محمود واعظی، رئيس دفتر رئیس جمهور ایران، روز جمعه، ۲۲ اسفندماه، از علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت کشور، خواست تا «مانند گذشته خودش را با رئيس شورا هماهنگ کند».
حسن روحانی، رئيس جمهور ایران، بر اساس قانون اساسی، رئيس شورای عالی امنیت کشور است و در ماه‌های اخیر گزارش‌هایی درباره اختلاف او و علی شمخانی درباره مسائل مختلف منتشر شده است.
آقای واعظی با اشاره به مصاحبه اخیر علی شمخانی گفت که در «شرایط جنگ اقتصادی»، «وقتی نغمه‌هایی زده می‌شود، به جای اینکه فضا را آرام کند باعث بروز مشکلاتی می‌شود».
علی شمخانی در گفت‌وگویی که روز دوشنبه، ۱۸ اسفند، در خبرگزاری ایسنا منتشر شد، تاکید کرد که «انتقادات جدی» درباره نحوه اجرای طرح گران شدن بنزین در آبان سال ۹۸ «وجود دارد» و در «نحوه اعلام، اجرا و مدیریت کاهش هزینه‌های اجرای طرح» مشکلاتی وجود داشت.
مسئول اعلام و اجرای طرح گران‌کردن بنزین در آن زمان، شورای امنیت کشور بود که وزیر کشور در راس این شورا قرار دارد.
طرح گران کردن بنزین که با اعتراض گسترده مردم و تسری این اعتراضات به راهپیمایی در ده‌ها شهر و شعار علیه سیاست‌های جمهوری اسلامی همراه شد، با سرکوب گسترده ماموران امنیتی و انتظامی مواجه شد و بر اساس گزارش خبرگزاری رویترز در جریان این اعتراض‌ها، ۱۵۰۰ نفر کشته شدند.
آقای شمخانی در بخش دیگری از آن مصاحبه با انتقاد از سیاست‌های دولتی در ایران گفته بود که دولت‌ها در ایران ناکارآمده بوده و «در خلاء مدیریت کرده‌اند» و «در شرایطی موفق هستند که نفت فروخته و کالا وارد کنند».
او همچنین با انتقاد از برخی مقام‌های دولت گفت که این افراد «به جای تمرکز بر اجرای وظایف‌شان و وقت‌گذاری کافی و موثر، با توئیت‌نویسی برنامه هایشان را به پیش ببرند».
پیش از این، در جریان تصویب مصوبه هسته‌ای مجلس نیز تنش‌های لفظی بین دولت و شورای عالی امنیت ملی رخ داده بود.
بیشتر در این باره: شورای عالی امنیت ملی رئيس دفتر روحانی را به ارسال «پیام غلط به دشمن» متهم کردطرح «اقدام راهبردی برای لغو تحریم‌ها» روز ۱۲ آذرماه در مجلس و شورای نگهبان تصویب و تایید شد و در جریان تصویب این طرح، رئيس و نمایندگان مجلس گفتند که برای تدوین آن با دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی هماهنگی کرده‌اند.
پس از این اظهارات، محمود واعظی، رئيس دفتر حسن روحانی، گفت ممکن است مجلس «به صورت یواشکی» از دبیرخانه شورا اجازه گرفته باشد، ولی از حسن روحانی به عنوان رئيس شورای عالی امنیت ملی و «از خود شورا» اجازه نگرفته‌اند.
او همچنین تاکید کرد که دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی «به تنهایی جایگاهی ندارد» و باید چنین طرح‌هایی در جلسات شورا به ریاست حسن روحانی به تصویب برسد.
در واکنش به این سخنان، دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی رئيس دفتر روحانی را به برپا کردن «جنجال و هیاهو» و دادن «پیام و آدرس غلط به دشمن» متهم کرد.
علی شمخانی که از ابتدای دولت روحانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران بوده از جمله مخالفان اجرای برجام است.
پیش از این حسین دهقان، که اکنون مشاور نظامی علی خامنه‌ای است، با اشاره به اختلافات روحانی و شمخانی و پیشنهادی که به او برای رفتن به شورای عالی امنیت ملی شده بود،گفته بود: «آقای روحانی همواره دنبال این بودند که آقای شمخانی را جابه جا کنند ولی من مایل نبودم به جای آقای شمخانی بروم.»