ناصر مکارم شیرازی، مرجع تقلید شیعه ساکن قم، با ابراز نگرانی از کاهش بودجه برخی موسسه‌های مذهبی گفته است: «برخی تشکیلات حوزوی وابسته به بودجه، تعداد زیادی از نیروهای علمی خود را مرخص کردهاند».
آیت‌الله مکارم شیرازی روز پنج‌شنبه ۱۷مرداد در دیدار با برخی از اعضای شورای عالی حوزه علمیه خراسان گفته است: این موسسه‌های مذهبی وابسته به بودجه‌ای بودند که از دولت دریافت می‌کردند ولی اکنون «دولت آن مقدار سهم بودجه را تخصیص نمی‌دهد».
بودجه نهادهای مذهبی به‌ویژه تشکیلات وابسته به حوزه علمیه قم از جمله موضوعات بحث‌برانگیز سال‌های اخیر بوده است.
برخی از این موسسات در بودجه سال ۱۳۹۸ به صورت مستقل سه هزار و ۳۵۱ میلیارد تومان سهم دارند. حوزه علمیه خراسان که اعضای شورای عالی آن با مکارم شیرازی دیدار کردهاند، از جمله این موسسات است که در بودجه سال ۱۳۹۸، ردیف بودجه ۸۷ میلیارد تومانی دارد.
موسسات مذهبی یاد شده علاوه بر دریافت بودجه مستقیم، به طور غیر مستقیم از امکانات مجموعه‌های دولتی برای برنامه‌های خود استفاده می‌کنند.
با این حال، مدیران حوزه علمیه می‌گویند که به دلیل تحریم‌ها و کاهش بودجه دولت ایران، اختصاص بودجه با کاهش زیادی روبرو شده است.
علیرضا اعرافی، مدیر حوزه‌های علمیه سراسر کشور، ۲۷ دی ۱۳۹۷ با اشاره به همین موضوع گفته بود که «حوزه از نظر اقتصادی در بدترین شرایط خود قرار دارد و بودجه حوزه‌های علمیه به یک‌سوم کاهش پیداکرده است».
بیشتر در این باره: آیت‌الله مکارم شیرازی: قم از دولت طلبکار است نه بدهکارمکارم شیرازی نیز در این دیدار گفته است که در جریان ساخت «مجموعه خاتم‌الانبیاء» در شیراز، استاندار فارس قصد داشته که ۱۰ میلیارد تومان کمک کند ولی او به دلیل اینکه دولت در مضیقه مالی بوده، این کمک را دریافت نکرده است.
مدرسه علمیه خاتم‌الانبیا در سال ۱۳۹۴ توسط مکارم شیرازی ساخته شد. این مرجع تقلید شیعه در سال ۱۳۸۹ زمینی به مساحت ۱۲هزار و ۵۰۰ متر در شهر شیراز گرفته بود تا پنج مرکز مذهبی شامل دارالقرآن، حوزه علمیه، مسجد، کتابخانه و سالن همایش تاسیس کند. این پروژه به بهره‌برداری کامل رسیده ولی مشخص نیست که بودجه این مراکز از کجا تامین شده است.
مکارم شیرازی همچنین در شهرهای دیگر ایران مالک برخی از مجموعه‌های مذهبی است، از جمله موسسه علوم قرآنی غدیر، مدارس مذهبی امیرالمومنین، امام حسن، امام حسین و امام سجاد در قم، موسسه دارالاعلام شیعی، بنیاد فقه اهل بیت، موسسه دارالمبلغین فلسفی، دانشگاه علوم حدیث مجازی، دانشگاه علمی کابردی. او که دو زائرسرا در قم و مشهد دارد، اعلام کرده که قصد تاسیس ۱۱۰ مدرسه در مناطق محروم ایران را دارد.
مکارم شیرازی همچنین در تهران دارای شش دفتر است. او در ۱۳ شهر دیگر ایران و همچنین پاکستان و شهر نجف در عراق نیز دفاتر وابسته به خودش را تاسیس کرده است.
پیش از این خبرهایی درباره حضور او در تجارت شکر برای تامین هزینه این موسسه‌ها مطرح شده بود ولی دفتر این مرجع تقلید، خرداد ۱۳۹۸ با صدور بیانیه‌ای، تجارت شکر و مشارکت با تجار و واردکنندگان شکر را رد کرد.