علی مطهری، نماینده مجلس شورای اسلامی، با تاکید بر لزوم ریشه‌یابی حوادث انتخابات ۱۳۸۸ تصریح کرد: «تا زمانی که از محاکمه متهمان وحشت داشته باشیم، این ماجرا به نقطه پایان خود نخواهد رسید. »
به گزارش خبرگزاری کار ایران، ایلنا، آقای مطهری روز چهارشنبه، ۱۱ تیر، در جوابیه‌ای خطاب به روزنامه رسالت نوشت: «تا زمانی که نخواهیم به ریشه‌های حوادث سال ۸۸ و اتهامات طرف مقابل بپردازیم و در واقع تا زمانی که نخواهیم به اشتباهات خود در آن ماجرا اعتراف کنیم و... از محاکمه متهمان وحشت داشته باشیم، این ماجرا به نقطه پایان خود نخواهد رسید.»
اشاره آقای مطهری به «وحشت از محاکمه متهمان» در حالی است که خود او روز یک‌شنبه گذشته خبر داده بود در دیداری با آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی «جرم مهدی کروبی و میرحسین موسوی را بزرگ» توصیف کرده و گفته است که در صورت محاکمه این دو حکم سنگینی در انتظارشان خواهد بود.
روزنامه رسالت ۱۰ تیر ۱۳۹۳ در سرمقاله خود به سخنان علی مطهری در نجف‌آباد اصفهان و درخواست وی برای رفع حصر از میرحسین موسوی و مهدی کروبی واکنش نشان داده بود.
آقای مطهری پنجم تیرماه در نجف‌آباد گفته بود: «اين غلط است که ما بدون حکم قضايی و تشکيل دادگاه عده‌ای را در حصر بگذاريم و بعد بگوييد به شما لطف کرديم.»
کاظم انبارلویی، سرمقاله‌نویس روزنامه رسالت، در پاسخ به آقای مطهری نوشته بود: «محاکمه سران فتنه، قطعی است حکم آنها اعدام است و سران فتنه باغی هستند.»
آقای مطهری در مقابل خطاب به سرمقاله‌نویس روزنامه رسالت نوشته است: «این که وی چه لذتی از اعدام منتقد و معترض می‌برد شاید نیاز به یک روانکاوی داشته باشد.»
علی مطهری در ادامه نوشته است: «مشکل سرمقاله‌نویس روزنامه رسالت این است که فکر می‌کند اگر کسی انتقادی به نظام داشت باید به‌نحوی حذف شود، به این معنی که یا ساکت بماند یا با حصر خانگی دچار مرگ زودرس تدریجی شود و یا به‌نحوی به دنیای دیگر رخت بربندد.»
وی اضافه کرد: «به عبارت دیگر مردم باید سه دسته باشند، یا متملق و چاپلوس و مجیزگو یا ساکت و یا منتقدانی که تحت نظر بوده و حق اظهار نظر ندارند و خلاصه همه باید یک حرف بزنند.»
تردید درباره صحت نامه آیت‌الله خمینی درباره نهضت آزادی
آقای مطهری در بخش دیگری از جوابیه خود با اشاره به نامه منسوب به آیت‌الله خمینی درباره نهضت آزادی نوشته است که «اگر این نامه اصالت داشته باشد، حداکثر پست‌های کلیدی نباید به دست این گروه سپرده شود، والّا خارج از دایره انقلاب نیستند و ریزش محسوب نمی‌شوند».
روزنامه رسالت اما امروز به جوابیه آقای مطهری پاسخ داده و وی را متهم کرده که درباره اصالت نامه آیت‌الله خمینی ابراز تردید کرده است.
پیش از این اعضای نهضت آزادی بارها نسبت به صحت نامه منسوب به آیت‌الله خمینی درباره این گروه ابراز تردید کرده‌اند، اما موسسه تنظیم و نشر آثار آیت‌الله خمینی بر اصالت این نامه تاکید کرده است.