عباس موسوی، سخنگوی وزارت خارجه ایران، روز دوشنبه، ۱۵ اردیبهشت، در مورد اتهام شکنجه و غرق کردن کارگران افغانستانی از سوی مرزبانی جمهوری اسلامی گفت: «این مسئله از سوی مقامات مرزبانی ایران رد شده و صحت ندارد اما اینکه تعدادی از شهروندان افغانستانی جان خود را از دست دادند، ما هم ناراحت هستیم.»
او مطرح شدن این موضوع را «تلاش برخی برای برهم زدن روابط دو کشور در منطقه» دانست و گفت که «توصیه می‌کنیم رسانه‌ها و مقامات دو کشور متوجه دسیسه‌ها باشند.»
عباس موسوی توضیحی در مورد «برخی» که به گفته او «برای برهم زدن روابط دو کشور» تلاش می‌کنند نداد.
برخی رسانه‌های افغانستان و همچنین شماری از کاربران در شبکه‌های اجتماعی روز شنبه ۱۳ اردیبهشت گزارش دادند حدود ۵۰ نفر از شهروندان افغان که از منطقه دهانه ذوالفقار به طور غیرقانونی وارد ایران شده بودند، از سوی مرزبانان دستگیر «و پس از ضرب و جرح، به رودخانه هریرود انداخته شدند» که تاکنون جسد هفت نفر پیدا شده است.
عباس موسوی روز یکشنبه نیز به این موضوع واکنش داشت و گفت: «این حادثه در خاک افغانستان رخ داده و مرزبانی جمهوری اسلامی ایران وقوع هر اتفاقی در این ارتباط در خاک کشورمان را رد کرده است».
وزارت خارجه افغانستان با اعلام آغاز تحقیقات خود، روز یکشنبه از مقامات جمهوری اسلامی خواست دربارهٔ شکنجه و غرق‌کردن مهاجران افغانستانی در مرز ایران تحقیق کنند، اما همزمان، در همین روز، وحید قتالی، والی هرات، در پیامی توئیتری تهدید کرد که «روزی تصفیه [تسویه] حساب خواهیم کرد.»
نیروی انتظامی ایران در واکنش به گزارش‌ها درباره غرق کردن مهاجران افغان اعلام کرد که «در بررسی‌های صورت گرفته مشخص شد چنین موضوعی در مرزهای مشترک ایران و افغانستان روی نداده و صحت ندارد».
محمد حنیف اتمر، سرپرست وزارت خارجه افغانستان از معاون سیاسی خود خواسته است با تشکیل یک هیأت، «تحقیقات همه‌جانبه» در این باره را آغاز کند.
گروه طالبان نیز با صدور اطلاعیه‌ای از جمهوری اسلامی ایران خواسته است که با مهاجران افغانستانی «بر اساس ترحم، اخوت اسلامی و اصول همسایگی» برخورد کند.