آیت‌الله جلال‌الدین طاهری اصفهانی، نخستین امام جمعه اصفهان، که در سال ۱۳۸۱ با نوشتن نامه‌ای انتقاد آمیز از سمت خود استعفا کرد، صبح روز یک‌شنبه دوازدهم خردادماه در سن ۸۷ سالگی درگذشت.
او در عین حال از روحانیون منتقد به انتخابات سال ۱۳۸۸ به شمار می‌رفت که در بیانیه‌ای از معترضان به نتیجه آن حمایت کرده بود.
آیت‌الله طاهری در نامه سرگشاده‌ای که در سال ۱۳۸۱ نوشته بود از وضع حاکم انتقاد کرده و آن را «مصیبت عظمای» دین‌گریزی، بیکاری، تورم، ضعف مدیریتی و موارد دیگر دانسته بود.
Your browser doesn’t support HTML5
گفتگوی محمد ضرغامی با احمد منتظری در مورد آیت الله طاهری
آقای طاهری در آن زمان نوشته بود «عدم چاره‌اندیشی كارآمد تبعات وجیع و فجیعی دارد كه همچون سیل بنیان برانداز پشت سد ایستاده و هرلحظه كیان كشور و حیات ملت را تهدید می‌كند».
در بخش دیگری از نامه‌اش با انتقاد از استفاده ابزاری از عقاید و دین و نیز با اشاره به افراطیون آنها را «رجاله‌ها و فاشیست‌هایی که معجونی از جهل و جنونند و بندنافشان به مراکز ثقل قدرت متصل است و مطلق العنان و افسار گسیخته‌اند و نه ملوم معاقب قضا هستند و نه محکوم معاتب قانون» نامیده بود.
این نامه تند با واکنش آیت‌الله خامنه‌ای روبه‌رو شد. رهبر جمهوری اسلامی در پاسخی به این نامه نوشت «ضدانقلاب كه در زير سايه آمريكا و اسرائيل با پول آنها زندگی و تغذيه می‌كند، بيشترين سوءاستفاده را» از این «اطلاعیه» می‌کنند.
آیت‌الله خامنه‌ای در بخش دیگری از پاسخ خود نوشته بود «در چنين شرايطی حرف زدن و اقدام كردن هوشياری بيشتری می‌طلبد».
رهبر ایران استعفای آیت‌الله طاهری را پذیرفت و شخص دیگری را جایگزین او کرد.
نامه آقای طاهری با حمایت نمایندگان اصلاح‌طلب مجلس روبه‌رو شد.
او از روحانیون حامی اصلاح‌طلبان به شمار می‌رفت و از آیت‌الله منتظری در زمان حصر خانگی او و میرحسین موسوی در زمان انتخابات سال ۱۳۸۸ حمایت کرده بود.
جلال‌الدین طاهری پس از اعلام پیروزی محمود احمدی‌نژاد و بالا گرفتن اعتراضات در ایران با انتشار بیانیه‌ای اعلام کرد «همصدا با اکثریت مردمِ رای باخته، این انتخابات را مخدوش و آن را باطل و تصدی مجدد رئیس دولت را برای دور بعد نامشروع و غاصبانه می‌دانم».
او در بیانیه خود با حمایت دوباره از میرحسین موسوی نوشته بود «آیا این از مصادیق عدالت است که سید شریف و مظلومی چون میرحسین موسوی که در سخت‌ترین دوران‌های این کشور مسئولیت اداره دولت را با وجود جنگ هشت ساله و محاصره اقتصادی و گروه‌های محارب و تثبیت انقلاب با موفقیت تمام طی نمود، اکنون عامل استکبار، اغتشاشگر و مستوجب کیفر باشد و باید حقوقش پایمال گردد؟»
او در مورد انتخابات نامه‌هایی هم نوشت که یکی از آنها خطاب به اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس وقت مجلس خبرگان، بود. این نامه پس از آخرین سخنرانی آقای هاشمی رفسنجانی در نماز جمعه تهران منتشر شد.
امام جمعه پیشین اصفهان در پایان نامه خود آورده بود «این روزها متعاقب انتخابات، سیل دستگیری‌ها و تضییقات و رفتارهای خشونت بار ذهن هر انسان آزاده‌ای را متألم و مشغول نموده است. از حضرتعالی و همه نخبگان انتظار می‌رود برای پایان دادن به این فاجعه تدبیری اندیشیده و قبل از آن كه دامنه آن حیثیت نظام و روحانیت را مورد هجمه بیشتر قرار دهد، نسبت به مهار آن اقدام گردد».
او در نقد حصر آیت‌الله منتظری نیز نامه‌ای نوشته بود که فرزند آیت‌الله منتظری پیشتر در گفت‌وگو با برنامه دیدگاه‌های رادیو فردا آن را «نامه کوبنده و آگاه‌کننده» نامیده بود.
او طی چند سال گذشته بیمار بود. رسانه‌های داخل ایران دلیل مرگ او را «مشکلات ریوی» عنوان کرده‌اند.
