ساعاتی پس از اعلام مخالفت صریح رهبر جمهوری اسلامی با نامزد شدن رئیس‌جمهور سابق، تعدادی از چهره‌های اصولگرا ضمن غیرقابل پیش‌بینی خواندن رفتارهای محمود احمدی‌نژاد، از او خواستند که از توصیه آیت‌الله خامنه‌ای «تبعیت» کند.
محمدنبی حبیبی، دبیرکل حزب مؤتلفه اسلامی، در گفت‌وگو با خبرگزاری ایسنا درباره رفتار آقای احمدی‌نژاد پس از توصیه رهبر جمهوری اسلامی گفت که او «قابل پیش‌بینی نیست و نمی‌توان پیش‌بینی کرد چه می‌کند».
او در پاسخ به پرسشی درباره توصیه به آقای احمدی‌نژاد گفت که «من اصلاً کاری به کار ایشان ندارم».
مهدی فضائلی، مدیرعامل سابق خبرگزاری فارس، نیز که پیش از این خبر «نهی» محمود احمدی‌نژاد از نامزدی در انتخابات ریاست جمهوری را اعلام کرده بود، گفت که آقای احمدی‌نژاد و دوستان او «اگر می‌خواهند با عنوان «نیروی انقلابی» توصیف شوند به «توصیه» رهبر جمهوری اسلامی عمل کنند.
او اضافه کرد: «ایشان باید به محض دریافت این نظر اقدام می‌کردند ولی اکنون نیز دیر نشده و در کنار این تبعیت، نباید همدلی و همراهی خود با باقی نیروهای انقلاب را فراموش کنند».
پس از انتشار گزارش‌ها درباره مخالفت رهبر جمهوری اسلامی با نامزد شدن محمود احمدی‌نژاد در روزهای گذشته، آیت‌الله خامنه‌ای، روز دوشنبه پنجم مهر، تأیید کرد که به آقای احمدی‌نژاد گفته صلاح نمی‌داند وی در انتخابات پیش رو شرکت کند.
آقای خامنه‌ای درباره دلیل مخالفت خود با کاندیداتوری دوباره محمود احمدی‌نژاد، همچنین توضیح داد که شرکت نکردن او در انتخابات «به نفع» خود اوست و «حال مخاطب و اوضاع کشور» به‌گونه‌ای است که شرکت کردن او در انتخابات باعث ایجاد فضای «دوقطبی» در ایران می‌شود.
در همین زمینه کاظم جلالی، نماینده تهران در مجلس، گفت: «آقای احمدی‌نژاد تمام تلاشش را در گذشته در مسیر دو قطبی شدن انجام داد و خیلی از اتفاقات و تنش‌های بی‌حاصل را ایجاد کرد که همه اینها در نتیجه عملکرد گذشته‌اش بود».
پیش از انتشار گزارش رسمی، محمدرضا باهنر دبیرکل جامعه اسلامی مهندسین نیز از مخالفت رهبر جمهوری اسلامی با نامزدی آقای احمدی نژاد خبر داده بود، اما گفته بود که قرار نبوده این خبر پررنگ شود.
این اقدام اعتراض تعدادی از نزدیکان احمدی‌نژاد را به دنبال داشت، و برخی از این چهره‌ها از این انتقاد کردند که آقای باهنر «مسئول نشر» مطالب مربوط به رهبر ایران نیست، و دفتر آیت‌الله خامنه‌ای باید در این مورد توضیح دهد.
آیت‌الله خامنه‌ای روز دوشنبه به همین نکته هم اشاره کرد و گفت که اظهار نظر او نباید «مایه اختلاف شود [که] یکی بگوید فلانی گفته، یکی بگوید نگفته، یکی بگوید چرا پشت بلندگو نگفته؟ خب حالا این هم پشت بلندگو!».
در همین حال خبرگزاری تسنیم، در گزارشی اعلام کرد که خبر مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با نامزدی آقای احمدی‌نژاد «نزدیک به یک ماه است که به صورت شفاهی نقل شده و بخش قابل توجهی از نیروهای انقلاب از این موضوع به نحوی مطلع شده بودند».
به نوشته این خبرگزاری، محمود احمدی‌نژاد نظر صریح رهبر جمهوری اسلامی را به اطلاع هوادرانش نرسانده بلکه «با یک سری اشارات و الفاظ، غیرمستقیم این موضوع را رد و یا در جهت دامن زدن به تردید عمل کرده است».
این خبرگزاری وابسته به سپاه پاسداران تأکید کرد که آقای احمدی‌نژاد در این موضوع «با عملکردی مشابه آنچه در قضیه مشایی، مصلحی و قهر ۱۱ روزه از خود به نمایش گذاشت، موجب تحمیل هزینه به نظام و رهبری شده است».
محمود احمدی‌نژاد در سال ۱۳۹۰ و پس از مخالفت علنی رهبر جمهوری اسلامی با کناره‌گیری حیدر مصلحی، وزیر وقت اطلاعات، ۱۱ روز در دفتر کار خود حاضر نشد که رسانه‌ها و چهره‌های سیاسی اصولگرا این اقدام را «خانه‌نشینی ۱۱ روزه» توصیف کردند.
آقای احمدی‌نژاد همچنین در سال ۸۸ پیش از پایان کار دولت نهم و قبل از تشکیل رسمی دولت دهم، اسفندیار رحیم مشایی را به عنوان معاون اول خود منصوب کرد.
در آن زمان رهبر جمهوری اسلامی در نامه‌ای که بعد از مدتی فاش شد با انتصاب آقای مشایی به این سمت مخالفت کرده بود اما آقای احمدی‌نژاد تا زمانی که این نامه علنی نشد آقای مشایی را عزل نکرد، و اعتراض چند عضو کابینه با این موضوع، او را تا عزل وزیران اطلاعات و ارشاد پیش برد.