در واکنش به انتقادات تند رئیس قوه قضاییه، سخنگوی دولت حسن روحانی روز سه‌شنبه، ۱۴ دی‌ماه، تلویحا اتهام انتقال پول از بابک زنجانی به ستاد انتخاباتی آقای روحانی را رد کرد.
محمدباقر نوبخت، سخنگوی دولت، روز سه‌شنبه در یک کنفرانس خبری همچنین از آمادگی دولت حسن روحانی برای همکاری با قوه قضاییه در پرونده آقای زنجانی خبر داده و از این قوه خواست تا «به هر ادعای» بابک زنجانی «رسیدگی و نتیجه آن اعلام شود».
صادق لاریجانی، رئیس قوه قضائیه، روز دوشنبه ضمن انتقاد شدید از سخنان حسن روحانی و اقدامات دولت در پرونده بابک زنجانی این اتهام را مطرح کرد که بابک زنجانی «به ستاد حسن روحانی در انتخابات ریاست جمهوری ۹۲ کمک مالی کرده» است.
او همچنین تهدید کرد که افراد «مرتبط» با این موضوع احضار می‌شوند و اگر لازم شد، بازداشت خواهند شد.
آیت‌الله لاریجانی روز دوشنبه، ۱۳ دی، با تأکید بر این که اولین اقدام قوه قضائیه در پرونده بابک زنجانی جلوگیری از فرار وی از ایران بوده در ادامه تلویحا مقامات وزارت نفت را متهم کرد که در آغاز رسیدگی به این پرونده «مستندات کافی در مورد او به قوه قضائیه نداده بودند».
در پاسخ به این حملات تند، سخنگوی دولت حسن روحانی روز سه شنبه به طور غیرمستقیم تکذیب کرد که این دولت در دوران انتخابات از بابک زنجانی پولی دریافت کرده است: «چنین صحبتی را نشنیده‌ام».
محمدباقر نوبخت در ادامه تاکید کرده است که دولت در این پرونده خود «مطالبه‌گر بوده» و در حال حاضر نیز در انتظار «رسیدگی و تعیین تکلیف» است.
بابک زنجانی که در دوره ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد و اوج تحریم‌های مرتبط با برنامه هسته‌ای، با هدف «دور زدن تحریم‌ها» فروش بخشی از نفت ایران را برعهده داشت، در یک مورد متهم است که حدود دو و نیم میلیارد یورو پول فروش نفت را به دولت بازنگردانده است.
آقای زنجانی در جریان پرونده‌ای که در سال ۱۳۹۲ به بازداشت او انجامید، به اتهام «فساد فی‌الارض» به اعدام محکوم شده و این حکم در روز ۱۳ آذرماه گذشته به تایید دیوان عالی کشور رسید.
اما حسن روحانی روز ۸ دی‌ماه در یک سخنرانی گفته بود که از قوه قضائیه تقاضا کرده پرونده بابک زنجانی در اختیار وزارت اطلاعات قرار گیرد، اما این درخواست اجرا نشده است.
وی همچنین گفت که سؤال‌های مردم درباره این پرونده همچنان باقی است، نکته‌ای که سخنگوی دولت هم در روز سه‌شنبه بر آن تاکید کرده و گفته است که «ابعاد این فساد بزرگ» باید روشن شود.