علیرضا زاکانی، رئیس مرکز پژوهش‌های مجلس ایران، با انتقاد شدید از دستگاه‌های امنیتی ایران افشا کرد که در جریان حادثه نطنز «بخش عمده امکانات غنی‌سازی کشور» از دست رفت و ایران به «بهشت جواسیس» تبدیل شده است.
او که شامگاه دوشنبه، ۲۳ فروردین، در برنامه تلویزیونی جهان‌آرا در شبکه افق سخن می‌گفت، بدون اشاره به نهاد امنیتی خاصی گفت «جاسوس‌ها دارند جولان می‌دهند» و این شرایط را نگران‌کننده خواند.
به گفته این مقام مجلس، روز یک‌شنبه پس از حادثه نطنز، نمایندگان در جلسات کمیسیون‌های مختلف مجلس «خون گریه می‌کردند».
آقای زاکانی گفت در جریان حادثه نطنز « چندین هزار سانتریفیوژ ما آسیب دیده و از بین رفته است» و قول مقام‌های دولتی مبنی بر نصب امکانات پیشرفته، «وعده نادرست» است.
پس از حادثه روز یک‌شنبه گذشته در نطنز که بر اساس برخی گزارش‌ها یک انفجار منجر به قطع کامل برق مجموعه شد، علی‌اکبر صالحی، رئیس سازمان انرژی اتمی ایران گفت سانتریفیوژهای از بین رفته از نسل اول بوده‌اند و در این مجموعه سانتریفیوژهای پیشرفته نصب می‌شود.
رئیس مرکز پژوهش‌های مجلس در بخش دیگری از این مصاحبه گفت که در یک مورد دیگر، یک «مجموعه پر ظرفیت» هسته‌ای برای تعمیر به خارج از کشور برده شده است و با «۳۰۰ پوند [۱۵۰ کیلوگرم] مواد منفجره» به داخل کشور برگردانده شده، ولی «دستگاه امنیتی توجهی نکرده است».
او همچنین گفت که در یک مورد فرد یا افرادی در «میز کار با لوازم حساس مواد منفجره کار» گذاشته‌اند.
فریدون عباسی، رئيس کمیسیون انرژی مجلس نیز روز دوشنبه خود به انفجار ۱۲ تیر پارسال در نطنز نیز اشاره و برای نخستین بار فاش کرد که آن رویداد، حاصل کارگذاری «مواد منفجره از طریق جاسازی در یک میز سنگین و وارد کردن آن به سایت نطنز» بود.
بیشتر در این باره: رئیس کمیسیون انرژی مجلس جزئیات تازه‌ای از «انفجار» نطنز را افشا کردپیشتر نیز برخی از رسانه‌های اسرائیلی و بین‌المللی احتمال داده بودند که انفجار سال گذشته، تجهیزات یا لوله‌هایی بوده که از مدت‌ها قبل به این مکان رخنه داده شده و برنامه‌ریزان، منتظر فرصت مناسب برای انفجار آن بودند.
در واکنشی دیگر به ابعاد امنیتی ماجرا، اسحاق جهانگیری، معاون اول رئیس جمهور ایران بدون اشاره مستقیم به حادثه نطنز گفته است: «باید بررسی شود دستگاهی که مسئول بوده جلو اقدامات دشمن را بگیرد و در این زمینه توفیقی به دست نیاورده است، بازخواست شود».
بر اساس اظهارنظرهای رسمی مسئولیت حفاظت از تاسیسات هسته‌ای ایران بر عهده سپاه پاسداران است.
پیش از این رمضان شریف، سخنگوی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی گفته بود که «وظیفه حفاظت از برخی مناطق و مراکز حیاتی از جمله تأسیسات هسته‌ای به نیروی هوافضای سپاه سپرده شده است».
از اظهارات آقای شریف مشخص نبود که آیا علاوه بر حفاظت فیزیکی از این مراکز، حفاظت اطلاعاتی از برنامه هسته‌ای نیز بر عهده سپاه پاسداران است یا خیر، ولی سال ۹۲، محمدحسن کاظمی، جانشین فرماندهی حفاظت سپاه پاسداران گفت: «بعد از ترور دانشمندان هسته‌ای حفاظت از این شخصیت‌ها نیز به سپاه واگذار شد.»
با این حال پس از حادثه نطنز، علی ربیعی، سخنگوی دولت ایران، گفت که «وزارت اطلاعات عامل خرابکاری در نطنز را شناسایی کرده است».
مشخص نیست این خبر نشان‌دهنده مسئولیت وزارت اطلاعات در حفاظت اطلاعاتی از برنامه هسته‌ای ایران است یا این که وزارت اطلاعات ایران پس از این ماجرا به این حادثه وارد شده است.
بر اساس گزارش روزنامه آمریکایی نیویورک تایمز، انفجاری که بامداد روز ۲۲ فروردین در تاسیسات نطنز رخ داد نتیجه «خرابکاری اسرائیل» بوده و برنامه غنی‌سازی اورانیوم ایران را «دست‌کم تا ۹ ماه به تعویق انداخته است».