سید علا هاشمی شاهرودی، پسر محمود هاشمی شاهرودی گفته است پدرش در روند درمان بیماری‌اش به طب اسلامی و «دکترهای اسلامی» اعتماد کرد و این امر منجر به ایجاد فاصله بین درمان و از کنترل خارج‌شدن بیماری شد.
او در گفت‌وگویی که روز اول دی‌ماه ۹۸ در خبرگزاری حوزه منتشر شده است، گفته است برخی افراد که او آنها را «دکترهای اسلامی» می‌نامند به محمود هاشمی‌شاهرودی گفته‌اند به حرف پزشکان جدید توجه نکند.
بر اساس این اظهارات، سال ۹۶ پس از یک عمل جراحی، آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی «مخفیانه» به منزل شاهرودی رفته تا با او دیدار کند. در این دیدار خامنه‌ای به شاهرودی توصیه می‌کند که به حرف دکترها گوش کند ولی به روایت پسر شاهرودی «گوش نکرد». او می‌گوید کارشناسان «طب اسلامی» رای پدرش را زدند و او را مردد کردند.
در سال‌های اخیر بحث درباره طب اسلامی، مناقشات گسترده‌ای مطرح بوده است. محمود هاشمی‌شاهرودی خود از جمله مقام‌هایی بود که به شدت حامی احیای طب اسلامی بوده است و از حوزه‌های علمیه خواسته بود که با جمع‌آوری «روایات عجیب و تکان‌دهنده و پرمحتوای اسلامی» در مسیر احیای طب اسلامی بکوشند.
ایرج حریرچی، معاون کل وزارت بهداشت روز ۱۵ مهرماه ۱۳۹۸ در گفت‌وگویی اشاره کرده بود که «۴نفر از علمای بزرگ به نوعی سرطان مبتلا شدند، اما ۳نفر از آن ها که نوع پیشرفته‌ای از این نوع سرطان داشتند، درمان شدند، اما یکی از آن ها که به طب اسلامی روی آورد متاسفانه جان خود را از دست داد».
به نظر می‌رسد منظور او هاشمی شاهرودی بوده است که شامگاه دوشنبه سوم دی ماه ۹۷ در بیمارستان درگذشت. او زمان مرگ ۷۰ سال داشت.
درباره بیماری او گمانه‌زنی‌های متعددی شد. با آنکه در ایران، بیماری وی یک «بیماری گوارشی نسبتاً شایع» عنوان شد، اما در دی‌ماه سال ۹۷ یک روزنامه آلمانی از بستری بودن آقای شاهرودی در بنیاد علمی بین‌المللی علوم مغز و اعصاب در هانوفر آلمان خبر داد.
پس از تایید این خبر از سوی شماری از رسانه‌های داخلی و انتشار عکسی از پروفسور مجید سمیعی، رئیس این مرکز، در کنار آقای شاهرودی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت بدلیل تجمع شماری از ایرانیان مقیم آلمان مقابل این کلینیک و طرح شکایت قضایی علیه او در یکی از دادگاه‌های آلمان، به ایران بازگشت.
در آن زمان دادستانی آلمان تأیید کرد شکایاتی را علیه آقای شاهرودی دریافت کرده و گزارش شد که بازگشت پیش از موعد وی به ایران، به دلیل «ترس از تعقیب قضایی» بود.
از جمله شواهدی که برای تعقیب قضایی آقای شاهرودی در آلمان به دادستانی این کشور ارائه شد، نقش او در صدور «هزاران حکم اعدام» در دوران تصدی‌اش در قوه قضائیه ایران بود.
