وزیر اسبق اطلاعات ایران در ارتباط با انتشار فایل صوتی اعدام‌های ۶۷، بیت آیت‌الله منتظری را به ارتباط با «مجاهدین خلق» متهم کرد، و اکبر هاشمی رفسنجانی نیز در واکنشی تلویحی، هدف از این اقدام را «انتقام» از آیت‌الله خمینی دانست.
به گزارش سایت خبری انتخاب، محمد محمدی ری‌شهری وزیر اسبق اطلاعات، روز شنبه ششم شهریور، گفت: «گردانندگان سایت منتظری باید به این سؤال پاسخ دهند که اگر این دفتر با منافقین ارتباط ندارد چرا در شرایطی که گروهک نفاق با وهابیت هم‌پیمان شده است، دست به تطهیر منافقین و انتقام‌گیری از امام می‌زنند؟».
او اضافه کرد: «معلوم می‌شود که در این بیتی که با امام در افتاد... هنوز کسانی هستند که به منافقین کمک می‌کنند».
وزیر اسبق اطلاعات تأکید کرد که «دست‌هایی در داخل برای تطهیر» گروه مجاهدین خلق تلاش می‌کنند.
آقای ری‌شهری در هنگام اعدام زندانیان سیاسی در سال ۶۷ وزیر اطلاعات بود. او همچنین در ماجرای بازداشت مهدی هاشمی، برادر داماد آیت‌الله منتظری، که از آن به عنوان یکی از دلایل برکناری آیت‌الله منتظری از سمت مقام قائم مقامی رهبری نام برده می‌شود نیز نقش مهمی داشت و کتابی نیز دراین باره نوشته است.
مهدی هاشمی، برادر هادی هاشمی، داماد آیت‌الله منتظری، اوائل تأسیس سپاه پاسداران از اعضای شورای عالی فرماندهی سپاه بود، اما بعدها پس از افشای معامله تسلیحاتی جمهوری اسلامی با ایالات متحده که به ماجرای ایران‌گیت معروف شد، دستگیر و به اتهام‌هایی چون قتل بعضی از مخالفان آیت‌الله خمینی در زمان شاه و ایجاد اختلاف میان مقامات جمهوری اسلامی اعدام شد.
پیش از این نیز برخی از مقام‌های جمهوری اسلامی از جمله مصطفی پورمحمدی، عضو کمیته تصمیم‌گیری درباره اعدام زندانیان سیاسی و عقیدتی سال ۶۷ و محمدجعفر منتظری، دادستان کل کشور، انتشار فایل صوتی آیت‌الله منتظری را به معنای تلاش برای «تطهیر» گروه مجاهدین خلق و حمایت از این گروه دانسته‌اند.
احمد منتظری، پسر آیت‌الله منتظری، روز جمعه، ۲۹ مرداد، در رد این اتهام‌ها تأکید کرده بود که بعضی افراد «جهلاً یا تجاهلاً» صورت مسئله را «تحریف» می‌کنند و انتقاد آیت‌الله منتظری از اعدام زندانیان را به معنای حمایت او از گروه مجاهدین خلق «جلوه می‌دهند».
احمد منتظری همچنین در واکنش به اتهام‌ها درباره انتشار فایل صوتی آیت‌الله منتظری پس از حضور ترکی الفیصل، رئیس سازمان سابق اطلاعات عربستان سعودی، در همایش سازمان مجاهدین خلق در پاریس تأکید کرده بود که اگر حمله به سفارت عربستان سعودی توسط «نورچشمی‌های حکومتی» صورت نمی‌گرفت یا «فوراً و باجدیّت» با آن برخورد می‌شد «قطعاً زمینه‌ای» برای ارتباط عربستان سعودی با گروه مجاهدین خلق «ایجاد نمی‌شد».
روز شنبه همچنین اکبر هاشمی رفسنجانی در جلسه مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران، بدون اشاره مستقیم به فایل صوتی آیت‌الله منتظری گفت: «یکی از اهداف شوم دشمنان از طرح مسائل اخیر، خدشه وارد کردن به جایگاه مرحوم حاج احمد آقا و بیت معزز امام در جامعه است که نباید اجازه داد به اهداف خود برسند».
