یک روز پس از برگزاری نخستین جلسه دادگاه حمله به علی مطهری، نماینده تهران در مجلس، آقای مطهری گفت که حمله‌کنندگان به او در شیراز، «دستور سازمانی» داشته‌اند و وکیل وی نیز تأکید کرد که «تعدادی از متهمان» پرونده «دارای مناصبی هستند.»
نخستین جلسه دادگاه هشت نفر از مهاجمان به علی مطهری و همچنین دو مقام دانشگاه شیراز و دانشجوی دعوت‌کننده از آقای مطهری روز سه‌شنبه ۱۳ مرداد، به صورت غیر علنی برگزار شد.
در همین حال مصطفی ترک همدانی، وکیل علی مطهری، دربارهٔ «حضور چند فرد نظامی در میان متهمان» گفت که «تعدادی از متهمان» پرونده حمله به آقای مطهری «دارای مناصبی هستند.»
وی در مصاحبه‌ای با شماره روز چهارشنبه ۱۴ مرداد روزنامه اعتماد، درعین حال گفت که به دلیل غیر علنی بودن دادگاه نمی‌تواند جزئیات بیشتری دربارهٔ هویت متهمان بیان کند.
در همین حال علی مطهری گفت که انتظار دارد به اتهام «آمران و دستوردهندگان» حمله به او نیز رسیدگی شود.
به گفته آقای مطهری، «در بازجویی‌ها» از متهمان پرونده، «برخی از دستوردهندگان» مشخص شده‌اند و برخی از متهمان نیز گفته‌اند «ما دستور سازمانی داشتیم که به هر نحو ممکن از ورود علی مطهری به شیراز جلوگیری کنیم.»
وی تأکید کرد که نیروی انتظامی شیراز و به‌ویژه رئیس وقت کلانتری «۲۰ گل سرخ» این شهر، «به دلیل نوع عملکردشان متهم هستند» و همچنین اگر استاندار، مدیر کل اطلاعات فارس و فرماندار شیراز «کوتاهی کرده‌اند باید مجازات شوند.»
وی اضافه کرد: «نمی‌شود یک نهاد خاص... برنامه‌ای را به هم بزند و سایر نهادها و مسئولان اجرایی ملاحظه او را بکنند و احیاناً او را همراهی کنند.»
علی مطهری روز ۱۸ اسفند ۹۳ برای سخنرانی در دانشگاه شیراز به این شهر سفر کرد که در فرودگاه این شهر «با هجوم نیروهای لباس شخصی مورد ضرب‌وشتم» قرار گرفت و در نهایت مجبور به بازگشت به تهران شد.
آقای مطهری پیش از این بارها تلویحاً برخی از مهاجمان به خود را وابسته به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی معرفی کرده‌است.
این نماینده مجلس روز ۲۰ فروردین «برخی از اعضای شورای تأمین استان» فارس و «افراد زیرمجموعه» آنها را متهم کرده بود که «ایجادکننده ناامنی» در شهر شیراز هستند و امنیت این شهر را «مخدوش می‌کنند.»
وی پیش از آن نیز دربارهٔ عاملان حمله به خود گفته بود: «ظاهراً یک اصل پذیرفته شده بود؛ این افراد که از تجهیزاتشان مانند موتورهای سنگین و گاز فلفل معلوم بود از کجا دستور گرفته‌اند».
«موتورهای سنگین» معمولاً توسط نهادهای نظامی و نیروهای بسیج در ایران استفاده می‌شود.
از سوی دیگر وب‌سایت کلمه، نزدیک به میرحسین موسوی، روز ۱۸ فروردین نوشته بود که «چهره‌های شناخته‌شده‌ای» از سپاه و بسیج شیراز «در میان حمله‌کنندگان» به خودروی حامل علی مطهری در فرودگاه شیراز بوده‌اند.
آقای مطهری در ادامه سخنان تازه خود گفت که در جلسه روز سه‌شنبه دادگاه، تنها به «اتهام افراد مرتبط با دانشگاه» رسیدگی شده و «قرار است به اتهام مهاجمان در جلسه یا جلسات بعد رسیدگی شود.»
براساس گزارش‌ها، رئیس و معاون دانشگاه شیراز و «دانشجوی دعوت‌کننده» از آقای مطهری به سخنرانی، نیز جزء «متهمان» پرونده هستند.
پیش از این محمد احمدی، استاندار پیشین فارس، مقامات دانشگاه شیراز را به توجه نکردن به مصوبه شورای تأمین این شهر متهم کرده بود اما علی مطهری روز ۲۵ اسفند ۹۳ در نامه‌ای به حسین ذوالفقاری، معاون امنیتی وزیر کشور، مطالب مطرح شده دربارهٔ مصوبه «شورای تأمین» شیراز در مخالفت با سخنرانی او را تکذیب کرد.
علی مطهری بارها با تاکید دوباره بر ضرورت رفع حصر از میرحسین موسوی و مهدی کروبی، رهبران جنبش سبز، خواستار «بستن» پرونده اعتراضات به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ توسط قوه قضائیه شده و گفته‌است که این قوه در این باره «کوتاهی کرده است».
