۱۱ سازمان مدافع حقوق بشر در نامه‌ای سرگشاده با اشاره به نقش مصطفی پورمحمدی در اعدام زندانیان سیاسی در سال ۶۷، از حسن روحانی خواستند در کابینه جدید خود، او را به عنوان وزیر دادگستری معرفی نکند.
این سازمان‌های مدافع حقوق بشر همچنین از آقای روحانی خواستند که درباره اتهام‌های مطرح شده علیه آقای پورمحمدی «به صورت شفاف» تحقیق کند.
نویسندگان این نامه با اشاره به نقش مصطفی پورمحمدی در اعدام زندانیان سیاسی در سال ۶۷ تاکید کرده‌اند که معرفی دوباره او به عنوان وزیر دادگستری «منعکس کننده وعده‌ھای»آقای روحانی و «اعتماد رای دهندگان» نیست.
این سازمان‌های حقوقی بشری همچنین از آقای روحانی خواستند تا فردی را به مقام وزارت دادگستری منصوب کند که «تعھد خود را نسبت به اصول حقوق بشر اثبات کرده باشد».
سارا لی ویتسون مدیر بخش خاورمیانه و شمال آفریقا دیدبان حقوق بشر، مھرانگیز کار رییس ھیات مدیره بنیاد سیامک پورزند، رویا برومند مدیر اجرایی بنیاد عبدالرحمن برومند و محمود عنایت مدیر اسمال مدیا، از جمله امضا کنندگان این نامه هستند.
در فایل صوتی آیت الله حسینعلی منتظری که سال گذشته منتشر شد از مصطفی پورمحمدی به عنوان نماینده وزارت اطلاعات در کمیته تصمیم گیری برای اعدام زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ نام برده شده است، زندانیانی که در زمان اعدام در حال سپری کردن حکم خود بودند.
ابراهیم رئیسی نامزد انتخابات اخیر ریاست جمهوری نیز به عنوان معاون وقت دادستان عضو کمیته تصمیم‌گیری این اعدام‌ها بود.
در جریان این انتخابات حسن روحانی گفته بود: «مردم ایران اعلام می‌کنند آنهایی را که در طول ۳۸ سال فقط اعدام و زندان بلد بودند قبول ندارند».
سال ۹۲ نیز دیدبان حقوق بشر، گزارشگران بدون مرز و کمپین بین‌المللی حقوق بشر در ایران در بیانیه‌ای با تأکید بر «نقض حقوق بشر» از سوی مصطفی پورمحمدی، از حسن روحانی خواسته بودند تا معرفی او به عنوان وزیر پیشنهادی دادگستری را پس بگیرد. با این حال به این خواسته ها توجهی نشد.
مصطفی پورمحمدی سال‌ها معاون وزیر اطلاعات و پیش از آن در سال‌های ۱۳۵۸ تا ۱۳۶۵ دادستان انقلاب استان‌های خوزستان، هرمزگان و خراسان بود.
وزارت کشور در دولت نهم و ریاست سازمان بازرسی کل کشور نیز از دیگر سمت‌هایی است که آقای پورمحمدی بر عهده داشته است.
