محمد باقر نوبخت با اشاره به بازداشت معاون اجرایی محمود احمدی‌نژاد گفت که دولت حسن روحانی اسناد تخلفات حمید بقایی و دیگر اعضای دولت پیشین را به قوه قضاییه ارائه کرده است.
به گزارش خبرگزاری ایرنا، سخنگوی دولت روحانی که روز سه‌شنبه ۱۹ خرداد در نشستی با خبرنگاران حضور یافته بود، اظهار داشت: «اتهاماتی در مورد آقای بقایی مطرح است که اجازه دهیم قوه قضائیه درباره آن اطلاع‌رسانی کند اما دولت در جایگاه قانونی خود این اسناد را به قوه قضائیه ارجاع داده بود».
به گفته وی، دولت فعلی با شروع کار خود متوجه «برخی تخلفات از قانون شد» که در دولت پیشین اتفاق افتاده بود و حال «این مرجع قضایی است که می‌تواند تایید کند رفتار دولت قبلی خلاف قانون بوده است یا نه».
بازداشت حمید بقایی، رییس پیشین سازمان میراث فرهنگی و گردشگری ایران و چهره نزدیک به محمود احمدی‌نژاد روز دوشنبه رخ داد که سخنگوی قوه قضاییه آن را در همان روز اعلام کرد، گرچه اتهامات او ناگفته ماند.
با این حال از زمان روی کار آمدن دولت حسن روحانی گزارشاتی درباره عملکرد حمید بقایی در مقام عضو کابینه محمود احمدی‌نژاد منتشر شده که او را متهم به تخلفات مالی می‌سازد.
از جمله اکبر ترکان، رئیس دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد ایران، روز ۹ خرداد ۹۳، آقای بقایی را متهم کرده بود که «سه ساختمان دولتی را به نرخ بسیار نازل به موسسه تحت نظارت خود اجاره داده‌است».
آقای ترکان قبل از آن نیز از اقدام حمید بقایی در انتقال ۱۶ میلیارد تومان از حساب دولت به حساب دانشگاه ایرانیان پرده برداشته بود، دانشگاهی که متعلق به محمود احمدی‌نژاد است، گرچه بعد اعلام شد که این پول به حساب دولت بازگردانده شده است.
حمید بقایی پس از محمدرضا رحیمی دومین معاون محمود احمدی‌نژاد است که در ماه‌های اخیر بازداشت می‌شود. آقای رحیمی نیز به اتهام فساد مالی به پنج سال حبس محکوم شده است.
به گفته محمدباقر نوبخت، دولت حسن روحانی بدون آن که به دنبال رسانه‌ای کردن ماجرا باشد «تخلفات دولت گذشته» را از طریق مجاری قانونی خود پی‌گیری کرده است.
وی در نهایت تاکید کرده که معاونت حقوقی ریاست جمهوری تمام این موارد را در مرجع قضایی طرح دعوی کرده است.