شورای نگهبان پس از بررسی مصوبه مجلس ایران برای اصلاح قانون شوراها که برای اقلیت‌های دینی حق عضویت در شوراهای اسلامی شهر و روستا قائل شده بود، این اصلاحیه را خلاف شرع و قانون اساسی اعلام کرد.
مجلس شورای اسلامی در تاریخ ۲۱ آذرماه در جریان رسیدگی به طرح اصلاح قانون شوراها، دو تبصره به ماده یک این قانون افزود تا به طور قانونی ابهام در مورد امکان عضویت اقلیت‌های دینی در شوراهای اسلامی شهر و روستا را بر طرف کند.
نخستین تبصره امکان نامزدی «اقلیت‌های شناخته شده در قانون اساسی» در انتخابات شوراهای اسلامی شهر و روستا را به رسمیت می‌شناسد و تبصره دوم تصریح می‌کند که این گروه‌های مذهبی «به جای اسلام باید به اصول دین خود اعتقاد و التزام داشته باشند».
در قانون اساسی ایران تنها سه دین یهودی، مسیحی، و زرتشتی به رسمیت شناخته شده و پیروان این دین می‌توانند نمایندگانی در مجلس شورای اسلامی داشته باشند.
اما شورای نگهبان اکنون اعلام کرده است که امکان عضویت اقلیت‌های دینی در شوراها مغایر با قانون اساسی است چرا که «طبق اصل ۱۳ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، اقلیت‌های دینی در حدود قانون در انجام مراسم دینی خود آزاد هستند و در احوال شخصیه و تعلیمات دینی بر طبق آیین خود عمل می‌کنند و نیز به تجویز فراز دوم اصل ۶۴ قانون اساسی، نمایندگان را برای مجلس شورای اسلامی انتخاب می‌نمایند».
شورای نگهبان همچنین با استناد به گفته‌های آیت‌الله خمینی بنیانگذار جمهوری اسلامی در ۱۲ مهر ۵۸، عضویت اقلیت‌های دینی در شوراها را خلاف شرع تشخیص داده است.
بر پایه قانون اساسی جمهوری اسلامی، شورای نگهبان که مسئولیت بررسی و انطباق مصوبات مجلس با شرع و قانون اساسی را به عهده دارد و نیز بر انتخابات ریاست‌جمهوری، مجلس شورای اسلامی و مجلس خبرگان نظارت می‌کند، از شش فقیه به انتخاب رهبر جمهوری اسلامی و شش حقوقدان به پیشنهاد قوه قضائیه و رأی مجلس تشکیل شده است.
اما در حالی که انطباق مصوبات مجلس با قانون اساسی توسط هر ۱۲ عضو شورا بررسی می‌شود، در موضوع بررسی انطباق مصوبات با شرع تنها فقهای این شورا ابراز نظر می‌کنند.
در عین حال شورای نگهبان در ابراز نظر خود در مورد اصلاحیه مجلس حتی تبصره دوم مصوب مجلس را هم خلاف شرع تشخیص داده؛ جایی که مجلس اعتقاد و التزام اقلیت‌های دینی به اصول دین خود را به جای اسلام معتبر می‌داند.
در نامه شورای نگهبان در زمینه رد این مصوبه مجلس، تصریح شده که این امر نیز مغایر با موازین شرع است.
در عین حال نامه ابراز نظر شورای نگهبان در مورد این مصوبه مجلس که در تاریخ دوشنبه ۲۷ آذر و با امضای قائم‌مقام دبیر شورای نگهبان برای رئیس مجلس ارسال شده یک ابهام دیگر هم دارد.
در این نامه اشاره شده که شورای نگهبان مصوبه روز ۲۱ آذر مجلس را یک روز پس از آن یعنی در روز ۲۲ آذر بررسی و رد کرده است.
این در حالی است که عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان در همان روز گفته بود که این مصوبه هنوز رسماً برای شورای نگهبان ارسال نشده و این شورا پس از دریافت آن ابراز نظر می‌کند.
گرچه تشکیل شوراهای اسلامی شهر و روستا و واگذاری برخی از اختیارات محلی به این شوراها در قانون اساسی مصوب ۱۳۵۸ جمهوری اسلامی پیش‌بینی شده بود اما این موضوع تا دو دهه بعد اجرایی نشد و در نهایت پس از آنکه قانون مرتبط با برگزاری انتخابات شوراها در خرداد ۷۵ به تصویب رسید، نخستین انتخابات شوراهای اسلامی شهر و روستا سه سال بعد در سال ۱۳۷۸ برگزار شد.
در عین حال از زمان تصویب قانون انتخابات شوراها و اجرای این قانون، هیچ گاه موضوع امکان عضویت پیروان اقلیت‌های دینی در این شوراها حساسیت‌برانگیز نبود تا آنکه در آستانه برگزاری پنجمین دوره از انتخابات شوراها در اردیبهشت ۹۶، احمد جنتی دبیر شورای نگهبان در ابراز نظری نامزدی و عضویت اقلیت‌های دینی در شوراها را غیرشرعی توصیف کرد.
در آن زمان این ابراز نظر تغییری در روند بررسی صلاحیت و نامزدی پیروان اقلیت‌های دینی در انتخابات شوراها ایجاد نکرد اما انتخاب سپنتا نیکنام به عضویت شورای شهر یزد و دخالت دیوان عدالت اداری در این موضوع که به تعلیق عضویت آقای نیکنام انجامید به بحث بر سر امکان عضویت اقلیت‌های دینی در شوراها دامن زد.
آقای نیکنام پیشتر هم در دوره چهارم شوراها در شورای شهر یزد عضویت داشت.
فقهای شورای نگهبان با استناد به آیه‌ای از قرآن با عنوان «نفی سبیل»، عضویت اقلیت‌های مذهبی در شورای شهر را «غیرشرعی» می‌خوانند. این قاعده به این معنا است که اقلیت‌های مذهبی نباید بر مسلمانان مسلط باشند و فقهای شورای نگهبان تصمیم‌گیری یک اقلیت مذهبی در شورای شهر را «سلطه» بر مسلمانان توصیف می‌کنند.
اکنون با اعلام نظر شورای نگهبان در رد مصوبه مجلس انتظار می‌رود این مصوبه با اصرار نمایندگان به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارسال شود؛ نهادی فرادستی برای حل اختلاف‌های میان شورای نگهبان و مجلس که از جمله شش فقیه شورای نگهبان هم در آن عضویت دارند.