علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، روز یکشنبه ۳۱ مرداد با اشاره به اعتراضات پس از اعلام نتایج انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۸۸ گفت: «همه دیدند که چگونه انتخابات، بهانه‌ای برای حمله و نفی اصل نظام شد.»
به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر آیت‌الله خامنه‌ای، وی این مطلب را روز یکشنبه در دیدار با امامان جماعات مساجد استان تهران اظهار کرد.
او در این سخنرانی گفت: «در اوایل فتنه به یکی از سران فتنه گفتم شما در ظاهر با نظام هستید و به گفته خودتان در حال اعتراض انتخاباتی هستید اما بدانید که مدیریت این جریان به دست بیگانگان می‌افتد و آنها با استفاده از کار شما، اصل نظام را هدف می‌گیرند.»
رهبر جمهوری اسلامی و نزدیکان او از اعتراض‌ها به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ با عنوان «فتنه» و از میرحسین موسوی و مهدی کروبی که در حصر به‌سر می‌برند به عنوان «سران فتنه» نام می‌برند.
رهبر جمهوری اسلامی افزود: «آنها -البته اگر با نگاه خوشبینانه به ماجرا بنگریم- حرف اینجانب را نفهمیدند و وارد شدند و همه دیدند که چگونه انتخابات، بهانه‌ای برای حمله و نفی اصل نظام شد.»
او در ادامه گفت: «برخی می‌گویند یک حرفی آن موقع زده شده، بگذریم؛ اما باید توجه داشت که اگر در طرفداری از کسی حرفی زده می‌شود که مخالف سخنان و مواضع اوست، آن شخص باید اعلام مخالفت کند وگرنه به حساب او گذاشته می‌شود.»
رهبر جمهوری اسلامی، که گفته می‌شود حصر خانگی چهره‌های معترض به دستور خود او انجام شده، بارها در سخنرانی‌های علنی حملاتی گاه شدید را به اعتراض‌های ۸۸ و معترضان انجام داده‌است.
آیت‌الله علی خامنه‌ای روز یکشنبه ۱۲ تیر ماه، در پاسخ به پرسش یک دانشجو در مورد حصر تأکید کرد که همچنان به اعتراض‌ها به انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ حساس است.
میرحسین موسوی، زهرا رهنورد و مهدی کروبی، حدود دو هزار روز است که بدون محاکمه در حصر خانگی به سر می‌برند، و از بهمن ۸۹ تا کنون تنها تغییر در وضعیت آنها، انتقال محل حصر مهدی کروبی از «خانه امن» وزارت اطلاعات، به منزل او در جماران در بهمن‌ماه سال ۹۲ است.
اخیرا مهدی کروبی، در نامه‌ای به حسن روحانی، خواستار آن شده از «حاکمیت مستبد» بخواهد برای او دادگاهی تشکیل دهد، تا در آن اتفاقاتی را شرح دهد که برای بازداشت‌شدگان اعتراض‌های سال ۸۸ «در بازداشتگاه‌های قانونی و غیر قانونی» افتاد، دلایل خود در مورد «تقلب» در انتخابات را توضیح دهد و مشخص شود چه کسی «نانجیب» است.
پیش از این برخی از احزاب و شخصیت‌های سیاسی ایران از جمله مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم، محمد خاتمی، رئیس‌جمهور پیشین ایران، و علی مطهری، نماینده تهران در مجلس، خواستار رفع حصر این سه نفر شده‌اند.
آقای مطهری همچنین خواستار محاکمه همزمان میرحسین موسوی، مهدی کروبی و محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهوری سابق ایران، شده است.
اما در مقابل صادق لاریجانی، رئیس قوه قضاییه ایران، گفته است که هر گاه مصوبه شورای عالی امنیت ملی درباره حصر این دو نفر تغییر کند، دستگاه قضایی آماده برگزاری دادگاه آنان است. گرچه دبیر شورای عالی امنیت ملی گفته است که این نهاد نمی‌تواند در شرایط کنونی در مورد حصر گزارش دهد.