مدیرکل دفتر آموزش‌های غیردولتی و غیرانتفاعی وزارت علوم ایران از توقف صدور مجوز برای تاسیس دانشگاه‌های تک‌جنسیتی خبر داده و گفت که هم اکنون تمام استان‌های «متقاضی»، دانشگاه تک‌جنسیتی برای دختران و پسران دارند.
کارن ابری‌نیا، از مدیران کل وزارت علوم، روز جمعه، ۱۱ مهر، در گفت‌وگو با خبرگزاری مهر تصریح کرد: «دانشگاه‌های تک‌جنسیتی هم موسسات آموزش عالی غیردولتی به شمار می‌آیند و چون صدور مجوز برای آنها متوقف شده است، بنابراین مجوز برای تک‌جنسیتی‌ها هم متوقف می‌شود.»
این مقام وزارت علوم در دولت حسن روحانی دلیل این امر را تکمیل ظرفیت پذیرش دانشجو در این نوع موسسات دانسته است.
سخنان آقای ابری‌نیا در حالی بیان می‌شود که پیش از این صدور مجوز تاسیس دانشگاه‌های تک‌جنسیتی از موضوع توقف صدور مجوز برای موسسات آموزش عالی غیردولتی مستثنی شده بود.
غلامعلی نادری، مدیرکل سابق دفتر آموزش‌های غیردولتی وزارت علوم، در فروردین سال ۹۲ از توقف صدور مجوز تاسیس موسسه‌های آموزش عالی به دلیل «اشباع شدن» خبر داده و در عین حال گفته بود که تنها مجوز راه‌اندازی موسسات غیرانتفاعی تک‌جنسیتی برای مراکز هر استان صادر می‌شود.
بر اساس گزارش‌ها، طرح ایجاد دانشگاه تک‌جنسیتی در دوره وزارت کامران دانشجو، وزیر علوم در دولت دوم محمود احمدی‌نژاد، آغاز شد و آقای دانشجو این طرح را در راستای «اسلامی شدن دانشگاه‌ها» تعریف کرده بود.
فرهاد دانشجو، رئیس سابق دانشگاه آزاد اسلامی و برادر کامران دانشجو، نیز ۳۱ مردادماه ۹۲ گفته بود که برنامه ایجاد دانشگاه‌های تک‌جنسیتی در دستور کار دانشگاه آزاد نیز قرار دارد.
یکی دیگر از برنامه‌های وزارت علوم در دوره مدیریت کامران دانشجو، تفکیک جنسیتی کلاس‌های درس در تمامی دانشگاه‌های کشور بود.
آقای دانشجو در تیرماه ۹۰ گفته بود: «قصد داریم از اول مهرماه اگر امکانات برای جدا شدن کلاس‌های زن و مرد نیست، دانشجویان در کلاس‌های درسی در دو ردیف جداگانه بنشینند.»
این برنامه وزارت علوم مخالفت تعدادی از دانشجویان و اساتید دانشگاه‌های مختلف ایران و تعدادی از نمایندگان مجلس را سبب شد.
همزمان با بالا گرفتن این اعتراض‌ها، محمود احمدی‌نژاد در تیرماه سال ۹۰ خواستار توقف تفکیک جنسیتی در دانشگاه‌ها و بازنشسته شدن «بی‌رویه» اساتید شد.
کامران دانشجو در روز ۱۶ تیرماه گفت که دستور رئیس جمهوری برای توقف برنامه جداسازی دانشجویان دختر و پسر و منع بازنشستگی استادان دانشگاه‌ها اجرا می‌شود.
بر اساس گزارش‌ها، ایجاد دانشگاه‌های تک‌جنسیتی اما پس از این دستور آقای احمدی‌نژاد همچنان ادامه پیدا کرد.
غلامرضا خواجه سروی، معاون وزارت علوم ایران، در ۲۹ تیر ۹۰ و پس از دستور آقای احمدی‌نژاد گفته بود که در «همه استان‌های ایران خانواده‌ها خواهان» ایجاد دانشگاه‌های تک‌جنسیتی هستند.