وزارت خارجه افغانستان می‌گوید وزیر خارجه آن کشور و محمد جواد ظریف در مورد «گزارش‌های آزار و اذیت و به شهادت رسیدن مسافرین افغان» در مرز مشترک با ایران تلفنی گفت‌وگو کرده‌اند.
جمهوری اسلامی دست‌داشتن در کشته‌شدن مهاجران افغان در رودخانه هریرود را رد کرده است. روز یک‌شنبه اما یک هئیت حقیقت‌یاب در افغانستان گفت «مرزبانان ایرانی در خاک ایران» مهاجران و شهروندان افغان را به رود انداخته‌اند.
وزارت خارجه افغانستان در بیانیه‌ای در روز یک‌شنبه ۲۱ اردیبهشت گفته محمد حنیف اتمر و محمد جواد ظریف، در گفت‌وگوی تلفنی خود «بر توافقات قبلی مبنی بر آغاز تحقیقات مشترک در مورد حادثه» تاکید کرده و «درباره مشخص‌ساختن تیم‌های بررسی‌کننده» گفت‌وگو کرده‌اند.
خبرگزاری دولتی ایرنا نیز ضمن بازتاب همین بیانیه گفته ظریف در مورد انتخاب یک هیئت ایرانی برای تحقیق در مورد این حادثه اطمینان داده و افزوده است که تحقیقات در محل حادثه «به‌زودی آغاز می‌شود».
به گفته وزارت خارجه افغانستان «هدف از این تحقیق دریافت حقایق، اتخاذ تصمیم‌های بعدی در روشنایی آن و پیدا کردن راه‌حلی برای جلوگیری از تکرار چنین حوادثی در آینده است».
در روز یک‌شنبه هئیت حقیقت‌یاب افغانستان گفته بود شواهدی وجود دارد که دست داشتن مرزبانان ایرانی در کشته‌شدن شهروندان افغان در رودخانه هریرود را تائید می‌کند.
با این حال رادیو آزادی (بخش دری رادیو اروپای آزاد) به نقل از ژنرال حمید طهماسی، سربازرس فرماندهی کل ارتش افغانستان گفته بود برای تحقیقات بیشتر باید شواهد موجود با مقام‌های ایرانی در میان گذاشته شود.
ژنرال طهماسی برای انجام تحقیقات به هرات رفته است.
عباس موسوی، سخنگوی وزارت خارجه ایران ۱۵ اردیبهشت با وجود ابراز تاسف از جان‌باختن شهروندان افغان گفته بود مرزبانی ایران نقش خود در کشته‌شدن آن‌ها را «رد کرده است».
نیروی انتظامی جمهوری اسلامی حتی وقوع چنین چیزی در مرزهای مشترک دو کشور را نیز رد کرده بود.
تا کنون پیکر شماری از قربانیان پیدا شده است. بنا بر گزارش‌ها در زمان وقوع این رخداد در ۱۳ اردیبهشت بیش از ۵۰ مهاجر «در تلاش برای ورود غیرقانونی به ایران» از منطقه دهانه ذوالفقار بودند.
