دفتر محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهوری سابق ایران، گفته‌های اسماعیل احمدی مقدم، فرمانده سابق نیروی انتظامی دربارهٔ تقاضای آقای احمدی‌نژاد برای بازداشت محمد خاتمی را «بی‌اساس» و «کاملاً خلاف واقع و نادرست» خواند.
آقای احمدی مقدم ۳۱ مرداد ماه گفته بود که محمود احمدی‌نژاد در واکنش به راهپیمایی اعتراضی ۲۵ خرداد سال ۸۸، خواستار بازداشت، محمد خاتمی، رئیس جمهوری اسبق ایران، شده بود.
به گفته فرمانده سابق نیروی انتظامی، آقای احمدی‌نژاد در این جلسه گفته بود: «خیلی خوب شد. دایره را تکان دادیم و اضافات و آشغال‌ها رو آمد. با آن‌ها برخورد کنید و همه را جمع کنید ببرید. بروید خاتمی و بقیه را دستگیر کنید و شر همه را کم کنید و بروید.»
دفتر محمود احمدی‌نژاد، ضمن تکذیب گفته‌های آقای احمدی مقدم اعلام کرد که «افرادی با مسئولیت‌های ایشان، اساساً در جایگاه ارائه مشورت به رئیس دولت‌های نهم و دهم در موضوعات سیاسی و انتخاباتی قرار نداشتند.»
به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر رئیس دولت‌های نهم و دهم، در این اطلاعیه تأکید شده که «سیاق» مطالب منتشر شده از سخنان آقای احمدی مقدم، «به روشنی حاکی از بی‌پایه و اساس بودن آن است.»
پس از اعتراض‌ها به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ برخی از افراد نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی نظیر حسین شریعتمداری، نماینده رهبر جمهوری اسلامی در روزنامه کیهان، و برخی دیگر از رسانه‌ها و شخصیت‌های اصول‌گرا، محمد خاتمی را به همراهی با معترضان به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری این سال متهم کردند.
آقای خاتمی در برخی از راهپیمایی‌های اعتراضی سال ۸۸ نظیر ۲۵ خرداد، روز قدس و ۲۲ بهمن شرکت کرد و در برخی از این راهپیمایی‌ها مانند راهپیمایی روز قدس با حمله نیروهای موسوم به لباس شخصی مواجه شد.
بر پایه گزارش‌ها، رئیس جمهوری اسبق ایران از سال ۸۸ ممنوع‌الخروج است و از ماه‌های پایانی سال گذشته نیز انتشار تصویر و خبرهای او در رسانه‌های ایران ممنوع شده‌است.
