۹ تن از وزرای وابسته به حزب آزادی و عدالت بازوی سیاسی اخوان‌المسلمین در اعتراض به برکناری مرسی، از سمت‌های خود کناره‌گیری کرده و اداره موقت وزارتخانه‌ها تا زمان تشکیل دولت موقت را نپذیرفتند.
حزب آزادی و عدالت، بازوی سیاسی اخوان‌المسلمین: با قاطعیت در مقابل کودتا می‌ایستیم و با حاکمیت کنونی همکاری نمی‌کنیم.
محمد البلتاجی، از رهبران اخوان‌المسلمین: سرنگونی رییس جمهوری منتخب توسط ارتش ممکن است بعضی از گروه‌ها را به مقاومت از راه‌های خشونت‌آمیز بکشاند.
عبدالرحمن البر، عضو دفتر رهبری اخوان‌المسلمین: همکاری با حکومت غاصب را نمی‌پذیریم. ما با کودتای نظامی که علیه رییس جمهوری و اراده ملی روی داده مخالفیم.
سایت روزنامه الاهرام: عدلی منصور، رییس جمهوری موقت مصر، اخوان المسلمین را بخشی از مردم دانست و از آن‌ها برای مشارکت در «بازسازی کشور» دعوت کرد.