حسین دهقان، مشاور نظامی رهبر جمهوری اسلامی، روز شنبه گفت که علت ترور محسن فخری‌زاده «رخنه و نفوذ و شکاف» امنیتی بوده و مقامات مسئول «باید جواب دهند».
او در گفت‌وگو با تلویزیون حکومتی ایران با انتقاد تلویحی از ساختار امنیتی ایران در سال‌های گذشته گفت با وجود تسلط و «اشراف اطلاعاتی» که حکومت ایران دارد در برخی موارد «رخنه» رخ می‌دهد و مواردی چون «عملیات تروریستی» در مجلس رخ می‌دهد.
مشاور نظامی آیت‌الله خامنه‌ای در ادامه خواستار آسیب‌شناسی در دستگاه اطلاعاتی ایران برای تکرار نشدن چنین حوادثی شده است.
او همچنین با رد انتقادها درباره کافی نبودن حفاظت از آقای فخری‌زاده گفت که این فرد «کاملا حفاظت می‌شد و تیم حفاظت ایشان در سطوح بالای حفاظتی بود» و «خودروهای متناسب در اختیار» آقای فخری‌زاده قرار داشته است.
در واکنشی دیگر، محسن رضایی، ٰدبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام، در نامه‌ای به حسن روحانی خواستار آن شد که «سازمان‌های اطلاعاتی کشور» را موظف کند تا «منابع اصلی و نفوذی‌های سازمان‌های جاسوسی را شناسایی» کنند.
بیشتر در این باره: نیویورک تایمز از قول سه مقام اطلاعاتی: اسرائیل پشت قتل فخری‌زاده بوداو پیشنهاد داده که در این مسیر از «کمک مردم و فناوری‌های پیشرفته» استفاده شود و گفته است که ادامه این حوادث «نشانگر ضعف سازمان‌های اطلاعاتی کشور» است.
انتقادها از وضعیت و عملکرد نهادهای اطلاعاتی ایران در حالی افزایش یافته است که از حداقل ۱۶ نهاد اطلاعاتی ایران که در مجموعه «شورای هماهنگی اطلاعات» فعالیت دارند، اکثر نهادهای امنیتی و اطلاعاتی مهم جز وزارت اطلاعات تحت نظر رهبر جمهوری اسلامی و نهادهای زیر نظر او اداره می‌شوند.
علاوه بر این، از سال ۹۲، مقام‌های ارشد سپاه پاسداران اعلام کردند که با توجه به ترور چند دانشمند هسته‌ای، حفاظت از این چهره‌ها به سپاه پاسداران واگذار شده است.
از جمله این اظهارنظرها می‌توان به مصاحبه محمدحسن کاظمی، جانشین فرمانده حفاظت اطلاعات سپاه، اشاره کرد که روز ۴ دی ۹۲ گفت: «بعد از ترور دانشمندان هسته‌ای حفاظت از این شخصیت‌ها نیز به سپاه واگذار شد که شاهدیم پس از این فرمان ترور موفقی صورت نگرفت.»
مشابه همین اظهارنظرها را روز ۲۹ خرداد ۹۷، علی نصیری، فرمانده حفاظت سپاه پاسداران، نیز تکرار کرد و گفت از زمانی که دانشمندان هسته‌ای «زیر چتر حفاظت سپاه» قرار گرفته‌اند، «دیگر شاهد ترور آنها نیستیم».
مقام‌های ارشد امنیتی و حفاظتی سپاه پاسداران درباره ترور محسن فخری‌زاده توضیحی نداده‌اند، ولی حسین سلامی، فرمانده سپاه پاسداران، در توییتر نوشته است که «انتقام و مجازات سخت» در دستور کار قرار گرفته است.