«موسسه علوم و امنیت بین‌المللی» در گزارش تازه خود براساس مدارک درونی آژانس بین‌المللی انرژی اتمی می‌نویسد که آیت‌الله خامنه‌ای رهبر ایران در تصمیم جمهوری اسلامی در سال ۱۹۸۴ برای دستیابی به سلاح هسته‌ای مشارکت داشته‌است.
این مرکز پژوهشی در آغاز گزارش خود می‌پرسد آیا می‌توان سخنان آیت‌الله خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی ایران که می‌گوید قوانین و شرع اسلام با تولید جنگ‌افزار هسته‌ای مخالف است را باور کرد؟ اطلاعاتی که آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به آنها دسترسی پیدا کرده نشان می‌دهد که به اظهارات رهبر ایران باید با دیده شک نگریست.
البته اگر حکومت ایران در همکاری کامل و شفاف با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به پرسش‌های این نهاد در باره گذشته فعالیت‌های هسته‌ای و نظامی و احتمال تداوم آنها در حال حاضر پاسخ دهد، می‌توان شک و تردیدها به سخنان رهبر ایران را برطرف نمود.
در یکی از اسناد درونی آژانس مربوط به سال ۲۰۰۹ که بخش زیادی از آن پیش از این توسط «موسسه علوم و امنیت بین المللی» منتشر شده‌است، قسمتی وجود دارد تحت عنوان «سخنان و بیانیه‌های رهبران ایران».
در بخشی از این سند چنین نوشته شده‌است: «آژانس مطلع شده که در آوریل سال ۱۹۸۴ در جریان یک جلسهٔ مقامات بلندپایه سیاسی و امنیتی جمهوری اسلامی ایران در کاخ ریاست جمهوری در شهر تهران، آیت‌الله علی خامنه‌ای که در آن زمان رئیس جمهور ایران بود اعلام کرد که آیت‌الله روح‌الله خمینی رهبر وقت و بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران تصمیم گرفته‌است که برنامه هسته‌ای ایران دوباره فعال شود.
براساس گفته‌های آیت‌الله خامنه‌ای در آن جلسه این تنها راه تضمین امنیت رژیم جمهوری اسلامی در برابر توطئه‌های دشمنان، به خصوص آمریکا و اسرائیل و فراهم کردن زمینه‌های ظهور امام زمان است. آیت‌الله خامنه‌ای در ادامه این جلسه می‌افزاید که وجود جنگ‌افزار هسته‌ای در دست سربازان خدا (حزب‌الله) (جندالله) عامل مهمی برای مهار خطرهایی است که ایران را تهدید می‌کنند.»
«موسسه علوم و امنیت بین‌المللی» در ادامه گزارش خود که در روز بیستم ماه آوریل منتشر شده‌است یادآوری می‌کند که آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در گزارش اخیر خود در ماه نوامبر سال ۲۰۱۱ اعلام کرده بود که ایران یک برنامه هسته‌ای نظامی را دنبال می‌کرده که در فاصله سال‌های ۲۰۰۲ تا ۲۰۰۳ به اوج خود رسیده بود ولی به طور ناگهانی در آن زمان متوقف شده‌است.
آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در این گزارش خود براساس اطلاعات جمع‌آوری شده توسط نهادهای اطلاعاتی کشورهای غربی همچنین یادآور شد که برخی از عناصر و جنبه‌های برنامه هسته‌ای نظامی ایران پس از سال ۲۰۰۳ از سرگرفته شده و هم‌اینک نیز ممکن است ادامه داشته باشند. این شواهد نشان می‌دهد که آیت‌الله خامنه‌ای از این برنامه‌ها حمایت کرده‌است چون او بلندپایه‌ترین مرجع تصمیم‌گیری در مورد مسائل مهم امنیتی کشور است.