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران تأکید کرد که «باید هوشیار عمل کنیم و راه امام را به گونه‌ای تشریح کنیم که بدخواهان نتوانند سوءاستفاده کنند».
آیت‌الله منتظری در فایل صوتی منتشر شده از او با اشاره به نقش احمد خمینی و وزارت اطلاعات برای «برنامه‌ریزی اعدام زندانیان سیاسی از سال‌ها قبل»، می‌گوید احمد خمینی از چند سال قبل از این اعدام‌ها معتقد بوده همه اعضای سازمان مجاهدین خلق حتی کسانی که نشریات این سازمان را مطالعه می‌کنند باید اعدام شوند.
در این زمینه آقای هاشمی رفسنجانی از به گفته او «موج جدید ایجاد شده برای حمله» آیت‌الله خمینی، ابراز تأسف کرده است.
او اضافه کرده: «تقریباً در همه رسانه‌های معاند خارجی این موج ادامه دارد، تا جایی که اخیراً شهردار پاریس نمایشگاهی از بازسازی صحنه‌های اعدام آن زمان برگزار کرده است که حمایت از این گروه تروریستی در این مقطع، جای تعجب و تأمل دارد».
«توطئه بین‌المللی برای مشروعیت دادن به مجاهدین»
گزارش خبرگزاری‌های ایران حاکی است که در جلسه روز شنبه مجمع تشخیص مصلحت، مجید انصاری، معاون حقوقی رئیس‌جمهور و از نزدیکان به بیت آیت‌الله خمینی نیز «اتفاقات اخیر را فراتر از تخریب چهره» آیت‌الله خمینی ارزیابی کرده است.
او اضافه کرده: «احساس می‌شود توطئه‌ای پیچیده در سطح بین‌المللی در شرف وقوع است که سازمان تروریستی منافقین را به سازمانی مشروع مدنی معرفی کنند و باید از لحاظ فقهی و حقوقی در سطح بین‌الملل در مورد جنایات این گروهک تروریستی، کارهای بیشتری انجام شود».
پیش از این نیز نزدیکان رهبر سابق جمهوری اسلامی از جمله علی خمینی، نوه آیت‌الله خمینی، محمدعلی انصاری عضو دفتر آیت‌الله خمینی، محمد موسوی بجنوردی، عضو شوراى عالى قضایى در دوران بنیانگذار جمهوری اسلامی، به انتشار فایل صوتی آیت‌الله منتظری درباره اعدام زندانیان سیاسی در سال ۶۷ اعتراض کرده‌اند.
مقام‌های جمهوری اسلامی پیش از این به ندرت درباره اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی و عقیدتی در تابستان سال ۶۷ سخن گفته‌اند.
اکثر زندانیان اعدام شده در آن سال را اعضای گروه‌هایی مانند سازمان مجاهدین خلق ایران، حزب توده ، فدائیان و دیگر گروه‌های چپگرا تشکیل می‌دادند که پیش از آن محاکمه شده و در حال گذراندن دوران زندان خود بودند.
نام و تعداد دقیق اعدام‌شدگان در آن سال هنوز کاملاً مشخص نیست. گزارشگر ويژه حقوق بشر سازمان ملل متحد تعداد این زندانيان سياسی اعدام شده را دست‌کم ۱۸۷۹ نفر اعلام کرده است.
اما آيت‌الله منتظری در خاطرات خود با تأکید بر این که رقم دقیق را به خاطر ندارد، اين رقم را بین ۲۸۰۰ يا ۳۸۰۰ نفر اعلام کرده است.
مقام‌های جمهوری اسلامی گروه مجاهدین خلق را به ترور تعدادی از مقامات بلندپایه جمهوری اسلامی و نیروهای نظامی و امنیتی متهم می‌کنند. از جمله انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی در هفتم تیر سال ۶۰ و انفجار در دفتر نخست‌وزیری در هشتم شهریور همان سال به گروه سازمان مجاهدین خلق منتسب شده، اما گزارش‌های متناقضی درباره نقش این گروه در این انفجارها منتشر شده است.