سخنگوی قوه قضائیه ایران روز یک‌شنبه ۱۷ مرداد با تأیید اعدام شهرام امیری گفت: «امیری با اتصال به آمریکا، اطلاعات حیاتی کشور را در اختیار دشمن قرار داده بود.»
شهرام امیری که در آمریکا به عنوان «دانشمند هسته‌ای»، و در ایران به عنوان «پژوهشگر» معرفی می‌شد، در سال ۸۹ از آمریکا به ایران بازگشت و اندکی پس از بازگشت زندانی شد.
به گزارش خبرگزاری ایرنا، غلامحسین محسنی اژه‌ای، سخنگوی قوه قضائیه ایران، در نشست خبری خود افزود که «شهرام امیری به اسرار سری نظام دسترسی داشت و با دشمن متخاصم و درجه یک ما یعنی شیطان بزرگ [ایالات متحده] وصل شده بود.»
او در ادامه گفت: «یکی از رودست‌هایی که آمریکا از ایران خورد در خصوص همین پرونده است، سیستم اطلاعاتی آمریکا از ایران رودست خورد و تصور می‌کرد همه اقدامات آنها از چشم سیستم اطلاعاتی ما پوشیده‌است.»
محسنی اژه‌ای با بیان این که «امیری را به عربستان بردند و خیال می‌کردند ما از وضعیت وی خبر نداریم»، گفت: «این موضوع زیر ذره‌بین جمهوری اسلامی بود.»
وی با بیان این که دادگاه بدوی حکم اعدام را برای وی اعلام کرد، گفت: «دیوان عالی کشور دادنامه وی را مورد رسیدگی قرار داد، اگر چه با کمال تاسف ما راضی نیستیم کسی مجازات شود و دوست داریم این افراد توبه کنند، اما این فرد از فرصتی که بعد از تأیید حکم به وی داده شد نه تنها جبران نکرد و توبه‌ای نکرد باز سعی کرد از درون زندان اطلاعاتی را به غلط بیرون ببرد.»
آقای اژه‌ای در مورد زمان و مکان اعدام شهرام امیری جزئیاتی ارائه نکرد.
پیش از تأیید اعدام شهرام امیری از سوی قوه قضائیه ایران، خانواده وی در گفت‌وگو با رادیو فردا از اعدام او در روز چهارشنبه ۱۳ مرداد ماه خبر دادند.
مرضیه امیری، مادر شهرام امیری، روز شنبه ۱۶ مرداد ماه در این‌باره به رادیو فردا گفت که فرزندش روز چهارشنبه اعدام شده و جسد او پس از اعدام در تهران، برای خاکسپاری به کرمانشاه منتقل شده است.
پیش از بازگشت آقای امیری به ایران، رسانه‌های آمریکایی از او به عنوان «دانشمند هسته‌ای» یاد می‌کردند اما چندین ویدئوی متناقض از او انتشار یافت که دلیل حضور او در آمریکا را در هاله‌ای از ابهام قرار داد.
شهرام امیری در یکی از این کلیپ‌های ویدئویی گفته بود که مأموران سازمان اطلاعات مرکزی آمریکا، «سی.آی.اِی» او را در شهر مدینه ربوده و به آمریکا منتقل کرده‌اند.
شهرام امیری در این ویدئو گفته بود که هدف اصلی از ربودن وی «اعمال فشار سیاسی به ایران و اثبات دروغ‌هایی است که آمریکا علیه جمهوری اسلامی مطرح می‌کند».
در این میان شبکه خبری «ای‌‌بی‌سی» که پیشتر در گزارشی اعلام کرده بود شهرام امیری با سازمان اطلاعات مرکزی آمریکا همکاری کرده است، اقدام به انتشار ویدئوی دیگری درباره او کرد که شهرام امیری در آن گفته بود قصد ادامه تحصیل در آمریکا را دارد و اطمینان می‌دهد که آزاد و در امان است.
آقای امیری در این ویدئو تأکید کرده بود که تجربه تحقیقات تسلیحاتی ندارد، هیچ اقدامی علیه میهن خود انجام نداده و صرفاً برای تحصیل به آمریکا رفته است.
همزمان، برخی رسانه‌های آمریکایی نیز گزارش داده بودند که شهرام امیری از طریق عربستان، به آمریکا پناهنده شده و در ایالت آریزونا زندگی می‌کند.
با وجود انتشار این ویدئوها، وزارت امور خارجه ایران، آن زمان، همچنان آمریکا را به ربودن شهرام امیری متهم و اعلام کرد که ایران، این «آدم‌ربایی» را مورد پیگیری سیاسی و حقوقی قرار می‌دهد.
اما وزارت خارجه آمریکا، در واكنش به اين اخبار، در تیرماه سال ۸۹ اعلام كرد كه شهرام اميرى با تمايل خود به آمريكا آمده و آزاد است که به ایران بازگردد.
سرانجام، شهرام امیری ۲۴ تیرماه سال ۸۹ به ایران بازگشت و توسط خانواده و برخی مقام‌های جمهوری اسلامی از جمله حسن قشقاوی، از معاونان وزیر خارجه ایران در آن زمان، مورد استقبال قرار گرفت، اما چندی بعد، به گزارش برخی وب‌سایت‌های منتقد حکومت ایران از جمله سحام‌نیوز، بازداشت و زندانی شد.
