هیئت امنای دانشگاه آزاد روز یکشنبه سوم اردیبهشت، در یک جلسه فوق‌العاده، حمید میرزاده را از ریاست این دانشگاه برکنار و علی محمد نوریان را به عنوان سرپرست منصوب کرد.
علی‌اکبر ولایتی، رئیس هیئت مؤسس و هیئت امنای دانشگاه آزاد، روز یکشنبه با صدور حکمی خبر داد که هیئت امنای این دانشگاه علی محمد نوریان را به سمت سرپرست موقت این دانشگاه منصوب کرده است.
آقای ولایتی پس از درگذشت اکبر هاشمی رفسنجانی، با حکم رهبر جمهوری اسلامی در ریاست هیئت مؤسس و هیئت امنای دانشگاه آزاد را بر عهده دارد.
ساعاتی پیش از انتشار این حکم، خبرگزاری تسنیم خبر داده بود که به درخواست چهار عضو هیئت امنای دانشگاه آزاد، جلسه فوق‌العاده این هیئت روز یکشنبه برگزار شده است.
به نوشته این خبرگزاری، وزرای علوم و بهداشت، به عنوان دو تن از اعضای حقوقی هیئت امنای دانشگاه آزاد، برای شرکت در جلسه هیئت دولت از جلسه خارج شده‌اند اما با این جلسه با حضور هفت نفر ادامه داشته است.
هیئت امنای دانشگاه آزاد متشکل از سه عضو هیئت مؤسس، سه نفر از اعضای تمام‌وقت هیئت علمی دانشگاه‌ها، و نیز وزیران بهداشت و علوم، و رئیس نهاد نمایندگی رهبری در دانشگاه‌هاست.
علی‌محمد نوریان، سرپرست کنونی دانشگاه آزاد، در اسفندماه ۱۳۹۳ با نظر اعضای هیئت مؤسس دانشگاه آزاد به عنوان دبیر این هیئت انتخاب شده بود.
او که پیش از دولت محمود احمدی‌نژاد سمت‌هایی چون رئیس سازمان هواپیمایی کشوری و رئیس سازمان هواشناسی کشور را عهده‌دار بود، در دولت دوم محمود احمدی‌نژاد هم معاون محیط زیست انسانی سازمان محیط زیست بود. آقای نوریان در دولت حسن روحانی هم به عنوان قائم مقام وزیر راه در امور هوانوردی و هواشناسی فعالیت داشت.
حمید میرزاده که پیش از آقای نوریان دبیر هیئت مؤسس دانشگاه آزاد بود، در شهریور ۱۳۹۲ و پس از به قدرت رسیدن دولت حسن روحانی، به عنوان رئیس دانشگاه آزاد انتخاب شده بود. آقای میرزاده، در دوره ریاست عبدالله جاسبی رئیس اسبق دانشگاه آزاد اسلامی، نیز معاون وی بود.
پیش از ریاست حمید میرزاده در دانشگاه آزاد، در اسفندماه سال ۱۳۹۰ نیز پس از کشمکش بسیار، فرهاد دانشجو، برادر کامران دانشجو وزیر وقت علوم در کابینه احمدی‌نژاد، جانشین عبدالله جاسبی شد.
از سال ۱۳۸۸، مالکیت دانشگاه آزاد و نحوه اداره آن موضوع درگیری میان دولت محمود احمدی‌نژاد و اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس وقت هیئت مؤسس این دانشگاه بود.
هیئت امنای دانشگاه آزاد در هفتم شهریور سال ۱۳۸۸ در بیانیه‌ای اعلام کرده بود که «همه اموال منقول و غیر منقول دانشگاه آزاد اسلامی وقف شده است».
در مقابل شوراى عالى انقلاب فرهنگى به ریاست محمود احمدى‌نژاد روز ۲۴ فروردین ماه ۱۳۸۹ اساسنامه دانشگاه آزاد اسلامى را اصلاح و براى اجرا ابلاغ کرد. اساسنامه‌ای که بر پایه آن دانشگاه آزاد به عنوان مؤسسه‌اى با «اموال عمومى» تعریف شد و ترکیب اعضاى هیئت امناى آن که رئیس دانشگاه آزاد را انتخاب مى‌کند، به نفع دولت تغییر کرد.
در نهایت با بالا گرفتن جنجال‌ها، آیت‌الله على خامنه‌اى رهبر جمهورى اسلامى، دو هیئت فقهی و حقوقی را مأمور رسیدگی به این اختلاف کرد، سرانجام اواسط مهرماه ۱۳۸۹ با استناد به گزارش این دو هیئت اعلام کرد که وقف دانشگاه آزاد اسلامى «داراى اشکالات اساسى فقهى و حقوقى است».
پس از آن شوراى عالى انقلاب فرهنگى در آبان ماه ۱۳۸۹، تعریف دانشگاه آزاد از یک مؤسسه «عمومى و غیردولتى» را به مؤسسه‌اى «غیرخصوصى و غیردولتى» تغییر داد که بر اساس آن، «اعضاى هیئت مؤسس، هیئت امنا و مدیران دانشگاه هیچگونه حق مالکیت و حق انتفاع شخصى بر اموال دانشگاه ندارند».