سخنگوی شورای نگهبان می‌گوید که در جلسه روز چهارشنبه سوم خرداد این شورا درباره گزارش‌های زیادی که از سوی ستادهای دو نامزد انتخابات دریافت شده است بحث، و قرار شد بررسی کارشناسی بیشتری صورت بگیرد و ارزیابی دقیق‌تری ارائه شود.
عباسعلی کدخدایی در کانال تلگرامی خود افزود: «همچنین با توجه به تعدد گزارش‌های دریافتی و لزوم دقت بیشتر جهت اعتبارسنجی آنها، مقرر شد کارشناسان مربوط پس از بررسی نتایج، آن را در جلسه آتی شورای نگهبان تقدیم تا تصمیم نهایی اتخاذ گردد».
سخنگوی شورای نگهبان پیشتر در روز ۲۹ اردیبهشت گفته بود که گزارش تخلفات انتخاباتی «زیاد» است.
آقای کدخدایی در پیام تلگرامی روز چهارشنبه خود نامی از ستادهای انتخاباتی طرف شکایت نبرد ولی پیشتر ستاد ابراهیم رئیسی از روند انتخابات شکایت کرده بود.
ابراهیم رئیسی، نامزد اصلی اصولگرایان در انتخابات ریاست جمهوری، روز ۳۱ اردیبهشت اعلام کرد که در نامه‌ای به دبیر شورای نگهبان خواستار رسیدگی به مواردی شده که آنها را «تخلفات در قبل و حین برگزاری انتخابات ۲۹ اردیبهشت» خوانده است.
وی گفته بود که همراه با این نامه «صدها صفحه مستند را در چندین مجلد» برای شورای نگهبان ارسال کرده است.
این نامزد انتخابات ریاست جمهوری روز ۳۰ اردیبهشت- یک روز پس از انتخابات- هم در بیانیه‌ای بدون تبریک گفتن به حسن روحانی، پیروز انتخابات، اعلام کرده بود که «برخی بداخلاقی‌های انتخاباتی و تخلفات آشکار در قبل و حین برگزاری انتخابات از لحظات تلخ» این انتخابات بود که «آن را از مسیر قانون» پیگیری خواهد کرد.
روز چهارشنبه نیز ستاد ابراهیم رئیسی در کانال تلگرامی این نامزد انتخابات خبر داد که علی نیکزاد، رییس ستاد، در نامه‌ای به محمدجعفر منتظری، خواستار رسیدگی دادستان کل کشور به آنچه که «تخلفات گسترده» در برگزاری دوازدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری خواند، شد.
وی گفته که «به همراه این نامه یک جلد گزارش مستند به ضمیمه گزیده‌ای از تخلفات و یک حلقه دی‌وی‌دی حاوی صدها مورد عکس و فیلم در این زمینه برای قوه قضائیه ارسال شده است».
مشخص نیست ستاد دوم انتخاباتی که به شورای نگهبان شکایت کرده ستاد کدام نامزد بوده است. مصطفی میرسلیم، دیگر نامزد اصولگرایان، بعد از برگزاری انتخابات، نامه‌ای به حسن روحانی نوشت و ضمن تبریک پیروزی او، برای همکاری با دولت دوازدهم اعلام آمادگی کرد.
مصطفی هاشمی‌طبا، نامزد مستقل، نیز در جریان کارزار انتخاباتی‌اش گفته بود که به حسن روحانی رای می‌دهد.
ستاد انتخاباتی ابراهیم رئیسی در شکایت‌های خود جزئیاتی درباره تخلفات انتخاباتی ارائه نکرده است ولی یکی از شکایت‌های اصلی این ستاد در روز رای‌گیری، کمبود تعرفه بویژه در مشهد، پایگاه اصلی انتخاباتی این نامزد، بوده است. شورای نگهبان و وزیر کشور ایران این ادعا را رد کرده‌اند.
بر اساس ماده ۷۹ قانون انتخابات ریاست‌جمهوری ایران، «شورای نگهبان ظرف یک هفته و در صورت ضرورت حداکثر ۱۰ روز پس از دریافت نتیجه انتخابات ریاست‌جمهوری نظر قطعی خود را نسبت به انتخابات انجام شده به وزارت کشور اعلام و وزارت کشور از طریق رسانه‌های گروهی نتیجه نهایی را به اطلاع مردم خواهد رساند».
حسن روحانی در انتخابات دوازدهم ریاست‌جمهوری ایران توانست ۲۳ میلیون و ۵۰۰ هزار رای کسب کند و ابراهیم رئیسی نیز بیش از ۱۵میلیون رای به دست آورد.