ناصر مکارم شیرازی، مرجع تقلید شیعه، چند ماه پس از درخواست خود برای اختصاص «بودجه ویژه» به شهر قم، خواستار جلوگیری از مهاجرت افرادی که وی «نفوذی» می‌نامند به قم شد و از مسئولان و مردم خواست که «حساب این شهر را از شهرهای دیگر جدا کنند».
به گزارش خبرگزاری ایرنا، این مرجع تقلید شیعه، عصر دوشنبه، ۵ فروردین در دیدار با شهردار قم گفت که «آبروی این شهر، آبروی شیعه است و مشکلات آن نیز مشکلات عالم تشیع است».
آقای مکارم شیرازی همچنین در دیدار با استاندار قم تأکید کرد که دولت و مردم باید «نگاهی ویژه به قم داشته باشند» و «حساب این شهر را از حساب شهرهای دیگر کشور جدا کنند».
وی همچنین دربارهٔ مشکلات شهر قم گفت: «گاهی مهاجرت‌ها بافت قم را تغییر می‌دهد، گاهی مهاجرت‌ها مطابق با فرهنگ قم نیست، باید با مدیریت مهاجرت‌ها موقعیت قم را حفظ کرد و نباید اجازه داد افراد نفوذی، قاچاقچی و خلافکار وارد قم شوند».
مقام‌های جمهوری اسلامی از مخالفان حکومت با عنوان «نفوذی» هم یاد می‌کنند و درخواست ناصر مکارم شیرازی برای «اجازه ندادن» به مهاجرت «نفوذی‌ها» به قم پس از آن بیان می‌شود که با وجودتبلیغات گسترده حکومت، شهر قم نیز همراه با دیگر شهرهای ایران صحنه اعتراض‌های سیاسی و اجتماعی بوده‌است.
از جمله در اعتراض‌های دی‌ماه نیز تجمع‌هایی در شهر قم برگزار شد و شرک‌کنندگان مانند شهرهای دیگر شعارهایی را علیه حکومت جمهوری اسلامی سردادند. سال ۸۸ نیز در تشییع جنازه آیت‌الله منتظری در قم، حاضران شعارهایی را علیه رهبر جمهوری اسلامی سر دادند.
آیت الله مکارم شیرازی ۱۱ آبان ۹۶ نیز خواستار آن شده بود که دولت بودجه ویژه‌ای برای شهر قم اختصاص دهد».
وی گفته بود: «برای قم باید یک ردیف بودجه حسابی در نظر بگیرند، و هیچ‌کدام از شهرها هم نباید معترض شوند چون قم با بقیه شهرها فرق می‌کند».
سخنان آقای مکارم شیرازی در حالی بیان شده‌است که اختصاص بودجه برای حوزه‌های علمیه و مراکز دینی در بودجه ۹۷ اعتراض‌هایی را به دنبال داشتهاست.
براساس گزارش‌ها در بخش‌های مختلف بودجه سال ۹۷ بیش از دو هزار میلیارد تومان به حوزه‌های علمیه اختصاص یافته‌است.
بخش‌هایی از بودجه حوزه‌های علمیه در سال ۹۷ نسبت به سال ۹۶ افزایش یافته‌است.
از جمله بودجه مرکز خدمات حوزه‌های علمیه قم از ۸۱۵ میلیارد تومان در سال ۹۶ به ۸۹۷ میلیارد تومان در سال ۹۷ افزایش یافته که افزایش ۱۰ درصدی را نشان می‌دهد.
مرتضی کاظمیان، تحلیل‌گر سیاسی مقیم پاریس، روز ۲۲ آذر ۹۶ در مقاله‌ای در رادیو فردا با مقایسه بودجه حوزه‌های علمیه و نهادهای دینی با مراکز دیگر نوشته بود که بودجه سازمان اورژانس کشور ۱۶۳ میلیارد تومان و بودجه سازمان هواپیمایی کشوری ۵۷ میلیارد تومان اعلام شده‌است.
مرتضی کاظمیان همچنین در یادداشتی در رادیو فردا نوشته بود که «با وجود تمام هزینه‌کردها و به‌رغم حمایت‌های پیدا و پنهان و گوناگون حکومت»، آمارهای مربوط به شهر قم دربارهٔ موضوعاتی که در ایران آسیب‌های اجتماعی خوانده می‌شود «تأمل‌برانگیز و بلکه اسف‌بار است».