سخنان آیت‌الله خامنه‌ای در مورد مخالفت شرع اسلام با سلاح‌های هسته‌ای را باید مثبت تلقی کرد ولی چنین تعهدی صرفا به شکل لفظی کافی نیست و رهبر ایران باید با اقدامات عملی مخالفت با تولید جنگ‌افزار هسته‌ای را اثبات کند.
این مرکز پژوهشی در آغاز گزارش خود می‌پرسد آیا می‌توان سخنان آیت‌الله خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی ایران که می‌گوید قوانین و شرع اسلام با تولید جنگ‌افزار هسته‌ای مخالف است را باور کرد؟ اطلاعاتی که آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به آنها دسترسی پیدا کرده نشان می‌دهد که به اظهارات رهبر ایران باید با دیده شک نگریست.
البته اگر حکومت ایران در همکاری کامل و شفاف با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به پرسش‌های این نهاد در باره گذشته فعالیت‌های هسته‌ای و نظامی و احتمال تداوم آنها در حال حاضر پاسخ دهد، می‌توان شک و تردیدها به سخنان رهبر ایران را برطرف نمود.
در یکی از اسناد درونی آژانس مربوط به سال ۲۰۰۹ که بخش زیادی از آن پیش از این توسط «موسسه علوم و امنیت بین المللی» منتشر شده‌است، قسمتی وجود دارد تحت عنوان «سخنان و بیانیه‌های رهبران ایران».
در بخشی از این سند چنین نوشته شده‌است: «آژانس مطلع شده که در آوریل سال ۱۹۸۴ در جریان یک جلسهٔ مقامات بلندپایه سیاسی و امنیتی جمهوری اسلامی ایران در کاخ ریاست جمهوری در شهر تهران، آیت‌الله علی خامنه‌ای که در آن زمان رئیس جمهور ایران بود اعلام کرد که آیت‌الله روح‌الله خمینی رهبر وقت و بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران تصمیم گرفته‌است که برنامه هسته‌ای ایران دوباره فعال شود.
براساس گفته‌های آیت‌الله خامنه‌ای در آن جلسه این تنها راه تضمین امنیت رژیم جمهوری اسلامی در برابر توطئه‌های دشمنان، به خصوص آمریکا و اسرائیل و فراهم کردن زمینه‌های ظهور امام زمان است. آیت‌الله خامنه‌ای در ادامه این جلسه می‌افزاید که وجود جنگ‌افزار هسته‌ای در دست سربازان خدا (حزب‌الله) (جندالله) عامل مهمی برای مهار خطرهایی است که ایران را تهدید می‌کنند.»
«موسسه علوم و امنیت بین‌المللی» در ادامه گزارش خود که در روز بیستم ماه آوریل منتشر شده‌است یادآوری می‌کند که آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در گزارش اخیر خود در ماه نوامبر سال ۲۰۱۱ اعلام کرده بود که ایران یک برنامه هسته‌ای نظامی را دنبال می‌کرده که در فاصله سال‌های ۲۰۰۲ تا ۲۰۰۳ به اوج خود رسیده بود ولی به طور ناگهانی در آن زمان متوقف شده‌است.
آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در این گزارش خود براساس اطلاعات جمع‌آوری شده توسط نهادهای اطلاعاتی کشورهای غربی همچنین یادآور شد که برخی از عناصر و جنبه‌های برنامه هسته‌ای نظامی ایران پس از سال ۲۰۰۳ از سرگرفته شده و هم‌اینک نیز ممکن است ادامه داشته باشند. این شواهد نشان می‌دهد که آیت‌الله خامنه‌ای از این برنامه‌ها حمایت کرده‌است چون او بلندپایه‌ترین مرجع تصمیم‌گیری در مورد مسائل مهم امنیتی کشور است.
سخنان آیت‌الله خامنه‌ای در مورد مخالفت شرع اسلام با سلاح‌های هسته‌ای را باید مثبت تلقی کرد ولی چنین تعهدی صرفا به شکل لفظی کافی نیست و رهبر ایران باید با اقدامات عملی مخالفت با تولید جنگ‌افزار هسته‌ای را اثبات کند.