محمدباقر قالیباف روز یکشنبه ۱۵ تیرماه شورای حکام و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی را متهم به «زیاده‌خواهی» کرد و گفت: «جمهوری اسلامی اجازه نخواهد داد که آژانس حلقه اطلاعاتی و جاسوسی کشورهای متخاصم را تکمیل کند».
رئیس مجلس شورای اسلامی می‌گوید نمایندگان مجلس «اجازه نخواهند داد که آژانس دستش باز باشد و هر کاری که می‌خواهد انجام دهد».
او شواهدی در مورد اتهامش مبنی بر احتمال «جاسوسی کردن» آژانس بین‌المللی انرژی اتمی ارائه نکرد.
بازرسان آژانس می‌خواهند به دو مکانی که ایران ممکن است دو دهه پیش در آن‌ها فعالیت‌های هسته‌ای اعلام‌نشده‌ای انجام داده باشد، دسترسی پیدا کنند و این امر باعث تنش تازه‌ای بین تهران و آژانس شده است.
پیش از این بریتانیا، آلمان و فرانسه، سه کشور عضو توافق هسته‌ای با ایران موسوم به برجام، با ارائه قطعنامه‌ای به شورای حکام، از ایران خواسته بودند مانع بازدید بازرسان آژانس از دو سایت هسته‌ای نشود و در این زمینه به طور کامل با آژانس همکاری کند.
شورای حکام آژانس روز ۳۰ خرداد این قطعنامه توبیخی را تصویب کرد.
محمدباقر قالیباف روز اول تیرماه به این امر نیز واکنش نشان داده و گفته بود که حکومت ایران «معطل قطعنامه‌های بی‌معنا» نمی‌شود.