک در لندن معتقد است که مراحل مختلف در توافق، این انگیزه را برای ایران ایجاد می‌کند، که چه در ماه‌های اولیه، برای حل موضوع پی‌ام‌دی، و چه در سال‌های بعد برای دریافت تایید کل برنامه هسته‌ای‌اش، این دسترسی‌های متعارف را به بازرسان آژانس بدهد. در بندی از تفاهم تازه ایران و آژانس به موضوع تاسیسات نظامی پارچین اشاره شده که طی برنامه‌ریزی‌هایی جداگانه قرار است به آن رسیدگی شود. مارک فیتز پاریک درباره این سازوکار می‌گوید: «به نظر من دو طرف درباره پارچین تصمیمگیری کرده‌اند. این موضوع ماه‌ها و سال‌ها مورد بحث بوده و به خاطر می‌آورم که دو سال پیش دو طرف به توافقی اولیه در این زمینه دست یافتند، وزارت خارجه قبول کرده بود و وقتی بازرسان آژانس رفتند که کار را نهایی کنند، جو تغییر کرده بود و به نظر می‌آمد، بخشی از حاکمیت در ایران مثلا سپاه یا نیروهای تندرو، با آن مخالفت کرده بودند. در نتیجه من فکر می‌کنم، آنچه وزارت خارجه ایران در سال‌های گذشته آماده انجام بود، هنوز هم روی کاغذ است و با کمی تغییرات بخشی از تفاهم است اما هنوز اعلام عمومی نشده است».
در برنامه جامع اقدام مشترک، همکاری ایران و آژانس بر مبنای تفاهم بر روی نقشه راهی برای حل موضوعات باقی مانده حال و گذشته،یکی از راه‌های شفافیت و اعتمادسازی از برنامه هسته‌ای ایران در نظر گرفته شده است. از جمله دیگر موارد این بخش، نظارت‌های گسترده آژانس و همچنین محدودیت در بخش‌هایی چون تحقیق و توسعه هستند.
